|
|
Influence of phosphorylation on the conformation of peptides and proteins
Jurásková, Veronika ; Vondrášek, Jiří (vedoucí práce) ; Berka, Karel (oponent)
Název: Vliv fosforylace na konformaci peptidů a proteinů Autor: Ing. Veronika Jurásková Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Vedoucí práce: RNDr. Jiří Vondrášek, CSc. Konzultant: Mgr. Jiří Vymětal, PhD. Abstrakt: V předkládané práci jsem se zabývala studiem vlivu fosforylace na konfor- maci peptidů a proteinů. Zaměřila jsem se na tři nejčastěji fosforylované aminokyseliny - serin, threonin a tyrosin. Pomocí metadynamiky jsem studovala změnu konformace vlivem fosforylace u jednoduchých dipeptidů a také složitějších pentapeptidů. Zjistila jsem, že fosforylace jednotlivých aminokyselin vede ke strukturním změnám, které jsou charakteristické pro každou aminokyselinu. Zatímco fosforylace serinu zvyšuje prefer- enci pravotočivého alfa helixu, fosforylace threoninu vede k extendované struktuře a konformace tyrosinu není fosforylací ovlivněna. Dále jsem studovala změnu konformace serinu v delších peptidech získaných z fosforylačních míst nestrukturovaných proteinů pomocí klasické dynamiky. Pokusila jsem simulovat také fosforylované a nefosforylo- vané varianty proteinů se známou strukturou publikovanou v RCSB PDB databázi. Získané výsledky jsem poté porovnávala s dostupnými výpočetními a experimentál- ními daty. Klíčová slova: fosforylace, dipeptidy, pentapeptidy, metadynamika, molekulová dy-...
|
host ::
RSS.