|
|
NA2Dsearch: a fast and easy tool for secondary structure searches through databases of nucleic acids in parallel
Hlubuček, Petr ; Mokrejš, Martin (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Diplomová práce se zabývá prohledáváním sekundárních struktur nukleových kyselin. Byla vytvořena aplikace NA2Dsearch, která umožňuje vyhledávat strukturní motiv v databázích sekundárních struktur. Aplikace nabízí uživatelsky přívětivé grafické rozhraní pomocí kterého je možné pohodlné vytváření dotazu (hledaného motivu) za použití přetahování vizuálních komponent myší. Struktury nalezených výsledků i struktury z databází je možné procházet a vizualizovat. Pro aplikaci byly vytvořeny původní algoritmy na interaktivní vizualizování struktur a na prohledávání struktur. Vyhledávací algoritmus umí vyhledávat strukturní motiv v databázích struktur (na rozdíl od existujících programů, které vyhledávají strukturní motiv v databázích sekvencí). Vyhledávání motivu funguje tak, že uživatel vytvoří dotaz který popisuje strukturu motivu a definuje variability (např. délku smyčky vlásenky) které budou akceptovány. Výsledky hledání jsou seřazeny podle skóre jež vyjadřuje podobnost nalezené struktury a dotazu. NA2Dsearch také umožňuje prohledávání sekvencí, za použití externích programů pro predikci struktur. Vyhledávání bylo demonstrováno na několika experimentech se strukturami HCV IRES a tRNA. Byly provedeny tři vyhledávání struktury HCV IRES: vyhledávání struktury HCV IRES v databázi obsahující více než tisících...
|
|
|
Vliv chronického podání růstového hormónu a melatoninu na EEGdelta u starých potkanů
Hlubuček, Petr ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Mladěnka, Přemysl (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student: Petr Hlubuček Školitel: Doc. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název diplomové práce: Vliv chronického podání růstového hormonu a melatoninu na EEG delta u starých potkanů Spánek pomalých vln (slow wave sleep), který se ve spektrální analýze EEG vyznačuje zvýšenou delta aktivitou (obvykle 0.1-4 Hz), je považován za hlavní složku hlubokého spánku a je spojován s jeho anabolickými a regeneračními vlastnostmi, jež jsou nezbytné pro dobré duševní i fyzické zdraví. Úbytek delta aktivity představuje jednu z charakteristických změn ve spánku při stárnutí. Abychom zjistili účinky podávání růstového hormonu a melatoninu na EEG spektrum, implantovali jsme elektrody pro EEG a EMG mladým (3-4 měsíčním) a starým (22-23 měsíčním) samcům potkana kmene Wistar. Po dobu jednoho měsíce byl jedné skupině starých zvířat podáván růstový hormon intraperitoneálně, druhé skupině starých zvířat melatonin v pitné vodě. Další dvě skupiny neléčených mladých a starých potkanů sloužily jako kontrolní. Po skončení podávání látek bylo nahráno a analyzováno EEG a EMG. Následně bylo použito Rychlé Fourierovy transformace k výpočtu EEG spektrální aktivity pro REM a NREM spánek. Naše výsledky ukazují velké rozdíly mezi mladými a...
|
|
|
Vliv chronického podání růstového hormónu a melatoninu na EEGdelta u starých potkanů
Hlubuček, Petr ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Mladěnka, Přemysl (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student: Petr Hlubuček Školitel: Doc. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název diplomové práce: Vliv chronického podání růstového hormonu a melatoninu na EEG delta u starých potkanů Spánek pomalých vln (slow wave sleep), který se ve spektrální analýze EEG vyznačuje zvýšenou delta aktivitou (obvykle 0.1-4 Hz), je považován za hlavní složku hlubokého spánku a je spojován s jeho anabolickými a regeneračními vlastnostmi, jež jsou nezbytné pro dobré duševní i fyzické zdraví. Úbytek delta aktivity představuje jednu z charakteristických změn ve spánku při stárnutí. Abychom zjistili účinky podávání růstového hormonu a melatoninu na EEG spektrum, implantovali jsme elektrody pro EEG a EMG mladým (3-4 měsíčním) a starým (22-23 měsíčním) samcům potkana kmene Wistar. Po dobu jednoho měsíce byl jedné skupině starých zvířat podáván růstový hormon intraperitoneálně, druhé skupině starých zvířat melatonin v pitné vodě. Další dvě skupiny neléčených mladých a starých potkanů sloužily jako kontrolní. Po skončení podávání látek bylo nahráno a analyzováno EEG a EMG. Následně bylo použito Rychlé Fourierovy transformace k výpočtu EEG spektrální aktivity pro REM a NREM spánek. Naše výsledky ukazují velké rozdíly mezi mladými a...
|
|
|
NA2Dsearch: a fast and easy tool for secondary structure searches through databases of nucleic acids in parallel
Hlubuček, Petr ; Mokrejš, Martin (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Diplomová práce se zabývá prohledáváním sekundárních struktur nukleových kyselin. Byla vytvořena aplikace NA2Dsearch, která umožňuje vyhledávat strukturní motiv v databázích sekundárních struktur. Aplikace nabízí uživatelsky přívětivé grafické rozhraní pomocí kterého je možné pohodlné vytváření dotazu (hledaného motivu) za použití přetahování vizuálních komponent myší. Struktury nalezených výsledků i struktury z databází je možné procházet a vizualizovat. Pro aplikaci byly vytvořeny původní algoritmy na interaktivní vizualizování struktur a na prohledávání struktur. Vyhledávací algoritmus umí vyhledávat strukturní motiv v databázích struktur (na rozdíl od existujících programů, které vyhledávají strukturní motiv v databázích sekvencí). Vyhledávání motivu funguje tak, že uživatel vytvoří dotaz který popisuje strukturu motivu a definuje variability (např. délku smyčky vlásenky) které budou akceptovány. Výsledky hledání jsou seřazeny podle skóre jež vyjadřuje podobnost nalezené struktury a dotazu. NA2Dsearch také umožňuje prohledávání sekvencí, za použití externích programů pro predikci struktur. Vyhledávání bylo demonstrováno na několika experimentech se strukturami HCV IRES a tRNA. Byly provedeny tři vyhledávání struktury HCV IRES: vyhledávání struktury HCV IRES v databázi obsahující více než tisících...
|
host ::
RSS.