|
|
Izolace DNA třešně (Prunus avium L.)
Hřebcová, Kateřina ; Sedlák, Petr (vedoucí práce) ; Korecký, Jiří (oponent)
Základním a zásadním krokem pro všechny molekulárně-biologické studie a analýzy je izolace kvalitní DNA v dostatečném množství a čistotě. Proces její extrakce je u rostlinného materiálu komplikován přítomností látek, jako jsou např. polyfenoly, polysacharidy, proteiny nebo jiné metabolity, které při současné extrakci s nukleovými kyselinami mohou působit jako inhibitory PCR a vzorky pro další analýzy v podstatě znehodnotit.
Cílem této práce bylo zmapovat používané metody izolace rostlinné DNA, metody izolace DNA třešně, a v experimentální části porovnat výsledky vybraných metod izolace rostlinné DNA z hlediska kvantity a kvality získané DNA. DNA byla izolována z různých tkání druhu Prunus avium L., konkrétně z čerstvých listů, pupenů a zmrazených embryí několika odrůd. Původním záměrem bylo porovnat výsledky získané za pomoci dvou komerčních extrakčních kitů (DNeasy Plant Mini Kit firmy Qiagen a GeneEluteTM Plant Genomic DNA Miniprep Kit firmy Sigma Aldrich). První z kitů byl nahrazen kitem pro rychlé použití DEP-25 DNA Extraction Kit firmy Top-Bio a zařazen byl též klasický protokol extrakce DNA metodou CTAB, a to ve dvou variantách bez zařazení RNázy a se zařazením RNázy do protokolu.
Získané výsledky ukázaly statisticky významné rozdíly mezi jednotlivými použitými metodami, a to jak z hlediska kvality tak i kvantity DNA. Předpoklad, jehož podkladem byly i literární studie, že komerční kity pro izolaci rostlinné DNA nevykazují vždy relevantní výsledky, nebyl přesvědčivě potvrzen. Klasický protokol metody CTAB pak potvrdil předpoklad získání DNA v přijatelné kvalitě i kvantitě pouze u některých tkání. Výsledky měření spektrofotometrií byly podpořeny analýzami PCR (polymerázová řetězová reakce) provedenými se získanými vzorky DNA a jsou po statistickém vyhodnocení předmětem diskuse.
|
host ::
RSS.