|
|
Vliv polysacharidové kontaminace na molekulárně-biologickou analýzu
Žylková, Kateřina ; Strečanská, Paulína (oponent) ; Fialová, Lenka (vedoucí práce)
Přítomnost polysacharidů při izolaci DNA a její následné analýze přináší často nežádoucí účinky. Polysacharidy spolu s dalšími metabolity (fenolické látky, proteiny) mohou působit jako inhibitory PCR. V této práci byl zkoumán právě vliv polysacharidové kontaminace na analyzovanou DNA. V experimentální části byly ze dvou druhů exotického ovoce (mango, banán) izolovány vzorky DNA, ze kterých byla následně stanovena koncentrace polysacharidů. Analýza prokázala, že přidáním CaCl2, byl obsah polysacharidů ve vzorcích výrazně nižší. Po ověření amplifikovatelnosti vzorků DNA s přidaným CaCl2 bylo zjištěno, že CaCl2 sám PCR inhiboval, a proto ho bylo nutné ze vzorků odstranit. Po přečištění byla znovu ověřena amplifikovatelnost DNA a bylo zjištěno, že právě DNA s CaCl2 po přečištění dosahuje nejlepších výsledků. Tyto výsledky byly dále ověřeny agarózovou gelovou elektroforézou, která potvrdila, že snížení obsahu polysacharidů ve vzorcích napomáhá amplifikaci DNA. Rovněž bylo vypozorováno, že záleží na typu polysacharidů vyskytujících se v zdrojovém rostlinném materiálu. DNA banánu vykazovala lepší amplifikační výsledky než DNA manga. Je to způsobeno jiným chemickým složením těchto druhů ovoce. Banán na rozdíl od manga, neobsahuje polysacharidy, které by výrazně kontaminovaly izolovanou DNA.
|
host ::
RSS.