|
|
Compression of biological sequences
Šurín, Tomáš ; Mráz, František (vedoucí práce) ; Dvořák, Tomáš (oponent)
Objem dát získavaných sekvenovacími technológiami novej generácie rastie podstatne rýchlejšie ako kapacity úložných médií. Výstupy sekvenátorov okrem samotných prečítaných krátkych úsekov DNA obsahujú ďalšie informácie napr. o spoľahlivosti/kvalite čítania každého symbolu DNA. Takéto dáta je treba ďalej uchovávať aj po zostavení sekvencie kompletného genómu. Štandardným formátom pre ukladanie dát v tejto oblasti je formát SAM (Sequence Alignment/Mapping Format) a jeho binárna komprimovaná verzia BAM, ktorá umožňuje náhodný prístup k svojmu obsahu. V tejto práci popíšeme konštrukciu lepšej kompresnej schémy pre bezstratovú kompresiu súborov vo formáte SAM/BAM. Táto kompresná schéma dosahuje podstatne menšiu veľkosť komprimovaného súboru ako pri formáte BAM. Navyše však zostáva zachovaná možnosť náhodného prístupu k dátam v komprimovanom súbore. Implementácia tejto kompresnej schémy je platformovo nezávislá a umožňuje jednoduchú konfiguráciu použitých kompresných metód. Navrhovali sme ju tak, aby bola v budúcnosti možná jej jednoduchá rozšíriteľnosť - vďaka tomu bude možné reagovať na zmeny v sekvenovacích platformách, ako aj na zmeny vo formáte SAM.
|
|
|
Wikipedia viewer for mobile devices
Šurín, Tomáš ; Žemlička, Michal (vedoucí práce) ; Kopecký, Michal (oponent)
Viacero ľudí považuje za veľmi praktické mať neustály prístup k encyklope-dickým a iným referenčným informáciám. Toto je v súčasnosti veľmi dobre možné vďaka mobilným zariadeniam, ktoré umožňujú prístup k Internetu. Avšak existujú situ-ácie, kedy nie je pripojenie k Internetu dostupné alebo nie je užívateľ za toto pripojenie ochotný platiť. Preto sme sa rozhodli umožniť užívateľom mobilných zariadení offline prístup k týmto informáciám. Konkrétne sa zaoberáme sprístupnením dát internetovej encyklopédie Wikipédia. Túto encyklopédiu sme zvolili ako zdroj dát pre náš projekt, pretože je veľmi obsiahla, má relatívne kvalitný obsah a ten je navyše voľne dostupný. Wikipédia beží na systéme MediaWiki, ktorý je používaný aj v množstve iných projek-tov. Navyše viacero firiem používa tento systém pre správu svojej vnútornej databáze znalostí. Pomocou popisovaného riešenia je preto možné sprístupniť aj dáta týchto pro-jektov. Riešenie je navrhované s ohľadom na jednoduchú rozšíriteľnosť, pretože plánu-jeme pridať podporu aj iných informačných zdrojov.
|
|
|
Compression of biological sequences
Šurín, Tomáš ; Mráz, František (vedoucí práce) ; Dvořák, Tomáš (oponent)
Objem dát získavaných sekvenovacími technológiami novej generácie rastie podstatne rýchlejšie ako kapacity úložných médií. Výstupy sekvenátorov okrem samotných prečítaných krátkych úsekov DNA obsahujú ďalšie informácie napr. o spoľahlivosti/kvalite čítania každého symbolu DNA. Takéto dáta je treba ďalej uchovávať aj po zostavení sekvencie kompletného genómu. Štandardným formátom pre ukladanie dát v tejto oblasti je formát SAM (Sequence Alignment/Mapping Format) a jeho binárna komprimovaná verzia BAM, ktorá umožňuje náhodný prístup k svojmu obsahu. V tejto práci popíšeme konštrukciu lepšej kompresnej schémy pre bezstratovú kompresiu súborov vo formáte SAM/BAM. Táto kompresná schéma dosahuje podstatne menšiu veľkosť komprimovaného súboru ako pri formáte BAM. Navyše však zostáva zachovaná možnosť náhodného prístupu k dátam v komprimovanom súbore. Implementácia tejto kompresnej schémy je platformovo nezávislá a umožňuje jednoduchú konfiguráciu použitých kompresných metód. Navrhovali sme ju tak, aby bola v budúcnosti možná jej jednoduchá rozšíriteľnosť - vďaka tomu bude možné reagovať na zmeny v sekvenovacích platformách, ako aj na zmeny vo formáte SAM.
|
|
|
Wikipedia viewer for mobile devices
Šurín, Tomáš ; Žemlička, Michal (vedoucí práce) ; Kopecký, Michal (oponent)
Viacero ľudí považuje za veľmi praktické mať neustály prístup k encyklope-dickým a iným referenčným informáciám. Toto je v súčasnosti veľmi dobre možné vďaka mobilným zariadeniam, ktoré umožňujú prístup k Internetu. Avšak existujú situ-ácie, kedy nie je pripojenie k Internetu dostupné alebo nie je užívateľ za toto pripojenie ochotný platiť. Preto sme sa rozhodli umožniť užívateľom mobilných zariadení offline prístup k týmto informáciám. Konkrétne sa zaoberáme sprístupnením dát internetovej encyklopédie Wikipédia. Túto encyklopédiu sme zvolili ako zdroj dát pre náš projekt, pretože je veľmi obsiahla, má relatívne kvalitný obsah a ten je navyše voľne dostupný. Wikipédia beží na systéme MediaWiki, ktorý je používaný aj v množstve iných projek-tov. Navyše viacero firiem používa tento systém pre správu svojej vnútornej databáze znalostí. Pomocou popisovaného riešenia je preto možné sprístupniť aj dáta týchto pro-jektov. Riešenie je navrhované s ohľadom na jednoduchú rozšíriteľnosť, pretože plánu-jeme pridať podporu aj iných informačných zdrojov.
|
host ::
RSS.