|
|
Reducing Size of Nondeterministic Automata with SAT Solvers
Šedý, Michal ; Havlena, Vojtěch (referee) ; Holík, Lukáš (advisor)
Nedeterministické konečné automaty (NKA) jsou široce využívány v počítačové vědě, například v oblasti formálních jazyků pro reprezentaci regulárních jazyků, k monitorování vysokorychlostních sítí, rozpoznávání obrazu, modelování hardware, nebo dokonce v bioinformatice pro vyhledávání sekvencí nukleotidových kyselin v DNA. NKA jsou také používány v abstraktním regulárním model checkingu, dále ve verifikaci programů manupulujících s řetězci, ve verifikaci programů využívajících ukazatele, pro konstrukci lineárních rovnic a nerovnic, v rozhodovacích procedurách WS1S a WS2S logiky a mnohých dalších. Minimalizace automatů je základní technikou, která pomáhá snižovat nároky na zdroje (paměť, čas nebo množství hardwarových komponentů) a urychlovat operace prováděné na automatech. Běžně používané minimalizační techniky, jakými jsou slučování stavů, odstraňování hran přechodů nebo saturace, mohou v automatech zanechat potenciální minimalizovatelné podgrafy obsahující duplicitní jazykovou informaci. Tyto fragmenty sestávají ze skupiny stavů, kde je již část jazyka jednoho stavu pokryta jazyky ostatních stavů z této skupiny. Tato práce popisuje novou techniku využívající SAT solver, který poskytuje informaci umožňující minimalizovat tyto doposud neminimalizovatelné části automatů. Nově vyvíjená metoda, která využívá pouze informaci od SAT solveru a slučování stavů minimalizuje automaty podobně efektivně, a v případě automatů s nízkým počtem přechodů dokonce rychleji než nástroj RABIT/Reduce, který využívá slučování stavů a odstraňování hran.
|
|
|
Synthesis of electromagnetic bandgap structures
Šedý, Michal ; Kovács, Peter (referee) ; Raida, Zbyněk (advisor)
In microwave frequency band, the planar technology is mainly used to fabricate electronic circuits. Propagation of surface waves belongs to the significant problem of this technology. Surface waves can cause unwanted coupling among particular parts of the structure and can degrade its parameters. The problem can be solved using an electromagnetic band gap structure (EBG). These periodic structures are able to suppress surface waves in different frequency bands. This thesis is focused on the modeling of these structures in the program COMSOL Multiphysics.
|
|
|
Analyses of inverted repeats localization in bacterial genomes
Šedý, Michal ; Zemanová, Jana (referee) ; Brázda, Václav (advisor)
Inverted repeats (IR) are common part of DNA of all living prokaryotic and eukaryotic organisms. Inverted repeats plays an important role in the regulation of basics cells processes. They are responsible for formation of cruciform structures. Inverted repeats also cause genomic instability and can be a source of numerous mutations. Cruciform structures can be recognized by DNA-binding proteins and can also act as a transcriptional regulators. Using the Palindrome Analyser tool, the frequency of IR and localization of inverted repeats in bacterial genomes was analyzed. The frequency of IR across the bacterial genome is variable. The frequency of short inverted repeats shows an approximately quadratic dependence on the %GC content in the genome with a minimum of about 50% of GC content. The localization of inverted repeats with respect to “annotated features” show a non-random distribution. The frequency of IR for most features is higher “outside” than “inside”.
|
|
|
Antioxidant activity of green tea extracts
Šedý, Michal ; Vítová, Eva (referee) ; Veselá, Mária (advisor)
This bachelor thesis focuses on antioxidant and biological active compounds present in green tea extracts. Green tea is a rich source of antioxidants and it has been considered a medicinal beverage in the past. Series of compounds contained in green tea extracts exhibits strong antioxidant effects. The theoretical part of this thesis deals with the history and production process of tea. It also focuses on the description of the most abundant antioxidant and bioactive substances in tea. Three green tea samples from the retail chain were selected in the experimental section, which were further analysed by selected UV-VIS spectrometry methods and then compared.
|
|
|
Analyses of inverted repeats localization in bacterial genomes
Šedý, Michal ; Zemanová, Jana (referee) ; Brázda, Václav (advisor)
Inverted repeats (IR) are common part of DNA of all living prokaryotic and eukaryotic organisms. Inverted repeats plays an important role in the regulation of basics cells processes. They are responsible for formation of cruciform structures. Inverted repeats also cause genomic instability and can be a source of numerous mutations. Cruciform structures can be recognized by DNA-binding proteins and can also act as a transcriptional regulators. Using the Palindrome Analyser tool, the frequency of IR and localization of inverted repeats in bacterial genomes was analyzed. The frequency of IR across the bacterial genome is variable. The frequency of short inverted repeats shows an approximately quadratic dependence on the %GC content in the genome with a minimum of about 50% of GC content. The localization of inverted repeats with respect to “annotated features” show a non-random distribution. The frequency of IR for most features is higher “outside” than “inside”.
|
|
|
Reducing Size of Nondeterministic Automata with SAT Solvers
Šedý, Michal ; Havlena, Vojtěch (referee) ; Holík, Lukáš (advisor)
Nedeterministické konečné automaty (NKA) jsou široce využívány v počítačové vědě, například v oblasti formálních jazyků pro reprezentaci regulárních jazyků, k monitorování vysokorychlostních sítí, rozpoznávání obrazu, modelování hardware, nebo dokonce v bioinformatice pro vyhledávání sekvencí nukleotidových kyselin v DNA. NKA jsou také používány v abstraktním regulárním model checkingu, dále ve verifikaci programů manupulujících s řetězci, ve verifikaci programů využívajících ukazatele, pro konstrukci lineárních rovnic a nerovnic, v rozhodovacích procedurách WS1S a WS2S logiky a mnohých dalších. Minimalizace automatů je základní technikou, která pomáhá snižovat nároky na zdroje (paměť, čas nebo množství hardwarových komponentů) a urychlovat operace prováděné na automatech. Běžně používané minimalizační techniky, jakými jsou slučování stavů, odstraňování hran přechodů nebo saturace, mohou v automatech zanechat potenciální minimalizovatelné podgrafy obsahující duplicitní jazykovou informaci. Tyto fragmenty sestávají ze skupiny stavů, kde je již část jazyka jednoho stavu pokryta jazyky ostatních stavů z této skupiny. Tato práce popisuje novou techniku využívající SAT solver, který poskytuje informaci umožňující minimalizovat tyto doposud neminimalizovatelné části automatů. Nově vyvíjená metoda, která využívá pouze informaci od SAT solveru a slučování stavů minimalizuje automaty podobně efektivně, a v případě automatů s nízkým počtem přechodů dokonce rychleji než nástroj RABIT/Reduce, který využívá slučování stavů a odstraňování hran.
|
|
|
Antioxidant activity of green tea extracts
Šedý, Michal ; Vítová, Eva (referee) ; Veselá, Mária (advisor)
This bachelor thesis focuses on antioxidant and biological active compounds present in green tea extracts. Green tea is a rich source of antioxidants and it has been considered a medicinal beverage in the past. Series of compounds contained in green tea extracts exhibits strong antioxidant effects. The theoretical part of this thesis deals with the history and production process of tea. It also focuses on the description of the most abundant antioxidant and bioactive substances in tea. Three green tea samples from the retail chain were selected in the experimental section, which were further analysed by selected UV-VIS spectrometry methods and then compared.
|
|
|
Synthesis of electromagnetic bandgap structures
Šedý, Michal ; Kovács, Peter (referee) ; Raida, Zbyněk (advisor)
In microwave frequency band, the planar technology is mainly used to fabricate electronic circuits. Propagation of surface waves belongs to the significant problem of this technology. Surface waves can cause unwanted coupling among particular parts of the structure and can degrade its parameters. The problem can be solved using an electromagnetic band gap structure (EBG). These periodic structures are able to suppress surface waves in different frequency bands. This thesis is focused on the modeling of these structures in the program COMSOL Multiphysics.
|
guest ::
RSS feed.