|
| |
|
|
Dynamika vodíkově vázaných sítí pohledem NMR spektroskopie
Dvořák, Petr ; Lang, Jan (vedoucí práce) ; Hanyková, Lenka (oponent) ; Hritz, Jozef (oponent)
Název práce: Dynamika vodíkově vázaných sítí pohledem NMR spektroskopie Autor: Petr Dvořák Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí disertační práce: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D., Katedra fyziky nízkých teplot Abstrakt: Práce se zabývá experimentálním studiem dynamických procesů v běžných polárních rozpouštědlech jako je voda a ethanol. K tomuto studiu bylo využito technik nukleární magnetické rezonance (NMR) - především měření NMR re- laxací a měření samo-difúzních koeficientů pomocí NMR. V práci byla po- stupně prostudována tři témata. První se zabývá chemickou výměnou ve smě- sích lehké a těžké vody. V rámci tohoto tématu byla vyvinuta metodika pří- pravy ultra čistých vzorků a navržena vhodná metoda potlačení radiačního tlumení. Poté byly připraveny finální vzorky, na nichž byla naměřena relaxační data. V rámci interpretace byly diskutovány tři modely chemické výměny. Druhé téma se zabývá korekcí Stokes-Einsteinova vztahu tak, aby jej bylo možné použít pro stanovení hydrodynamického poloměru malých molekul a klastrů. Tato korekce byla provedena srovnáním naměřených difúzních koefi- cientů modelových molekul s vypočtenými difúzními koeficienty pomocí hyd- rodynamických simulací. Třetí téma se zabývá relaxivitou magnetických nano- částic. Byly studovány nové potenciální kontrastní látky pro...
|
|
|
Metabolický profil lidského mozku in vivo v MR obraze a spektru
Wagnerová, Dita ; Hájek, Milan (vedoucí práce) ; Lang, Jan (oponent)
Magnetic resonance imaging and spectroscopic imaging have proven to be useful to monitor a metabolism in the human brain. The thesis is concerned to repeatability and reproducibility of spectroscopic data measured on 1.5T and 3T scanners and to the development of a new method enabling the separation of pathologic and healthy tissues in patients with brain tumor using the combination of MR spectroscopic and diffusion measurements. Evaluation of repeatability and reproducibility in white matter in the parieto-occipital region, in the hippocampus and in gray matter in the frontal lobe did not show significant differences in accuracy of measurements on 1.5T and 3T scanners, but showed a significant increase of signal-to-noise ratio on 3T As a part of the thesis a program KORELACE has been developed. The program enables the evaluation of spectroscopic and diffusion data on the "pixel-by-pixel" basis in individual subjects. The existence of a statistically significant inverse correlation between the concentrations of choline and the diffusion trace values has been proven in glioblastoma, but no significant correlation has been found in a healthy tissue in volunteers. The correlation can be used to characterize borders of brain tumors and to identify the healthy tissue. Simulations confirmed the influence of...
|
|
|
Dynamical Behaviour of Matrix Proteins from Mason-Pfizer Monkey Virus
Srb, Pavel ; Lang, Jan (vedoucí práce) ; Žídek, Lukáš (oponent) ; Brus, Jiří (oponent)
Název práce: Dynamické chování matrixových proteinů Mason-Pfizerova opičího viru Autor: Pavel Srb Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí disertační práce: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D Abstrakt: Studovali jsme oligomerizační vlastnosti betaretrovirového non- myristoylovaného matrixového proteinu a jeho mutantu R55F z Mason- Pfizerova opičího viru metodami NMR spektroskopie v kapalné fázi. Bylo prokázáno, že divoký typ (WT) v roztoku oligomerizuje. Detailní model oligomerizace byl získán pomocí společné analýzy koncentračně závislých chemických posunů a translačních difúzních koeficientů. Bylo zjišťeno, že WT se v roztoku nachází v rovnováze mezi monomerem, dimerem a trimerem. Dále bylo využito kombinace NMR relaxačních měření a molekulové dynamiky k detailnímu studiu lokálních pohybů v proteinu. Výsledky ukazují, že oligomerizace je úzce svázána se zvýšenou pohyblivostí molekuly WT v oblasti smyčky mezi helixy α2 and α3 a v C-terminální části helixu α3. Tyto části molekuly zároveň tvoří oligomerizační rozhraní. Mutantní pro- tein R55F, který nevykazuje specifickou oligomerizaci byl shledán podstatně rigidnějším. Z analýzy vyplývá, že mechanismy konformační selekce, in- dukovaného fitu a strukturní...
|
|
|
Fast Dynamic Processes in Solution Studied by NMR
Šoltésová, Mária ; Lang, Jan (vedoucí práce) ; Mäler, Lena (oponent) ; Batta, Gyula (oponent)
Název práce: Rychlé dynamické procesy v roztoku studované pomocí NMR Autor: Mária Šoltésová Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot, Univerzita Karlova v Praze a Department of Materials and Environmental Chemistry, Stockholm University Vedoucí disertační práce: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D., Katedra fyziky nízkých teplot, Univerzita Karlova v Praze a prof. Jozef Kowalewski, Department of Materials and Environmental Chemistry, Stockholm University Abstrakt: Nukleární magnetická rezonance (NMR) dokáže poskytnout detailní infor- mace o dynamice na molekulární úrovni v širokém oboru časových škál, zejména pokud je doplněna vhodnými teoretickými nástroji. V této práci byla použita sada technik NMR spektroskopie vysokého rozlišení pro výzkum dynamických procesů slabě interagujících molekulárních struktur v roztoku. Van der Waalsovy interakce hrají důležitou roli v inkluzních komplexech kryptofanu- C s chloroformem nebo dichlormethanem. Tvorba komplexu byla podrobně zkoumána za použití 1H a 13C NMR experimentů spolu s kvantově-chemickými výpočty. Byla charakterizována kinetika, termodynamika, jakož i detaily strukturních změn při tvorbě komplexu. Vnitřní dynamika oligo- a polysacharidů představuje velkou výzvu kvůli možnému provázání lokálního a globálního molekulárního pohybu. Dva modelové...
|
|
|
Studium dynamického chování směsi H2O/D2O pomocí NMR relaxací
Dvořák, Petr ; Lang, Jan (vedoucí práce) ; Hanyková, Lenka (oponent)
Název práce: Studium dynamického chování směsi H2O/D2O pomocí NMR relaxací Autor: Petr Dvořák Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí diplomové práce: doc. RNDr. Jan Lang, Ph.D., Katedra fyziky nízkých tep- lot Abstrakt: Předmětem této diplomové práce je chemická výměna ve směsi lehké a těžké vody, která byla studována metodami NMR spektroskopie vysokého rozlišení. První část této práce se zabývá metodikou přípravy vzorků a metodikou měření re- laxačních dob směsi lehké a těžké vody. Zde byly řešeny experimentální komplikace s vymýváním iontů ze skla kyvety, odplyněním vzorků, radiačním dampingem a za- hříváním vzorku radiofrekvenčními pulsy. V druhé části této práce byly naměřeny re- laxační parametry chemické výměny vybraného vzorku při různých teplotách. Bylo zde navrženo několik interpretací naměřených dat - ionizace, molekulární clustery a izotopová rovnováha. Klíčová slova: NMR, relaxace, voda, dynamika, chemická výměna
|
|
|
Studium spin-mřížkove a spin-spinové relaxace NMR jader 1H ve vodě
Dvořák, Petr ; Englich, Jiří (vedoucí práce) ; Lang, Jan (oponent)
Pomocí experimentálních metod NMR vysokého rozlišení byly měřeny závislosti spin-mřížkové a spin-spinové relaxační rychlosti jader 1H na koncentraci H2O v roztocích H2O-D2O. Před tímto měřením byl prostudován vliv radiačního dampingu, paramagnetických příměsí a teploty na měření relaxačních rychlostí a metody jeho potlačení. Dále byla naměřena závislost spin-mřížkové a spin-spinové relaxační rychlosti jader 17O na koncentraci H2O v roztocích H2O-D2O. Naměřené výsledky byly diskutovány a interpretovány s cílem ověřit správnost předchozích interpretací a s cílem posoudit vliv chemické výměny.
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.