|
|
Adaptor domains in signalling proteins: phosphorylation analysis and a role in mechanosensing
Tatárová, Zuzana ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
P130Cas (Crk-associated substrate, CAS) je důležitým adaptorovým proteinem v integrínové signalizaci, který pozitivně ovlivňuje motilitu, invazivitu, proliferaci a přežívání buněk. CAS postrádá enzymatickou funkci, ale po vazbě jiných signálních proteinu může dojít ke změně fosforylace substrátové domény CAS, což je hlavní způsob, jakým se CAS účastní regulace signálních mechanismů v buňce. Ve fokálních adhezích dochází k lokálnímu pnutí, což vede k natažení substrátové domény, zpřístupnění fosforylačních míst pro kinázy a následně ke zvýšené fosforylaci substrátové domény. Na N-konci je CAS ve fokálních adhezích ukotven pravděpodobně interakcí SH3 domény CAS s kinázou FAK, avšak o ukotvení C-koncové části proteinu CAS není zatím nic známo. Cílem mého projektu je zjistit, jaké proteiny se podílejí na ukotvení proteinu CAS do fokálních adhezí. Objasnění způsobu ukotvení proteinu CAS do fokálních adhezí přispěje k pochopení mechanorecepční funkce proteinu CAS. Experimentální data poukazují na to, že tyrosinová fosforylace SH3 domény proteinu CAS ovlivňují její vazebné vlastnosti. Druhým cílem mého projektu bylo bioinformaticky analyzovat význam tyrosinové fosforylace SH3 domény a jiných adaptorových domén.
|
|
|
Strukturní základy buněčné invasivity
Hrčkulák, Dušan ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Hájková, Zuzana (oponent)
Individuální buněčná invasivita může být améboidního a mezenchymálního typu. Mezenchymální invasivita je závislá především na formování adhezivních struktur, jako jsou podosomy, invadopodia a fokální adheze, na které je zejména zaměřena tato práce. Fokální adheze jsou velmi komplexní a na jejich tvorbě a regulaci se podílí množství proteinů. Jejich základem jsou integriny, které extracelulárně zprostředkovávají vazbu na extracelulární matrix. Intracelulární doména integrinů interaguje přes plakové proteiny talin a vinculin s aktinovým cytoskeletem. Tvorba fokálních adhezí je závislá na mechanickém tahu, který vytváří cytoskelet, a jejich stabilita je regulována také pomocí signál přenášejících protein tyrozinkináz FAK a Pyk2. Tyto proteinkinázy jsou lokalizovány do fokálních adhezí díky interakci s paxillinem a do tamních proteinových komplexů jsou sdružovány pomocí adaptérových proteinů, například p130Cas. Lokalizace proteinů do fokálních adhezí, jejich aktivita a vzájemné specifické interakce jsou závislé na 3D struktuře těchto proteinů. Tato práce shrnuje některé známé 3D struktury vybraných proteinů, jejich interakční potenciál a vliv na fokální adheze. Její součástí je také souhrn všech známých struktur šesti zmiňovaných proteinů.
|
|
|
Hidden Markov models as a tool for protein secondary structure prediction
Kraus, Ondřej ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Mokrejš, Martin (oponent)
Hidden Markov modely jsou ideálním nástrojem na analýzu sekvencí, proto se využívají i v predikci sekundární struktury proteinů. V současnosti existuje několik nástrojů k predikci sekundární struktury proteinů a část z nich využívá hidden Markov modely. Ve své práci se proto pokusím s nimi čtenáře seznámit a vysvětlit na jakém principu pracují, jaké jsou jejich výhody a nevýhody. Většina metod predikuje tři sekundární struktury s úspěšností 60%- 80%, nicméně vzhledem k odlišné metodice testování úspěšnosti lze brát výsledky pouze jako orientační. Klíčová slova: predikce proteinové struktury, hidden Markov model, sekundární struktura
|
|
|
Role proteinů SNW/SKIP v sestřihu
Hollá, Sandra ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
SNW proteiny se řadí mezi jaderné esenciální faktory, jejichž název byl odvozen od konzervovaného motivu SNW, který nalezneme u jednotlivých zástupců napříč celou eukaryotní nadříší. SNW proteiny se podílí na regulaci mnoha buněčných procesů - např. regulace genové exprese a buněčného cyklu. Zdaleka nejvíce informací o funkci poskytuje lidský homolog SKIP/NCoA-62, který byl nalezen v řadě signalizačních drah. Přesto však není zcela objasněna funkce SNW proteinů. V této bakalářské práci bych se tak chtěla zaměřit na úlohu SNW proteinů v sestřihu pre-mRNA a to především u kvasinky Saccharomyces cerevisiae, kde máme zatím nejvíce poznatků. Klíčová slova: SNW protein, Prp45, sestřih pre-mRNA, SKIP/NCoA-62, Prp22
|
|
|
Posttranslační modifikace proteinů účastnících se odpovědi na poškození DNA
Kroupa, Michal ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
- 4 - Abstrakt V každé buňce vznikají denně tisíce poškození DNA, z nichž nejtoxičtější jsou dvouvláknové zlomy (double-strand breaks, DSBs). Signalizace jejich výskytu a následná oprava takto narušeného chromatinu je zprostředkována mechanismem odpovědi na poškození DNA (DNA damage response, DDR), který zahrnuje akumulaci mnoha efektorových proteinů do oblasti DSBs. Akumulace těchto molekul jsou označovány jako ložiska indukovaná poškozením DNA. DSBs jsou v závislosti na přítomnosti sesterské chromatidy opravovány dvěma hlavními mechanismy: homologní a nehomologní rekombinací. Obě tyto dráhy vedou k aktivaci Checkpoint kináz (Chk1 nebo Chk2), které zahajují přestávky v buněčném cyklu a umožňují tak opravu poškozené DNA. Signalizace poškození DNA a aktivace těchto drah jsou regulovány posttranslačními modifikacemi proteinů, což jsou enzymatické reakce zahrnující především fosforylaci, ubiquitinaci a nově objevenou sumoylaci. Nedávno bylo prokázáno, že ubiquitinace poškozeného chromatinu je nutnou podmínkou pro sumoylaci nádorových supresorů 53BP1 a BRCA1. Poruchy těchto modifikací nebo mutace genů pro 53BP1 a BRCA1 vedou k toleranci poškození DNA a následnému narušení genomové integrity, s čímž souvisí vysoké riziko pro selekci buněčných klonů s nádorovým potenciálem. Současné výzkumy se zaměřují na...
|
|
|
NA2Dsearch: a fast and easy tool for secondary structure searches through databases of nucleic acids in parallel
Hlubuček, Petr ; Mokrejš, Martin (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Diplomová práce se zabývá prohledáváním sekundárních struktur nukleových kyselin. Byla vytvořena aplikace NA2Dsearch, která umožňuje vyhledávat strukturní motiv v databázích sekundárních struktur. Aplikace nabízí uživatelsky přívětivé grafické rozhraní pomocí kterého je možné pohodlné vytváření dotazu (hledaného motivu) za použití přetahování vizuálních komponent myší. Struktury nalezených výsledků i struktury z databází je možné procházet a vizualizovat. Pro aplikaci byly vytvořeny původní algoritmy na interaktivní vizualizování struktur a na prohledávání struktur. Vyhledávací algoritmus umí vyhledávat strukturní motiv v databázích struktur (na rozdíl od existujících programů, které vyhledávají strukturní motiv v databázích sekvencí). Vyhledávání motivu funguje tak, že uživatel vytvoří dotaz který popisuje strukturu motivu a definuje variability (např. délku smyčky vlásenky) které budou akceptovány. Výsledky hledání jsou seřazeny podle skóre jež vyjadřuje podobnost nalezené struktury a dotazu. NA2Dsearch také umožňuje prohledávání sekvencí, za použití externích programů pro predikci struktur. Vyhledávání bylo demonstrováno na několika experimentech se strukturami HCV IRES a tRNA. Byly provedeny tři vyhledávání struktury HCV IRES: vyhledávání struktury HCV IRES v databázi obsahující více než tisících...
|
|
| |
|
|
A comparison of SH3 domains' tyrosine phosporylation influence on their binding capacity
Tatárová, Zuzana ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Pochopenie vplyvu fosforylácie na funkčnosť proteínu je veľmi dôležité z hľadiska formovania dynamických biologických procesov akými sú napr. umlčovanie génov, bunkový rast, diferenciácia alebo apoptóza. Táto práca sa zaoberá fosforyláciou proteín-interakčného modulu známeho ako SH3 doména a vplyvom fosforylácie na väzbovosť jej ligandov. SH3 doména je súčasťou veľkého množstva enzýmov zúčastňujúcich sa priamo signálnej transdukcie ako aj adaptorových proteínov bez enzymatickej aktivity. Mnohé štúdie poukazujú na dôležitosť tyrozínových miest SH3 domény v regulačných mechanizmoch proteínov či už použitím nefosforylovateľných a fosfomimikujúcich mutantov alebo dôkazom in vivo fosforylácie. Práca zahŕňa aj bioinformatickú analýzu, ktorá rozširuje spektrum známych fosforylovaných SH3 domén a potvrdzuje konzervovanosť fosforylácie tyrozínových miest proteínov v SH3 doméne.
|
|
|
Komparativní genomická předpověď nových transmembránových adaptorových proteinů a jejich expresní analýza.
Pitule, Pavel ; Novotný, Marian (oponent) ; Drbal, Karel (vedoucí práce)
Transmembránové adaptorové proteiny (TRAP) jsou důležitou složkou signálních drah vedoucích od imunoreceptorů směrem k efektorovým mechanizmům uvnitř buňky. Přestože nemají vlastní enzymatickou aktivitu, obsahují interakční motivy, kterými organizují další proteiny v čase a prostoru a iniciují efektivní tvorbu signalizačních komplexů. Funkčně nejvýznamnější TRAP jsou ty, které přímo tvoří s receptory nekovalentní komplexy a poskytují svoje intracelulární vazebné motivy, včetně tyrosinového aktivačního motivu (ITAM). Jejich deficit má výrazné dopady na přenos signálu a knockout myši vykazují zřetelný fenotyp. Podobně tomu je i u prvního objeveného TRAP, který není konstitutivně asociovaný s receptory - proteinu LAT. Obsahuje jiné typy motivů, rovněž založené na fosforylovatelném tyrosinu. Podobné strukturální vlastnosti jako protein LAT má v současnosti dalších sedm popsaných proteinů, řazených mezi TRAP. Ani jeden z nich ovšem nevykazuje výrazný fenotyp u deficitních myší. Cílem mojí diplomové práce bylo bioinformaticky prohledat proteinové databáze a identifikovat co nejvíce proteinů, které by svými charakteristikami odpovídali TRAP. Z dosavadních výsledků vyplývá, že skupina TRAP již byla téměř kompletně popsána - v genomu jsme kromě známých TRAP objevili jen málo dalších proteinů, které přesně...
|
|
| |
host ::
RSS.