|
|
Interakce proteinů s inhibitory: kvantověchemická studie
Dobeš, Petr ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrášek, Jiří (oponent) ; Jurečka, Petr (oponent)
Předložená disertační práce se zabývá teoretickým studiem interakcí mezi proteinkinázami a jejich inhibitory. Studované proteinkinázy, cyklin-dependentní kináza 2 (CDK2) a kináza CK2 (angl. casein kinase 2) hrají důležitou roli v regulaci buněčných procesů u eukaryotických organismů. Jejich nesprávná funkce v buňce může u člověka vést k závažným onemocněním. Tento proces je možné zvrátit vyřazením aberantních proteinkináz pomocí specifických nízkomolekulárních inhibitorů. Inhibitory proteinkináz se typicky vážou do aktivního místa enzymu pomocí nekovalentních interakcí. Teoretický popis těchto interakcí pomocí kvantověchemických a molekulárně mechanických metod může pomoci při pochopení biofyzikálních principů řídících vazbu. Ty pak mohou být následně využity při racionálním návrhu účinnějších či specifičtějších inhibitorů. Stabilizační energie komplexu CDK2 s inhibitorem roskovitinem je převáženě tvořena disperzní energií. Metoda DFT, která nezahrnuje disperzní energii, je tak pro popis uvedeného komplexu zcela nevhodná. V případě zahrnutí disperze pomocí empirického členu dojde ke správnému popisu této interakce a metodu SCC-DFTB-D lze naopak doporučit pro uvedený komplex. Dominantní část celkové interakce je tvořena omezeným počtem aminokyselin, které přispívají k vazbě roskovitinu s CDK2 a jejich mutace...
|
|
| |
|
| |
|
|
Fluidní inkluze v Au-křemenné žilovině z lokalit Padrť a Sobětice
Hemalová, Kateřina ; Dobeš, Petr (oponent) ; Zachariáš, Jiří (vedoucí práce)
Systém křemenných žil s molybdenitem z lokality Padrť proniká do metamorfovaných kambroordovických sedimentů Barrandienu (křemence, arkózy, rohovce) v jihozápadní části středních Brd. Na základě mikrotermometrických údajů rozlišujeme tři hlavní generace křemene: Q1 - nejstarší křemen tvořící hlavní podíl žiloviny; Q2 - xenomorfní zrna narůstající na Q1, které lze dále dělit na subgeneraci Q2a (tmavá jádra zrn tvořena velkým množstvím primárnich inkluzí) a na něm narůstající Q2b (čirá zrna krystalizující do dutin); Q3 - nejmladší křemen narůstající na Q2b, charakteristický odlišnou interní texturou. Křemen 1. generace (Q1) precipitoval z H2O-CO2 fluid o nízké salinitě (cca 5 hm. % NaCl ekv.) s nízkou příměsí (~ 5 mol. %) ostatních plynů (CH4-N2). Odhadované podmínky vzniku křemene Q1 se pohybují za teplot > 350 řC, za tlaků ~ 400-500 MPa, což odpovídá hloubce zhruba 15 km za předpokladu litostatického tlaku. Vznik křemene 2. a 3. generace je spojen s fluidy H2O typu. Q2 vznikal z roztoků o nízké salinitě (< 5,9 hm. % NaCl ekv.) za teplot 250 až 320 řC a tlaků 60 až 120 MPa (interpretováno jako hydrostatický tlak, hloubka 3 až 5 km). Mladší subgenerace Q2b obsahuje četné traily inkluzí asociace varu a variabilní salinitou 1,2 až 7 hm. % NaCl ekv. Q3 precipitoval z nízce salinních roztoků (0,9 až 1,2 hm. %...
|
|
| |
|
| |
|
|
Topografické mapování elektrické aktivity mozku
Dobeš, Petr ; Drahanský, Martin (oponent) ; Kupková, Karolína (vedoucí práce)
Jedním z nejvýznamnějších signálů biologického původu je elektrická aktivita lidského mozku. Pro správné pochopení a interpretaci elektroencefalogramu (EEG signálu) je často nezbytné provádět jeho vizualizaci. Tato práce se zabývá EEG signálem a vizualizací pomocí topografického mapování. V práci jsou popsány základy teorie EEG signálu a jeho zpracování. Součástí této práce je také návrh a implementace aplikace umožňující zobrazení topografických map pro zařízení Emotiv Epoc Headset přímo v průběhu snímání EEG signálu. Vizualizovanými veličinami jsou amplituda signálu a frekvenční doména s možností volby frekvenčních pásem. Vytvořená aplikace nabízí alternativu k postupu, kdy je EEG signál nutné nejprve uložit, a teprve poté je možné jej vizualizovat ze záznamu.
|
|
|
Studium utváření elastohydrodynamických mazacích filmů u hypoidních převodů
Omasta, Milan ; Dobeš, Petr (oponent) ; Čermák,, Jan (oponent) ; Dzimko, Marián (oponent) ; Křupka, Ivan (vedoucí práce)
Tato disertační práce se zabývá studiem elastohydrodynamického (EHD) mazání za podmínek, které se vyskytují v záběru boků zubů hypoidního soukolí. Cílem je experimentálně popsat chování mazacího filmu a mechanismy jeho utváření. Důraz je především kladen na objasnění vlivu směru a velikosti skluzové rychlosti u kruhového a eliptického kontaktu. Obecně se doposud předpokládalo, že směr skluzové rychlosti nemá vliv na výsledný mazací film. V práci je použito optické interferometrie ke stanovení rozložení tloušťky mazacího filmu. Součástí práce jsou nové a původní výsledky objasňující studovaný problém. Bylo zjištěno, že směr skluzové rychlosti ovlivňuje tvar filmu při vyšších rychlostech. To souvisí s ovlivněním tepelného toku kontaktem. Výsledky mají dopad na rozvoj obecné teorie EHD mazání a poskytují poznatky uplatnitelné při predikci tloušťky filmu při návrhu reálných tribologických uzlů.
|
|
|
Snížení tření a opotřebení strojních částí cílenou modifikací topografie třecích povrchů
Šamánek, Otakar ; Dobeš, Petr (oponent) ; Čermák,, Jan (oponent) ; Dzimko, Marián (oponent) ; Křupka, Ivan (vedoucí práce)
Disertační práce se zaměřuje na popis vlivu přítomnosti struktur na třecích površích u velmi zatěžovaných strojních součástí (valivých ložisek, ozubených soukolí, vaček apod.) za podmínek smíšeného mazání. Úzce se zabývá vlivem těchto struktur na kontaktní únavovou životnost třecích povrchů strojních součástí. Popisuje vliv geometrie jednotlivých vtisků i textur na chování povrchu v kontaktu a snaží se verifikovat riziko míry poškození kontaktní únavou v závislosti na povrchové textuře. Realizace textur na třecích površích součástí byla uskutečněna pomocí cílené modifikace topografie. Tento způsob představuje předem stanovené vytváření soustav mikrovtisků na třecím povrchu. Práce také zahrnuje charakterizaci metodiky přípravy zkušebních vzorků a texturovacího procesu.
|
|
|
Chování EHD mazacího filmu při náhlých změnách rychlosti a zatížení
Zimmerman, Martin ; Dzimko, Marián (oponent) ; Návrat, Tomáš (oponent) ; Dobeš, Petr (oponent) ; Hartl, Martin (vedoucí práce)
Tato disertační práce je zaměřena na experimentální studium chování mazacího filmu při náhlých změnách provozních parametrů. Ve většině reálných tribologických uzlů dochází v průběhu pracovního cyklu ke změně provozních podmínek jako jsou rychlost, zatížení a poloměry křivosti stýkacích se ploch. Změna provozních podmínek může představovat zvýšené riziko porušení mazacího filmu. Přímý dotyk kontaktních těles, v okamžiku porušení mazacího filmu, s sebou nese zvýšení tření a opotřebení. Pro sledování dynamických změn v kontaktu byla použita vysokorychlostní CMOS kamera. Z nasnímaných interferogramů, s pomocí metody optické interferometrie, byla provedena zpětná rekonstrukce mazacího filmu. Bylo potvrzeno, že provozní parametry mají zásadní vliv na utváření mazacího filmu a na jeho tloušťku a pro jistou kombinaci okrajových podmínek může dojít k porušení spojitosti vrstvy maziva.
|
host ::
RSS.