|
|
Identifikace a aktivace kryptického genového shluku pro biosyntézu látek manumycinového typu u Saccharothrix espanaensis DSM44229
Zelenka, Tomáš ; Petříčková, Kateřina (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
1 Abstrakt: Sekundární metabolismus grampozitivních půdních bakterií rodu Streptomyces je neocenitelným významným zdrojem přírodních produktů, mezi které patří i skupina polyketidových látek, manumycinů. Tyto látky vykazují kromě slabého antimikrobiálního účinku významné protizánětlivé a protinádorové aktivity. Rod Streptomyces skýtá značné množství dosud neobjevených, potenciálně klinicky využitelných antibiotik, což dělá z těchto organismů nadějné řešení současného problému rozvoje antibiotikových rezistencí u mikroorganismů. Výzkum se ubírá dvěma hlavními směry, jednak je zde snaha o "umělé" vytváření různých modifikací ve struktuře molekul a o porozumění jejich funkcím, jednak jde o objevování úplně nových producentů metodami "genome miningu", optimalizace postupů pro probouzení skrytých kryptických genových shluků a zvýšení produkce požadovaných metabolitů. Jeden z mnoha takových tichých shluků obsahuje i Saccharothrix espanaensis DSM44229. Tato genetická informace byla s cílem charakterizace jejího produktu přenesena do heterologního hostitele, kde následně došlo k aktivaci a produkci nových látek manumycinového typu.
|
|
| |
|
|
Využití virových nanočástic pro biomedicínské účely
Kříž, Kristian ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Tato práce shrnuje výsledky studií vedoucích k novým aplikacím virových nanočástic s důrazem na použití v medicíně. Nejprve se práce věnuje charakteristice virových nanočástic a některým obecným aspektům nanočástic. Dále jsou zde popsány vybrané studie užívající virové nanočástice jako prostředek k léčbě nádorů, virových, bakteriálních nebo jiných onemocnění. Tato rešerše také obsahuje příklady prací, při kterých byly virové nanočástice použity k diagnostickým účelům. Nakonec jsou zde zmíněny i studie, ve kterých virové nanočástice sloužily jako nanoextraktory, nanoreaktory nebo nano- templáty pro syntézu kovových nanočástic a galvanických článků.
|
|
|
Změny vegetace Karpat od glaciálního maxima - identifikace hlavních trendů, dostupnost dat a mezery ve znalostech
Beranová, Jana ; Kuneš, Petr (vedoucí práce) ; Jamrichová, Eva (oponent)
Karpaty jsou rozsáhlé Evropské pohoří. Tato literární rešerše je zaměřena na identifikaci hlavních trendů vývoje vegetace v Karpatech v období od posledního glaciálního maxima do současnosti. Z dostupných materiálů zkoumajících jak pylové záznamy tak malakologická naleziště jsem zjistila, že i v obdobích stadiálů dryas klimatické podmínky umožnily pokryv Karpatských hor ostrůvky řídkého lesa složeného především z rodů Larix a Pinus. V obdobích interstadiálů se tyto ostrůvky plošně rozrůstaly a les houstl. Přechod pleistocénu do holocénu byl plynulý a preboreál částečně kopíroval situaci v interstadiálu. Následný vývoj v holocénu však pokračoval směrem k dalšímu zahušťování lesa a pionýrské dřeviny glaciálního lesa byly nahrazeny z velké části smrkem. Postupně se v Karpatech rozrůstaly populace druhů, které přežily glaciál v refugiích, i druhů které nově osídlovaly Karpatské pohoří nově a přežily glaciál v teplejších oblastech. V subatlantiku a zvláště v posledních desetiletích významně zasahuje do krajiny člověk. Změny jím způsobené jsou vidět i v pylových záznamech ze zkoumaných lokalit. Na výzkumu vývoje vegetace v Karpatech by se mělo dále pokračovat především nalezením a zpracováním nových lokalit, protože tato rozsáhlá a rozmanitá oblast potřebuje informace z nových lokalit.
|
|
|
Carbon nanomaterials and their interactions with bacteria
Jurková, Blanka ; Beranová, Jana (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Uhlíkové nanomateriály jsou v poslední době v centru pozornosti hlavně díky svým zajímavým, často unikátním vlastnostem. Mají široké možnosti využití, například v elektronice, optice, kosmetice solárních článcích, stavebních materiálech, vzduchových filtrech, k leštění materiálů, jako ochranné povrchy či suchá maziva. Zatímco jejich fyzikální a chemické vlastnosti jsou již dobře prozkoumány, výzkum jejich působní na živé organismy je stále v počátcích. Tato práce je zaměřena na interakce uhlíkových nanomateriálů, konkrétně grafenu, fullerenu, uhlíkových nanotrubiček a nanodiamantů, s bakterálními buňkami a jejich antibakteriální a antiadhezivní účinky. Mechanismy toxického působení zahrnují porušení vnějších struktur buňky v důsledku přímého kontaktu s nanomateriálem, narušení bakteriálního metabolismu nebo produkci volných kyslíkových radikálů. Přesné porozumění dějům, které se odehrávají mezi bakteriální buňkou a uhlíkovými nanomateriály, může přispět k výzkumu jejich možných aplikací v medicíně či možností jejich ekologické recyklace.
|
|
|
Retrocykliny
Soukup, Jakub ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Defensiny jsou peptidy s antimikrobiální, antifungální a antivirovou aktivitou. Defensiny se pravděpodobně vyskytují u všech druhů obratlovců. Existují tři podrodiny defensinů - α, β a θ-defensiny. α-defensiny existují pouze u savců a θ-defensiny byly popsány pouze u makaků a paviánů, ale jejich geny se vyskytují v genomech všech opic starého světa kromě podčeledi Homininae. U lidí k produkci θ-defensinů nedochází, kvůli předčasnému stop kodonu v jejich kódující sekvenci. Nicméně lidské θ-defensiny byly vyrobeny synteticky in vitro a pojmenovány retrocykliny. Retrocykliny si zachovávají nejen antimikrobiální aktivitu, ale vykazují i neobvyklou aktivitu antivirovou. Retrocykliny úspěšně chrání buňky před infekcí HIV, HSV, chřipky a viru horečky dengue bez detekovatelné cytotoxicity k hostitelským buňkám. Retrocyklin RC-101 je blízko klinickým testům jako mikrobicid, který zabraňuje heterosexuálnímu přenosu HIV-1.
|
|
|
Nekonveční bakteriální signální dráhy
Krupička, Jiří ; Branny, Pavel (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Dvoukomponentové systémy byly tradičně považovány za hlavní fosforylační systémy bakterií zapojené v buněčné signalizaci. V poslední době se však pozornost stále více soustředí na bakteriální Ser/Thr proteinkinázy eukaryotického typu (eSTKs). Tyto proteinkinázy jsou strukturně podobné svým eukaryotickým protějškům. Některé eSTKs obsahují přídavné domény jako jsou extracelulární PASTA domény, které byly objeveny u různých grampozitivních bakterií. Bylo prokázáno, že tyto domény mohou sloužit jako senzory pro volné peptidoglykanové fragmenty. Naprostá většina vnějších signálních molekul však stále zůstává neznámá. eSTKs fosforylují široké spektrum substrátů, mezi které patří proteiny účastnící se různých buněčných procesů jako je virulence, biosyntéza buněčné stěny, buněčné dělení nebo centrální a sekundární metabolismus. Bylo také popsáno propojení mezi eSTKs a dvoukomponentovými systémy. Tato práce pojednává o současných poznatcích, které se týkají zejména eSTKs a jejich důležitých substrátů, jež byly identifikovány a charakterizovány u různých druhů bakterií.
|
|
|
Klinicky významné druhy kvasinek a jejich interakce s hostitelem
Novosadová, Zuzana ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Patogenní kvasinky představují v současnosti vážnou hrozbu pro člověka. Mohou způsobovat závažná onemocnění v některých případech končící smrtí hostitele. Patogeny mohou pomocí mnoha mechanismů virulence zvýšit riziko vzniku systémového onemocnění. Pro eliminaci infekce v lidském těle jsou velmi důležité experimenty zabývající se interakcemi patogenů a hostitele. Interakce mezi hostitelem a patogeny jsou velmi komplexní a zahrnují všechny součásti mnohobuněčného organismu hostitele. Vědci se detailněji zabývají interakcemi buněk imunitního systému a patogenních kvasinek. Tato práce shrnuje interakce patogenů s vybranými buňkami hostitele, především s makrofágy. Kvasinky, zejména Candida albicans, jsou schopné ovlivňovat genovou expresi interagujících buněk. Tyto patogeny jsou schopni modulovat expresi genů makrofágů, uvnitř nichž jsou pohlceni, a dalších buněk imunitního systému. Patogenní kvasinky mohou také měnit vnější podmínky ve svém bezprostředním okolí. C. albicans dokáže například vnímat a ovlivňovat okolní hodnotu pH. Změnou pH pak může zvyšovat svou virulenci indukcí buněčné morfogeneze. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky o vlivu patogenních kvasinek na své okolí a jejich interakcích s hostitelským organismem. Hlubší pochopení těchto otázek by mohlo pomoci nalézt nové efektivnější metody pro...
|
|
|
Růst Mycobacterium smegmatis na agarovém médiu a agarovém médiu pokrytém celofánovou folií - morfologická a proteomová studie
Ramaniuk, Volha ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Tvorba biofilmů je jednou z nejčastěji používaných strategií umožňujících bakteriím přežít nepříznivé podmínky. Většina bakterií, včetně patogenů jako je například Mycobacterium tuberculosis, je schopna tvořit tyto trojrozměrné struktury. Zástupci rodu Mycobacterium se hojně vyskytují v přírodě, ale mohou způsobit i vážné problémy v případě výskytu ve zdravotnických zařízeních a na umělých náhradách v lidském těle. V našich experimentech jsme použili jako modelový organismus nepatogenní kmen Mycobacterium smegmatis mc2 155. Pomocí binokulární lupy a rastrovací elektronové mikroskopie jsme zkoumali morfologii tří- a šestidenních kolonií (v podstatě biofilmů) na agarových plotnách a agarových plotnách pokrytých celofánem. Zjistili jsme, že typ povrchu, stejně jako zdroj uhlíku, mají velký vliv na morfologii kolonií M. smegmatis. Následně jsme izolovali proteomy z kultur rostoucích na povrchu agaru a celofánu, a z planktonicky rostoucí kultury. Dvojrozměrná elektroforéza byla použita jako hlavní proteomická metoda. Proteinové profily, získané pomocí elektroforetických gelů, byly analyzovány pomocí softwaru PDQuest. Výsledky kvalitativních a kvantitativních analýz jsme porovnali pomocí Vennových diagramů. Identifikovali jsme 7 unikátních bílkovin, které by mohly být specifické pro adhezi M. smegmatis...
|
|
| |
host ::
RSS.