|
|
Molekulární mechanizmy patogeneze mikroba Francisella tularensis
Fabriková, Daniela ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Krejsek, Jan (oponent)
Francisella tularensis je vysoce infekční intracelulární patogen a původce onemocnění nazývaného tularémie. Předpokládá se, že důležitým aspektem virulence je schopnost rozvrátit imunitní odpověď hostitele utlumením nebo narušením funkcí buněk vrozené imunity. Počáteční stádium infekce je charakterizováno masivní bakteriální replikací bez stimulace signifikantní prozánětlivé odpovědi, která hraje klíčovou roli v rozvoji efektivní hostitelské obrany namířené proti patogenu. Cílem předložené disertační práce bylo popsat průběh buněčné signalizace zprostředkované tzv. pattern recognition receptors (PRR) během časné fáze infekce primárních kostně-dřeňových makrofágů bakterií Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (F. tularensis LVS). Získaná data prokázala schopnost F. tularensis LVS aktivovat, ale také současně blokovat signalizační dráhy řízené tzv. Toll-like receptors, RIG-I-like receptors a tzv. cytosolic DNA sensors. F. tularensis LVS ovlivňuje tyto kaskády inhibicí K63-polyubikvitinačních procesů a tvorby signalizačních komplexů obsahujících TRAF6 a TRAF3. Závislost supresivního efektu F. tularensis LVS na sekrečním systému typu 6 a/nebo na viabilitě bakterie v cytoplazmě hostitelské buňky byla prokázaná pomocí mutantních kmenů ΔiglC/LVS a ΔdsbA/LVS s narušenou schopností fagozomálního...
|
|
|
Vyšetření MPL genu u myeloproliferativních onemocnění
Vitásková, Liana ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Studijní program: Zdravotnická bioanalytika Autor práce: Liana Vitásková, DiS. Vedoucí práce: prof. PharmDr. Martin Beránek, PhD. Název práce: Vyšetření MPL u myeloproliferativních onemocnění Tato bakalářská práce zpracovává téma myeloproliferativních onemocnění v souvislosti s mutacemi v MPL genu. Jejím cílem bylo zavést vyšetřovací laboratorní postupy na oddělení molekulární genetiky v Krajské nemocnici Liberec, a.s. Zvolením použitých metod jsem tuto metodu zavedla a je možné ji na našem pracovišti vyšetřovat. Určením konkrétní mutace je možné lépe určit diagnózu pacientů s myeloproliferativními onemocněními a nastavit tak vhodnou léčbu. Cíl práce: Cílem bakalářské práce bylo seznámit se s problematikou myeloproliferativních onemocnění a s jejich základní charakteristikou. Dále podrobné seznámení se s problematikou a významem mutací v MPL genu u myeloproliferativních onemocnění. Hlavním cílem bylo zavést a osvojit si metody používané při stanovení mutací MPL genu na pracovišti molekulární genetiky v Krajské nemocnici Liberec, a.s. Metody: V metodické části jsou popsány pracovní postupy, které jsem zavedla pro diagnostiku mutace v MPL genu na pracovišti molekulární genetiky Krajské nemocnice v Liberci,...
|
|
| |
|
| |
|
|
Genetické markery pro sledování posttransplantačního chimerismu
Řehounková, Michaela ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Michaela Řehounková Školitel: doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Genetické markery pro sledování posttransplatačního chimerismu Cíle práce: Zpracování dat pacientů, kteří prodělali alogenní transplantaci krvetvorných buněk v letech 2010 až 2014 ve Fakultní nemocnici Hradec Králové a jejich chimerismus byl sledován na Úseku molekulární biologie v Ústavu klinické biochemie a diagnostiky. Po zpracování dat se studoval možný vztah mezi vybranými klinickými parametry a použitými genetickými markery k vyšetření chimerismu. Na závěr se zhodnotily vlivy vybraných parametrů na úspěšnost léčby a úmrtnost v potransplantačním období. Metody: Pro vyšetření potransplantačního chimerismu byla použita metoda vyšetření lokusů krátkých tandemových repetic (STR), která využívá genetické variability mezi dárcem a příjemcem transplantovaného štěpu. DNA dárce a příjemce je izolována pomocí kolonkové soupravy QIAmp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, SRN), k amplifikaci se využívá souprava AmpFlSTR Identifier Kit (Applied Biosystems, USA) a k separaci kapilární elektroforéza (analyzátor ABI 3130-4, Applied Biosystems, USA) Závěr: Mezi nejinformativnější patřily markery D21S11, D2S1338, THO1, FGA a...
|
|
|
Genetické markery pro sledování posttransplantačního chimerismu
Řehounková, Michaela ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Michaela Řehounková Školitel: doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Genetické markery pro sledování posttransplatačního chimerismu Cíle práce: Zpracování dat pacientů, kteří prodělali alogenní transplantaci krvetvorných buněk v letech 2010 až 2014 ve Fakultní nemocnici Hradec Králové a jejich chimerismus byl sledován na Úseku molekulární biologie v Ústavu klinické biochemie a diagnostiky. Po zpracování dat se studoval možný vztah mezi vybranými klinickými parametry a použitými genetickými markery k vyšetření chimerismu. Na závěr se zhodnotily vlivy vybraných parametrů na úspěšnost léčby a úmrtnost v potransplantačním období. Metody: Pro vyšetření potransplantačního chimerismu byla použita metoda vyšetření lokusů krátkých tandemových repetic (STR), která využívá genetické variability mezi dárcem a příjemcem transplantovaného štěpu. DNA dárce a příjemce je izolována pomocí kolonkové soupravy QIAmp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, SRN), k amplifikaci se využívá souprava AmpFlSTR Identifier Kit (Applied Biosystems, USA) a k separaci kapilární elektroforéza (analyzátor ABI 3130-4, Applied Biosystems, USA) Závěr: Mezi nejinformativnější patřily markery D21S11, D2S1338, THO1, FGA a...
|
|
|
Vliv přídavku nosiče na izolaci volně cirkulujících nukleových kyselin z krevní plazmy
Vaňková, Radka ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Radka Vaňková Školitel: doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Vliv přídavku nosiče na izolaci volně cirkulujících nukleových kyselin z krevní plazmy Cíl práce: Cílem této práce bylo porovnat výtěžky volné cirkulující fragmentované DNA (cfDNA) extrahované ze vzorků krevní plazmy s přídavkem komerčně dostupných nosičů. Na základě výsledků real-time polymerasové řetězové reakce (qPCR) byl vybrán nejoptimálnější nosič pro rutinní izolaci cfDNA ze vzorků krevní plazmy. Metody: Kolonkovou extrakční metodou NucleoSpin Plasma XS Kit (Macherey-Nagel) byla z alikvotů směsné plazmy izolována cfDNA. Celkem bylo použito 7 typů nosičů, a to nosičová RNA (Qiagen), glykogen (Invitrogen), polyadenylová kyselina (Roche), lineární polyakrylamid (Invitrogen), kvasinková transferová RNA (Ambion), DNA ze spermatu lososa (Invitrogen), DNA ze spermatu sledě (Promega). Následně byla plazmatická DNA kvantifikována spektrofotometricky, fluorimetricky a pomocí qPCR. Výsledky: Nejlepších výsledků bylo dosaženo s přídavkem polyadenylové kyseliny o finální koncentraci 1,55 µg/ml. Výtěžnost cfDNA se přídavkem nosičové RNA a polyadenylové kyseliny o finálních koncentracích 1,55 µg/ml a 0,1 µg/ml signifikantně...
|
|
|
Molekulárně biologická vyšetření somatostatinových receptorů v diagnostice hypofyzárních nádorů
Drastíková, Monika ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Fryšák, Zdeněk (oponent) ; Patočka, Jiří (oponent)
Souhrn Molekulárně biologická vyšetření somatostatinových receptorů v diagnostice hypofyzárních nádorů Převážná většina hypofyzárních nádorů jsou benigní adenomy, z nichž 25-30 % tvoří klinicky afunkční adenomy (KAA). Léčbou první volby je u KAA transsfenoidální neurochirurgická operace, která však jen málokdy vede k úplnému odstranění adenomu a často zůstává přítomno reziduum nádoru. Tento fakt vedl k rozvoji nových farmakologických přístupů na bázi somatostatinových analog (SA) a modulátorů estrogenových receptorů (ER). SA jsou účinné u akromegalie, neuroendokrinních tumorů a Cushingovy choroby. Na druhou stranu, farmakologická léčba KAA většinou úspěšná nebývá. Nízká účinnost SA zde může souviset s variabilní expresí cílových receptorů. Cílem práce je určit expresní profily somatostatinových (SSTR typy 1-5) a estrogenových receptorů 1 (ER1). Pro kompletní přehled byly též u adenomů sledovány exprese dopaminového receptoru 2 (D2R). Experimentální část Skupina pacientů se skládala ze 105 mužů a 101 žen (20-87 roků, medián 61 roků). 144 vzorků představovalo KAA, 44 vzorků pocházelo od osob s akromegalií, 9 vzorků od osob s Cushingovou nemocí, 6 prolaktinomů a 3 TSH adenomy. Exprese receptorů byla stanovena pomocí kvantitativní real time PCR a získané výsledky byly normalizovány vůči expresi...
|
|
|
Optimalizace heteroduplexní analýzy, TGGE, k diagnostice dědičných onemocnění.
Rutová, Martina ; Fikrová, Petra (vedoucí práce) ; Beránek, Martin (oponent)
Diplomová práce se zabývá optimalizací gelové elektroforézy s teplotním gradientem (TGGE, temperature gradient gel electrophoresis) k diagnostice mutací v genu GJB2. Tento gen kóduje protein connexin 26, který je součástí vnitřního ucha. Mutace v genu GJB2 jsou nejčastější příčinou vrozené hluchoty, obvykle s autozomálně recesivní dědičností. Pro optimalizaci heteroduplexní analýzy TGGE byly vybrány vzorky DNA se známými genotypy nesoucí mutace c.35delG, W24X a c.358-360delGAG. Vzorky byly poskytnuty Oddělením lékařské genetiky Fakultní nemocnice Hradec Králové. Metoda TGGE slouží k separaci nukleových kyselin. Oproti klasické elektroforéze je v této metodě navíc podél celé délky gelu vytvořen teplotní gradient. Vzorek DNA se pohybuje v elektrickém poli rychlostí úměrnou své velikosti. V určité teplotě však začne docházet k denaturaci vláken, což se projeví zpomalením rychlosti migrace. Teplota tání je velmi závislá na primární struktuře analyzovaného úseku DNA, tím pádem lze ve výsledku na gelu rozlišit i stejně dlouhé fragmenty lišící se svou sekvencí bází. Optimalizace proběhla u dvou překrývajících se úseků kódující části genu GJB2. Vhodné primery a analytické podmínky byly nalezeny pro oba úseky genu. Ukázalo se, že pro lepší rozlišení homozygotních jednonukleotidových variant mutací je třeba...
|
|
|
Laboratorní výzkum nabíjení prachových zrn
Beránek, Martin ; Němeček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Jusko, Pavol (oponent) ; Nehasil, Václav (oponent)
Práce je zaměřena na studium nabíjecích procesů prachových zrn. Experimentální část se zabývá interakcí elektronů s prachovým zrnem a procesy samovybíjení zrn - polní emisí a polní ionizací. Druhá část práce se týká realizace nového konceptu lineární elektrodynamické pasti pro studium nabíjení prachových zrn. Bylo pozorováno nabíjení prachových zrn na vysoké kladné potenciály dopadem vysokoenergetických primárních elektronů a nárůst výtěžku sekundární elektron-elektronové emise u nabitých záporných zrn. Dále byly změřeny charakteristiky samovybíjení kladných a záporných zrn. U kladných zrn byla pozorována souvislost mezi samovybíjením polní ionizací a difuzí atomů ven ze zrna, která ukazuje na vysokou pravděpodobnost ionizace odcházejících částic i při nižších intenzitách pole, než běžně uváděné prahy pro polní ionizaci. Na základě návrhu v diplomové práci byla zkonstruována lineární kvardupólová past a úspěšně provedeno ověřovací měření, které potvrdilo očekávané vlastnosti pasti. Pomocí numerického modelu elektrického pole v pasti byl analyzován možný vliv některých konstrukčních nepřesností na chování pasti. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.