|
|
Physiology and ecology of saprotrophic basidiomycetes degrading dead plant biomass
Valášková, Vendula ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent) ; Koukol, Ondřej (oponent)
Souhrn Práce se zabýví saprotrofními basidiomycety rozklrádajícímiodumřelou rostlinou biomasu, ktere se qýraznou měrou podílí na rozkladu orgarricke hmoty v půdě a tím i na koloběhu uh]ftu a minerráJníchlátek v prostředí. Pozornost je věnována jejich roli při degradaci opadu a dřeva a jejich vlivu na mikrobirí.lníspolďenstvo. V experimentech byly pouŽity tři basiďomycete izolovarréz opadu dubového |esa: Hypholomo fascicularc, Rhodocolly- bi'a butyracca a Gwnoplls sp. Ačkoli všechny tři kmeny degradovaly duboqý opad za sterilních i nesterilních podmínek, rychlost degradace a produkce extracelulárních enzymů zodpovědných za degradaci se mezi jednotliqimi izoláty qý'razně lšila. Všeobecně však bylo možno rozklad způsobenýtěmito houbami přirovnat k typu rozkladu způsobeného houbami bíléhniloby. Všechny izoláty produkovaly lakáau, ma.nganovou perofdázu, en. doglukarrázu, endoxylanáa, y'.glukozidrízu a B-rylozidrázu' Díky lokráJnímuvýskytu mohly tyto houby způsobit prostorovou variabilitu širokéhospektra produkovaných enzymových aktivit. Prostorovi{ variabilita enzymových aktivit byla v ruzných hloubkrích horizontu pozorována současněs mlrožstvímhoubové biomasy a rovněž se složenímmikrobiálního společenstva. Gradient těchto veličin byl pozorovatelný v měřítku menšímnežjsou jed. notlivé půdníhorizonty' Houby během...
|
|
|
Diverzita a taxonomie zástupců rodu Geastrum ve Střední Americe
Zehnálek, Petr ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
V temperátním pásu, zejména pak v Evropě a Severní Americe, představuje rod Geastrum velmi dobře prozkoumanou skupinu břichatkovitých hub s dlouhodobou a obsáhlou historií studia. Naše znalost diverzity zástupců z jiných oblastí rozšíření, především tropů, je však dosti omezená. Cílem předkládané diplomové práce je přispět k poznání diverzity tohoto rodu v Panamě, Kostarice a Kolumbii. Během tří výjezdů do Panamy (provincie Chiriquí) jsem v letech 2015, 2016 a 2017 získal celkem 86 vlastních sběrů náležejících do rodu Geastrum. Tyto jsem charakterizoval na základě morfologických i molekulárních dat. Morfologickému studiu jsem rovněž podrobil 40 zapůjčených herbářových položek z Kostariky, Kolumbie i Panamy. Úspěšně jsem u vlastních sběrů osekvenoval čtyři lokusy DNA (ITS, LSU, RPB1 a ATP6). U herbářových položek byla úspěšnost metody nízká kvůli časté kontaminaci, stáří položky či pravděpodobně špatnému uchovávání položek. Molekulárně fylogenetická analýza byla provedena Bayesovskou metodou a v souladu s morfologickými znaky ukázala řadu linií nových pro Panamu a nejméně čtyři nové druhy pro vědu. Variabilita v druhových komplexech (např. G. lageniforme, G. saccatum, G. velutinum) je podrobněji rozebrána s důrazem na linie zaznamené ve vymezené oblasti. Pro Panamu jsem na základě morfologických...
|
|
|
Diverzita a taxonomie rodu Steccherinum v České republice
Geigerová, Tereza ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Borovička, Jan (oponent)
Předkládaná diplomová práce se zabývá výskytem a taxonomií rodu Steccherinum na území České republiky. Zástupci rodu Steccherinum jsou kornatcovité houby z čeledi Meruliaceae vyznačující se ostnitým hymenoforem, malými sporami a inkrustovanými pseudocystidami. Na základě revize herbářových položek a studia vlastních sběrů bylo na území České republiky potvrzeno alespoň 9 druhů tohoto rodu. V rámci této práce byla provedena analýza úseků ITS a LSU nrDNA, která posloužila k vytvoření fylogenetických stromů ukazujících příbuzenské vztahy rodu Steccherinum i rodů blízce příbuzných. U druhu S. ochraceum s. l. byly měřeny vybrané znaky (počet ostnů, jejich délka, velikost spor a velikost pseudocystid) a následně pozorována jejich morfologická variabilita u jednotlivých plodnic a v závislosti na podmínkách prostředí (substrátu a nadmořské výšce). Morfologie některých jedinců byla následně srovnána i s molekulárními daty. V rámci S. ochraceum s. l. byly definovány dva clady, přičemž rozdíly mezi nimi je pravděpodobně možné přičíst vnitrodruhové variabilitě. Na základě fylogenetické analýzy se nepodařilo separovat druh S. rhois jako samostatný. Z výsledků nevyplývá závislost morfologie plodnic na podmínkách prostředí. Součástí práce jsou mapy výskytu jednotlivých druhů rodu Steccherinum na území České republiky.
|
|
|
Diverzita, výskyt a fylogeneze zástupců anamorfního rodu Chalara
Seifertová, Petra ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Haňáčková, Zuzana (oponent)
Rod Chalara shrnuje anamorfní, mikroskopické zástupce hub s typickou morfologickou stavbou konidiogenní buňky - fialidy s bříškem a dlouhým trubicovitým límečkem, z něhož vychází nejčastěji hyalinní, cylindrické konidie. Je evolučně jednoduchým znakem a vyvinula se zjevně opakovaně, zástupci rodu Chalara souvisí s několika teleomorfními druhy v rámci podkmenu Pezizomycotina, z nichž největší počet spadá pod řád Helotiales. Rod se vyskytuje kosmopolitně, jeho druhy jsou nalézány na různých substrátech s rozdílnými ekologickými nároky (od saprotrofů po parazity). Tato bakalářská práce podává přehled o diverzitě, substrátové preferenci druhů a jejich pozici v systému. Dalším úkolem je poukázat na posun od počátečních fylogenetických pohledů založených pouze na morfologických znacích až po moderní názory podpořené molekulárními metodami. Klíčová slova: fylogeneze, Chaetochalara, Infundichalara, Xenochalara, teleomorfa
|
|
|
Diversita, fylogeneze a ekologie zástupců čeledi Geastraceae
Zehnálek, Petr ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Kříž, Martin (oponent)
Čeleď Geastraceae je kosmopolitně rozšířenou skupinou hub se saprotrofním způsobem výživy. Její zástupci nesou základní rysy již neexistující třídy Gasteromycetes. Plodnice s angiokarpní morfologií se vyznačují dobře vyvinutými obaly plodnic s velmi odlišnými funkcemi. Častý a pro čeleď typický je i hvězdovitý tvar plodnice. Tato bakalářská práce se zabývá čeledí Geastraceae a klade si za cíl podat základní přehled o současné úrovni poznání této skupiny hub. Jedná se o skupinu se zaznamenanou ze všech kontinentů kromě Antarktidy. Zástupci čeledi Geastraceae jsou nalézáni na různých lesních i nelesních stanovištích a jedná se o saprotrofní druhy. Zástupci této čeledi jsou charakterističtí svou morfologií, k níž se váže řada speciálních termínů, a proto bude podrobně rozebrána. Cílem je také zrekapitulovat historický vývoj postavení čeledi Geastraceae v rámci systému stopkovýtrusných hub. Nedávné molekulárně fylogenetické studie přinesli překvapující poznatky o vnitřní taxonomii čeledi Geastraceae a příslušnost několika rodů do čeledi Geastraceae byla zpochybněna.
|
|
|
Fyziologie dřevomorky domácí Serpula lacrymans
Švec, Karel ; Gabriel, Jiří (vedoucí práce) ; Koukol, Ondřej (oponent)
Serpula lacrymans, původce hnědé hniloby dřeva v interiérech, je nejčastěji se nacházející basidiomycet v budovách. Z pohledu ekonomických ztrát a destruktivního potenciálu, je to jedna z nejvýznamnějších hub vůbec. S. lacrymansje schopna rychle kolonizovat, a následně efektivně štěpit substrát díky masivnímu šíření mycelia. Navzdory faktu, že fyziologie této houby je studována více než 100 let, stále proti ní neexistuje dostatečně efektivní metoda obrany. Nicméně, prevence a snaha udržet prostředí budov suché se zdá stále být tou nejlepší možností. Tato práce poskytuje přehled nejnovějších znalostí fyziologie S. lacrymans a technologií, používaných v sanaci napadených budov. klíčová slova: Serpula lacrymans, dřevomorka domácí, fyziologie hub, rhizomorfy, sanace, dřevěné konstrukce, horký vzduch, mikrovlny, fungicidy
|
|
|
Vliv sekundárních metabolitů (esenciálních olejů) na endofytické houby kolonizující listy Rhododendron tomentosum
Koudelková, Barbora ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Žabka, Martin (oponent)
Rhododendron tomentosum je stálezelený keř, který je typický svým obsahem sekundárních metabolitů, především esenciálního oleje s antimikrobiálními účinky. Diverzita endofytických hub v tomto druhu a jejich případná adaptace na růst v prostředí esenciálního oleje je velmi málo prozkoumána. Prvním cílem této práce tedy bylo zmapovat diverzitu endofytických hub kolonizujících listy druhu R. tomentosum na sedmi lokalitách v ČR a jedné v Estonsku. Z listů R. tomentosum jsem izolovala a pomocí srovnání úseků ITS1 a ITS2 rDNA se sekvencemi z GenBank a morfologických znaků určila 37 druhů endofytických hub. Dominantní byly druhy široce rozšířené a vyskytující se jako endofyté v zástupcích většiny rostlin. Druhým cílem mé práce bylo zjistit, zda esenciální olej z R. tomentosum má vliv na jeho endofytické houby. Předpokladem bylo, že kmeny endofytických hub získané z R. tomentosum budou růstu v prostředí esenciálního oleje přizpůsobené a na médiích s přidanými různými koncentracemi těchto chemických látek tedy porostou lépe v porovnání s kmeny stejných druhů získaných z jiných substrátů. U čtyř ze sedmi testovaných druhů rostly kmeny získané z R. tomentosum rychleji, ale i na médiu bez chemických sloučenin. Většinu kmenů (z R. tomentosum i z jiných substrátů) také výrazněji inhibovala až nejvyšší...
|
|
|
Hyaloscyphaceae - současný pohled na fylogenezi a diverzitu
Bundová, Kateřina ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Šandová, Markéta (oponent)
Čeleď Hyaloscyphaceae (Helotiales) zahrnuje mikroskopické druhy hub, které jsou charakterizovány sesilními apothecii s excipulárními chlupy; tyto chlupy jsou velmi dobrým taxonomickým znakem. Naprostá většina druhů této čeledi jsou saprotrofní organismy vyrůstající na mrtvém bylinném nebo dřevěném substrátu v opadu, nejběžněji vyrůstají na opadaných jehlicích, šiškách a větévkách jehličnatých dřevin. Rozšíření čeledi je kosmopolitní s těžištěm výskytu v temperátních a boreálních lesích, nicméně se vyskytují i v lesích tropických a subtropických pásem. Čeleď Hyaloscyphaceae je pravděpodobně polyfyletickým konglomerátem, který zahrnuje několik vývojových větví, proto je potřeba tuto skupinu blíže prostudovat. Cílem této bakalářské práce je utřídit a porovnat názory na fylogenezi čeledi Hyaloscyphaceae od počátečních morfologických studií až po současné studie založené na molekulárních datech a na základě těchto informací vytvořit přehled rodů hub řazených v současné době do Hyaloscyphaceae. A v neposlední řadě je mým cílem popsat ekologickou a druhovou diverzitu čeledi.
|
|
|
Rozšíření a význam invazního patogenu Cryptostroma corticale na Acer pseudoplatanus v Praze
Kelnarová, Ivana ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Sumíková, Taťána (oponent)
Sazná nemoc kůry (sooty bark disease) způsobená fytopatogenní houbou Cryptostroma corticale je jednou z aktuálních hrozeb pro populaci javoru klenu v Evropě. Od prvního nálezu v Praze v roce 2005 bylo zaznamenáno několik desítek jedinců uhynulých v důsledku nákazy tímto patogenem, ale lze předpokládat vyšší míru nákazy přetrvávající v latentní nesymptomatické fázi. Hlavním cílem práce bylo kvantifikovat latentní výskyt C. corticale v Praze na základě brzké detekce v pletivech stromů bez vnějších symptomů, identifikovat ekologické nároky tohoto patogenu a stresové faktory podmiňující rozvoj infekce. Dalším cílem bylo na základě získaných dat predikovat rizika pro pražskou populaci javoru klenu a vytipovat další ohrožené lokality v Praze. Sekundárně bylo v práci hodnoceno i spektrum hub kolonizujících xylém javoru klenu. Vzorky pletiv odebrané pomocí Presslerova nebozezu byly podrobeny: a) izolací kultivovatelných hub na sladinový agar a b) detekcí DNA C. corticale na základě nested PCR s druhově specifickými primery. Latentní nákaza byla detekována ve 28 vývrtech. Z 27 pozitivních případů detekce pomocí nested PCR se specifickými primery bylo 10 podpořeno i izolací C. corticale na agar. Pouze v jednom případě nebyla pozitivní izolace C. corticale na agar potvrzena pomocí nested PCR. Přítomnost...
|
|
|
Molecular biology of soil fungi participating in litter decomposition in forest ecosystems
Voříšková, Jana ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Gryndler, Milan (oponent) ; Koukol, Ondřej (oponent)
V lesních ekosystémech vstupuje významná část uhlíku do půdy ve formě rostlinného opadu. Dekompozice opadu a půdní organické hmoty je proto důležitým procesem ovlivňujícím bilanci živin a toky uhlíku v půdě. Houby jsou v terestrických ekosystémech pokládány za nejvýznamnější rozkladače a to díky své schopnosti produkovat řadu extracelulárních enzymů, které jim umožňují rozkládat biopolymery. I když houby zastávají klíčovou roli v procesu dekompozice, jen málo je známo o struktuře a diverzitě jejich společenstev a jejich přesná funkce v lesních půdách zůstává mnohdy nejasná. Tato disertační práce byla zaměřena na charakterizaci houbových společenstev v lesních půdách a jejich schopností týkajících se dekompozice rostlinného opadu. Součástí této práce bylo vypracovat metodiku pro podrobnou analýzu komplexních mikrobiálních společenstev a využít ji pro analýzu environmentálních vzorků. Dále se podařilo kvantifikovat diverzitu genu pro exocelulázu v půdním vzorku. Výsledky této práce ukázaly, že struktura mikrobiálního společenstva se liší mezi horizonty lesního půdního profilu. Významné rozdíly ve složení společenstva byly pozorovány mezi DNA a RNA komunitou navzdory jejich podobné diverzitě. Několik mikrobiálních taxonů vysoce abundantních v RNA vykazovalo jen velmi nízkou abundanci v DNA, což...
|
host ::
RSS.