|
|
Evoluční aspekty (epi)genetické determinace laterality se zaměřením na horní končetinu
Holoubková, Tereza ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Struška, Michal (oponent)
Preference horní končetiny je jednou z nejvíce zřetelných asymetrií lidského těla. V populaci se vyskytuje přibližně 90 % pravorukých, což je ten nejsilnější sklon k používání jedné z končetin mezi veškerými primáty. Preference horní končetiny je spojená s lateralizací mozku pro řeč a je podmíněná jak geneticky, tak i faktory prostředí. Genetické podmínění preference horní končetiny nebylo stále rozklíčováno, i když je v dnešní době množství genů a oblastí, které se dají považovat za kandidátní. Kromě kandidátních genů se ke genetickému podmínění vážou i epigenetické vlivy a role testosteronu. Preference horní končetiny se začala projevovat už na počátku vývoje lidské populace, přibližně v době středního pleistocénu, a to se stejným procentuálním výskytem levorukých jako dnes. Polymorfismus levorukosti se v populaci udržuje na základě frekvenčně-dependentního modelu, jelikož levorukost s sebou přináší mnoho výhod, ale také nevýhod.
|
|
|
First-trimester screening of pregnancy-related complications using plasma exosomal C19MC microRNAs
Špačková, Kamila ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Těhotenské komplikace jako gestační hypertenze, preeklampsie, fetalní růstová restrikce, gestační diabetes mellitus, spontánní předčasný porod a předčasná ruptura plodových obalů mohou mít vážné následky jak pro matku, tak pro dítě. tudíž v porodnictví velmi žádaným cílem. Objev cirkulujících microRNA v mateřské plazmě otevřel v tomto oboru nové možnosti. MicroRNA jsou krátké, nekódující, 21 až 23 nukleotidy dlouhé, jednořetězcové RNA, jejichž ní funkcí je regulace genové exprese. V placentě se během těhotenství exprimují jak běžné, tak unikátní miRNA, mezi nimi i miRNA z klastru C19MC. Některé z těchto miRNA vykazují v souvislosti s určitými těhotenskými komplikacemi změny v expresním profilu. Tato práce popisuje plazmatické exozomální profily šesti miRNA z klastru C19MC (miR prvním trimestru, u kterých se následně projevily těhotenské komplikace a srovnává je s ily u pacientek s normálním těhotenstvím.
|
|
|
Glaukom - genetická analýza rodiny ve vztahu k autoimunitnímu pozadí
Buchtelová, Aneta ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Ďuďáková, Ľubica (oponent)
Úvod: Současné poznatky o patogenezi glaukomu již prokázaly přítomnost autoimunitních mechanismů. Typickým rysem autoimunitních onemocnění je jejich častá vzájemná koincidence, např. celiakie a diabetes mellitus 1. typu či psoriáza. Tato souvislost může být vysvětlena například sdílením některých rizikových variant HLA molekul II. třídy. Budeme-li glaukom považovat za autoimunitní nemoc, vyvstává otázka, jaký vliv mohou mít kandidátní geny pro glaukom na fenotyp jiného autoimunitního onemocnění, či naopak, zdali rizikové genetické varianty asociované s celiakií mohou ovlivňovat fenotyp glaukomu. Cíle: Cílem práce bylo i) na základě dostupné literatury vytipovat genetické rizikové markery pro vznik glaukomu a zmapovat jejich výskyt mezi členy třígenerační rodiny s glaukomem a vícečetnými autoimunitními chorobami, ii) u téže rodiny najít nositele HLA-DQ2/DQ8, iii) ověřit, zda genotyp jedince koreluje s jeho fenotypem, a iv) stanovit případný vliv alel HLA na fenotyp glaukomu. Materiál a metody: Do studie byla zavzata třígenerační rodina (34 jejích členů), ve které se vyskytuje glaukom a zároveň autoimunitní onemocnění celiakie, diabetes mellitus 1. typu a psoriáza. Bylo vybráno 8 rizikových markerů (jednonukleotidových polymorfismů (SNP)) doposud spojovaných s glaukomem: rs74315329, rs74315329...
|
|
|
Střevní mikrobiom člověka: Vznik, ontogenetický vývoj, diverzita a možnosti využití v antropologii
Dvořáková, Barbora ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Schierová, Dagmar (oponent)
Střevní mikrobiom člověka je široký pojem zahrnující v sobě veškerý mikroorganismální život osidlující lidské střevo. Bakterie nacházející se v lidském střevě reprezentují největší část lidského mikrobiomu, tvoří značné procento buněčné výbavy člověka a jejich genomy představují významnou součást lidského genomu. Střevní mikrobiom má zásadní vliv na zdraví člověka a mění se během života např. v závislosti na změně stravy a užívání léčiv. Předkládaná práce se zabývá původem a vývojem střevního mikrobiomu, faktory, které působí na jeho utváření a diverzitu, a možnostmi jeho využití v antropologii.
|
|
|
Charakteristika chromozomálních změn u nefroblastomů pomocí SNP array a MLPA
Štolová, Lucie ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Nefroblastom je nejrozšířenějším pediatrickým nádorem ledvin, který se vyskytuje především u mladších dětí, s průměrným věkem v době diagnózy 42,5 měsíce u dívek a 36,5 měsíce u chlapců. I přesto, že je jeho léčba v současné době velmi úspěšná a celkové přežívání dosahuje více než 90 %, je stále co nového objevovat a vylepšovat. Důležitou roli pro správný výběr léčby hraje nejenom histologie tumoru, ale také přítomné chromozomální změny. Některé z nich (např. zisk 1q, společná delece 1p a 16q, delece genu TP53) byly potvrzeny jako negativní prognostické markery, jelikož souvisí se zvýšeným rizikem relapsu onemocnění nebo anaplastickým typem nefroblastomu, který je řazen do skupiny vysokého rizika. Tyto změny jsou proto společně s histologií tumoru používány pro stratifikaci nefroblastomů. U některých z těchto změn bylo zjištěno, že se v nefroblastomu nachází i v heterogenním stavu (pouze v části buněk), což také komplikuje léčbu pacienta a není možné na to přijít při odběru pouze jednoho vzorku z tumoru. V práci jsme se zaměřili na detekci chromozomálních změn přítomných v nefroblastomech 44 pacientů a jejich asociacím s klinickými daty. Některé ze známých asociací jsme prokázali (delece 22q s vyšším věkem diagnózy a anaplastickým typem nefroblastomu) a jiné se nám nepodařilo potvrdit (zisk MYCN a...
|
|
|
Vliv vybraných zánětlivých agens na proces osteoklastogeneze
Škubica, Patrik ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Hušáková, Markéta (oponent)
Úvod: Kost je v průběhu života značně aktivní tkání, která podléhá konstantním remodelacím. Na střídavé resorpci a novotvorbě mají hlavní podíl osteoklasty, osteoblasty a osteocyty. Osteoklasty jsou jediné známé buňky se schopností odbourávat kostní tkáň. Tyto buňky vznikají fúzi prekurzorů v kostní dřeni nebo monocytů v periferní krvi v procesu zvaném osteoklastogeneze. Vznik osteoklastů z periferních prekurzorů může hrát významnou roli v souvislosti s chronickými zánětlivými chorobami, u nichž je známé zvýšené riziko rozvoje osteoporózy v průběhu života. Jednou z těchto chorob je celiakie, při níž u postižených jedinců po příjmu lepku v potravě dochází k rozpadu střevní sliznice a rozvoji chronického zánětu. V této práci jsme se zaměřili na potenciální roli osteoklastogeneze při rozvoji osteoporózy u pacientů s celiakií a ověřili jsme obecně vlivy vybraných zánětlivých agens (TNF-α, IL-6, IFN-γ a cfDNA) s předpokládanými nebo hypotetizovanými účinky v osteoklastogenezi. Materiál a metody: V plazmě a séru nově diagnostikovaných pacientů s celiakií, pacientů na dietě a zdravých kontrol jsme analyzovali koncentrace cfDNA a cytokinů TNF-α, IL-6, IFN- γ. Séra těchto pacientů a kontrol jsme spolu s rekombinantními cytokiny užívali v kultivacích. Pro ověření vlivu cfDNA jsme séra ošetřovali DNázou....
|
|
|
Možnosti a limity stanovení specifických markerů zánětu oka na základě analýzy slz
Mandíková, Šárka ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Sičáková, Silvia (oponent)
V této studii jsme se zaměřili na stanovení hladin cytokinů IL-1β, IL-4, IL-10, IFN-γ, MIF a VEGF v slzách u zdravých jedinců. Cytokiny jsme testovali jako potenciální markery zánětu pro jejich možné využití v klinické praxi. Díky spolehlivé metodě měření hladin cytokinů v slzách by byla možná včasná a neinvazivní diagnostika očních onemocnění. Pomocí Bio-Plex Cytokine Assay (Bio-Rad) jsme ve dvou etapách analyzovali vybrané cytokiny. Posoudili jsme vhodnost metody pro diagnostické účely a zároveň klinickou vhodnost námi vybraných cytokinů. Byly potvrzeny vzájemné, statisticky významné pozitivní korelace cytokinů: IL-10 s IFN-γ (r = 0,81), MIF s VEGF (r = 0,42 / r = 0,49), IL-1β s IL-10 (r = 0,52), IL-1β s IFN-γ (r = 0,55), IL-1β s VEGF (r = 0,38), IFN-γ s VEGF (r = 0,45) a IL-4 s VEGF (r = 0,48) u zdravých jedinců v slzách. IL-4 (r = -0,37) a IFN-γ (r = -0,42) negativně korelují s věkem. V závislosti na pohlaví, BMI, tuku v těle, čase jídla před odběrem, zátěži oka při práci s počítačem a pocitu suchého oka nebyly u zdravých jedinců nalezeny statisticky významné rozdíly hladin cytokinů. Soudíme tedy, že námi vybrané cytokiny jsou pro diagnostické účely vhodné. Mezi první a druhou etapou měření byly nalezeny významné rozdíly v koncentracích u čtyř (IL-1β, IL-10, IFN-γ a VEGF) z pěti sledovaných...
|
|
|
Zánětlivé faktory v celiakii a jejich vliv na monocyty periferní krve
Golovina, Elena ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Čepek, Pavel (oponent)
Úvod: Celiakie je orgánově specifické autoimunitní onemocnění, které vzniká ztrátou orální tolerance lepku u geneticky predisponovaných jedinců. Při celiakii u pacientů byly pozorovány zvýšené hladiny zánětlivých cytokinů (např. IFN-γ, TNF-α, IL-6) v tenkém střevě a v periferní krvi. Tyto cytokiny mají schopnost zvyšovat expresi interferon regulujícího faktoru 1 (IRF1), který je potenciálním hráčem v patogenezi celiakie. IRF1 hraje roli v apoptóze, diferenciaci a protizánětlivé reakci různých imunitních buněk. Monocyty jsou důležitou složkou imunitního systému. Širokou paletu jejich funkcí jim umožňují plnit membránové receptory, jejichž expresi může vyvolávat mimo jiné i IRF1. Pro objasnění vlivu IRF1 na patogenezi celiakie jsme se v této pilotní studii zaměřili na cirkulující monocyty a na i) detekování změn monocytární exprese IRF1 mRNA v zánětlivé prostředí u pacientů s celiakií (recentních, rCD, i dodržujících rok a déle bezlepkovou dietu, CD-GFD), a ii) následně na odhalení vlivu IRF1 na monocyty pomocí markerů apoptózy (CD95) a protizánětlivé reakce (CD163 a IL-10). Materiál a metody: Do studie bylo zahrnuto 15 pacientů s celiakií (5 rCD a 10 CD-GFD) a 10 zdravých dárců jako kontroly. Pro stanovení hladin mRNA studovaných cytokinů a faktorů (IRF1, CD95, CD163, IL-10) jsme z monocytů...
|
|
|
Expresní profily vybraných kandidátních genů celiakie
Okruhlicová, Šárka ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Novota, Peter (oponent)
Úvod: Celiakie je multifaktoriální autoimunitní onemocnění, které je vyvoláno reakcí na gluten a s ním související proteiny u geneticky vnímavých jedinců. Genetické studie prokázaly vysokou asociaci celiakie s geny HLA (lidské leukocytární antigeny) II. třídy. Přibližně 90-95 % pacientů má HLA-DQ2 haplotyp (DQA1*05/DQB1*02), zbývajících 5-10 % je nositeli HLA-DQ8 (DQA1*03/DQB1*03) nebo zdědili pouze jednu alelu haplotypu HLA-DQ2. Přibližně 30 % zdravé populace má tento haplotyp, ale pouze u 1 % se vyvine celiakie. Pokud se u 30 % zdravých jedinců vyskytuje rizikový haplotyp a nevyvine se u nich celiakie, může to být ovlivněno odlišnou mírou exprese u zdravých a nemocných jedinců. Zda se u této skupiny celiakie projeví či nikoliv, může být ovlivněno odlišnou mírou exprese. Cíle: Cílem bylo navrhnout a otestovat systém primerů a sond pro kvantitativní PCR (QPCR), který bude amplifikovat všechny vybrané alely HLA-DQA1 a HLA-DQB1 kandidátních genů rizikových pro celiakii, a tento systém ověřit prostřednictvím kvantifikace relativní exprese rizikových genů u zdravých dárců a pacientů s celiakií. Metody: Do studie bylo zahrnuto 10 pacientů s recentní celiakií a 15 zdravých dárců, kteří byli vybráni z databáze Ústavu lékařské genetiky 3. LF UK na základě jejich genotypu HLA-DQA1 a HLA-DQB1. U pacientů byl...
|
|
|
Genetická determinace a dědičnost kraniofaciálních znaků na základě vybraných lokusů DNA
Králíková, Kristýna ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
Úvod: Genetická podmíněnost lidského obličeje je zřejmá při pohledu na členy rodin a pozoruhodná je podobnost monozygotních dvojčat, která jsou geneticky identická. Možnost spolehlivé predikce komplexní morfologie faciálních znaků na základě analýzy genomu a schopnost postihnout variabilitu morfologie lidského obličeje prostřednictvím variability genotypové je zatím silně omezená. Kompletní genetický podklad fyziologické variability kraniofaciláních znaků zůstává v podstatě neznámý. Tato diplomová práce vznikla jako pilotní studie společného projektu Laboratoře 3D zobrazovacích a analytických metod a Laboratoře molekulární antropologie Katedry antropologie a genetiky člověka. Materiál a metody: Soubor vzorků je tvořený 30 rodinami (29 rodin čtyřčlenných a 1 rodina pětičlenná), které splnily stanovené požadavky. Na základě dostupných informací bylo vybráno 9 jednonukleotidových polymorfismů; osm z nich je již spojováno s normální variabilitou obličeje, jeden byl vybrán na základě předpokladu funkce genu, ve kterém polymorfismus leží. Genotypizace probíhala dvěma metodami - pomocí restrikční endonukleázy metodou RFLP a metodou SNaPshot. Morfologická data byla poskytnuta Laboratoří 3D zobrazovacích a analytických metod. Závěr: Potvrdili jsme asociaci dvou polymorfismů s morfologií lidského obličeje....
|
host ::
RSS.