|
|
Vývoj metod pro detekci cirkulujících nukleových kyselin u pacientů s nádorovým onemocněním
Kobrle, Lukáš ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Valihrach, Lukáš (oponent)
Nádorová onemocnění patří mezi nejčastější příčiny úmrtí na světě, s čímž je spjata také neustále rostoucí incidence dokonce i některých hůře léčitelných variant. Mezi jeden z nejčastějších typů nádorového onemocnění na světě patří kolorektální karcinom, který z pohledu mortality zaujímá druhé místo. Z těchto důvodů došlo k rozvoji různých metod sloužících pro včasnou diagnostiku onemocnění. Jednou z moderních a neinvazivních metod je tzv. kapalná biopsie využívající detekci cirkulujících nukleových kyselin DNA a RNA z krve pacientů. Tato metoda je vhodná také pro výběr terapie, sledování její účinnosti a pozorování návratu onemocnění. V této práci byl vytvořen metodický postup pro sledování cirkulujících nukleových kyselin k jejímu dalšímu použití u kohorty pacientů s kolorektálním karcinomem. Pro izolaci cirkulujících nukleových kyselin z plasmy zdravých kontrol byly využity různé komerční kity, mezi nimiž byl zvolen ten nejlepší z hlediska kvality a kvantity. Pomocí vzorků od zdravých dárců byla také stanovena hranice pro detekci hemolýzy pomocí qPCR. Vše bylo poté použito na vzorky RNA izolovaných z plasmy onkologických pacientů, z nichž byla připravena knihovna krátkých molekul RNA pro následnou sekvenaci. Po zpracování výsledků bylo stanoveno zastoupení miRNA molekul v celkovém objemu...
|
|
|
Funkce telomer a volné DNA u zdravých jedinců a u vybraných patologických stavů
Zinková, Alžběta ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Vodička, Radek (oponent) ; Drábek, Jiří (oponent)
Od objevu volné DNA (cfDNA) uplynulo více než 70 let, ale k největšímu zájmu o toto téma a k poznání dochází bezesporu v posledních třiceti letech. Využití nachází především v onkologii a prenatální diagnostice. Zatímco v těchto oborech je rutinně diagnosticky využívána, jen málo se ví o jejích fyziologických funkcích v organismu. Náš výzkum se proto zaměřuje na pochopení této úlohy a v experimentech pracuje zejména se vzorky získanými od zdravých jedinců. První studie byla zaměřena na rozdíly mezi plazmou a sérem zdravých jedinců. Položili jsme si otázku, zda se u nich liší koncentrace cfDNA a zastoupení telomerických sekvencí a zjistili jsme, že sérum obsahuje signifikantně více cfDNA než plazma, na druhou stranu je plazma relativně bohatší na telomerické sekvence. Při stimulačních experimentech s THP1 buňkami vykazovaly vzorky kultivované se sérem ošetřeným DNázou (bez přítomnosti cfDNA) vyšší expresi mRNA TNF-α (Tumor necrosis factor α), než vzorky kultivované s neošetřeným sérem a stejný trend byl pozorován i při stimulaci se vzorky plazmy. Studie zahrnující vzorky plazmy od deseti pacientů s celiakií a deseti zdravých kontrol ukázala při stimulaci THP1 buněk signifikantní rozdíly exprese mRNA TNF-α u DNázou ošetřených vs. neošetřených vzorků, kdy u ošetřených vzorků plazmy byla jejich...
|
host ::
RSS.