|
|
Vývoj a implementace nových přístupů umožňujících proteomickou charakterizaci kostních tkání ve stomatochirurgii
Michalus, Iva ; Hynek, Radovan (vedoucí práce) ; Šebela, Marek (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
1 Abstrakt Proteomika je bouřlivě se rozvíjející obor, který nachází uplatnění v mnoha oblastech medicíny, včetně stomatologie. Přesto proteomická charakterizace kostních tkání ve stomatochirurgii není stále běžně využívána. Hlavní příčinou je značná komplikovanost používaných analytických přístupů, která vyplývá z nerozpustného charakteru kostních tkání. Cílem této práce bylo vyvinout a aplikovat přímočarou metodiku, která by mohla vést k rutinnímu využití proteomiky i v této oblasti. Nejprve byla s využitím prasečích čelistních kostí jako modelových vzorků vyvinuta technika umožňující identifikovat až stovky proteinů díky jejich štěpení trypsinem přímo v kostních tkáních ("in-bone digestion") následovaného analýzou pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie s předřazenou kapalinovou chromatografií (LC-MS/MS). Tato technika byla následně aplikována na analýzu odoperovaných tkání lidských maxilárních a mandibulárních kostních tkání. Jak ve vzorcích maxilárních, tak mandibulárních kostí, bylo možné technikou přímého štěpení identifikovat značné množství proteinů. Navíc matematická analýza získaných dat umožnila též rozlišit mezi tkáněmi postiženými zánětem a zdravými tkáněmi. Přístup založený na přímém štěpení byl následně úspěšně rozšířen též na analýzu in vitro modelů lidských kostních tkání. Přímé štěpení...
|
|
|
Proteomická analýza inženýrované hyalinní chrupavky
Kaňovská, Zuzana ; Vičarová,, Petra (oponent) ; doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce bylo sledovat expanzi chondrocytů, specializovaných buněk chrupavky, in vitro v kultivačním médiu s obsahem plazmy bohaté na krevní destičky, zhodnotit vliv přídavku růstových faktorů TGF-1 a IGF-1 do média a prozkoumat možnosti aplikace proteomické analýzy ve vývoji chrupavkových kloubních náhrad. Chondrocyty byly izolovány ze vzorků kloubních hyalinních chrupavek získaných ve spolupráci s FN Brno a expandovány v médiích. Vzniklé konstrukty byly následně analyzovány pomocí imunocytochemické metody, průtokové cytometrie a proteomické analýzy s využitím LC-MS/MS.
|
|
|
Molecular events associated with resistance to tyrosine kinase inhibitors in leukemia cells.
Hrdinová, Tereza
Chronická myeloidní leukémie (CML) je myeloproliferativní onemocnění hematopoézy charakterizované expresí konstitutivně aktivní tyrozin kinázy BCR-ABL. Ačkoli vývoj tyrozin kinázových inhibitorů (TKI) jako je imatinib zásadním způsobem zefektivnil léčbu CML, u určité skupiny pacientů vzniká rezistence na TKI léky. Nejčastější příčinou rezistence jsou bodové mutace v genu BCR ABL1, méně pak i další na mutaci nezávislé mechanismy. Růst rezistentních CML buněk v přítomnosti TKI léků je důsledkem adaptivních změn v jejich metabolismu. Rezistence může být udržována vnějšími signály, mezi nimiž sehrávají důležitou roli exozomy, malé membránové vezikuly uvolňované (rezistentními) buňkami. Cílem této práce bylo proteomicky charakterizovat dvě buněčné linie CML (senzitivní a rezistentní na imatinib) a také exozomy, produkované rezistentními buňkami. Identifikace metabolických drah esenciálních pro růst rezistentních buněk v prostředí imatinibu umožňuje zacílit jejich metabolismus klinicky dostupnými léky, což nabízí potenciál pro jejich využití v (personalizované) léčbě. Proteomickou analýzou exozomů z rezistentních buněk lze identifikovat specifické povrchové membránové proteiny využitelné jako klinicky relevantní diagnostické markery rezistence na imatinib. Pro tyto účely byly vyvinuty a analyzovány dvě...
|
|
| |
|
|
Molecular events associated with resistance to tyrosine kinase inhibitors in leukemia cells.
Hrdinová, Tereza ; Vyoral, Daniel (vedoucí práce) ; Klener, Pavel (oponent) ; Holoubek, Aleš (oponent)
Chronická myeloidní leukémie (CML) je myeloproliferativní onemocnění hematopoézy charakterizované expresí konstitutivně aktivní tyrozin kinázy BCR-ABL. Ačkoli vývoj tyrozin kinázových inhibitorů (TKI) jako je imatinib zásadním způsobem zefektivnil léčbu CML, u určité skupiny pacientů vzniká rezistence na TKI léky. Nejčastější příčinou rezistence jsou bodové mutace v genu BCR ABL1, méně pak i další na mutaci nezávislé mechanismy. Růst rezistentních CML buněk v přítomnosti TKI léků je důsledkem adaptivních změn v jejich metabolismu. Rezistence může být udržována vnějšími signály, mezi nimiž sehrávají důležitou roli exozomy, malé membránové vezikuly uvolňované (rezistentními) buňkami. Cílem této práce bylo proteomicky charakterizovat dvě buněčné linie CML (senzitivní a rezistentní na imatinib) a také exozomy, produkované rezistentními buňkami. Identifikace metabolických drah esenciálních pro růst rezistentních buněk v prostředí imatinibu umožňuje zacílit jejich metabolismus klinicky dostupnými léky, což nabízí potenciál pro jejich využití v (personalizované) léčbě. Proteomickou analýzou exozomů z rezistentních buněk lze identifikovat specifické povrchové membránové proteiny využitelné jako klinicky relevantní diagnostické markery rezistence na imatinib. Pro tyto účely byly vyvinuty a analyzovány dvě...
|
|
|
Proteomická analýza v hematologickém výzkumu: identifikace alfa2-makroglobulinu jako specifického vazebného proteinu pro hormon hepcidin a změny proteomu leukemických buněk K562 v průběhu indukované diferenciace butyrátem sodným.
Pešlová, Gabriela ; Vyoral, Daniel (vedoucí práce) ; Krijt, Jan (oponent) ; Suttnar, Jiří (oponent)
Dizertační práce: "Proteomická analýza v hematologickém výzkumu: identifikace alfa2-makroglobulinu jako specifického vazebného proteinu pro hormon hepcidin a změn proteomu leukemických buněk K562 v průběhu indukované diferenciace butyrátem sodným" je postavena na proteomickém přístupu k identifikaci a funkční charakterizaci proteinů, které se účastní transportu hormonu metabolismu železa, hepcidinu v krevní plazmě a které se uplatňují při erytroidní diferenciaci modelových buněk linie K562. V první části se jedná o proteomické využití nedenaturujících, nativních separačních metod, zejména chromatografie a nativní elektroforézy, ve druhé části pak o porovnání proteomu kontrolních a butyrátem indukovaných buněk pomocí klasické techniky - dvojrozměrné SDS polyakrylamidové elektroforézy. Metody použité v dizertaci rozšiřují spektrum technik použitelných v experimentální hematologii. Dizertace spolu s publikovanými články pak přináší poznatky o nových proteinech důležitých pro metabolismus železa a diferenciaci červených krvinek. Klíčová slova: proteomická analýza, hepcidin, alfa2-makroglobulin, metabolismus železa, CML, K562, Na-butyrát
|
|
|
Morfiem navozené změny membránových a solubilních bílkovin frontální mozkové kůry potkana
Ujčíková, Hana
Cílem této dizertační práce bylo analyzovat změny indukované morfiem ve složení proteinů frontální mozkové kůry potkanů vystavených zvyšujícím se dávkám morfia po dobu 10 dní (10-50 mg/kg). První část práce byla zaměřena na fenomén superaktivace/hypersenzitizace adenylylcyklázy (AC), který je považován za jeden z klíčových molekulárních mechanismů podílejících se na vzniku patologických důsledků drogové závisloti. Vzestup aktivity AC představuje kompenzační odezvu funkčně spojenou se snížením odpovědi G proteinů vlivem dlouhodobé expozice morfiu. Výsledky naší pracovní skupiny již dříve prokázaly desenzitizaci odpovědi G proteinů při stimulaci opioidních receptorů (OR) agonisty DAMGO (µ-OR) a DADLE (δ-OR). Funkční aktivita G proteinů byla měřena pomocí vazby [35 S] GTPγS ve frakcích plazmatických membrán (PM) izolovaných z frontální mozkové kůry potkanů vystavených zvyšujícím se dávkám morfia podle stejného protokolu, jaký je uveden v této práci (10-50 mg/kg, 10 dní). κ-OR-stimulovaná vazba [35 S] GTPγS se nezměnila. Byl stanoven obsah všech typů izoforem AC (AC I-IX) ve frakcích PM izolovaných z potkanů ovlivněných morfiem a kontrolních zvířat usmrcených 24 hodin po aplikaci poslední dávky. Imunoblotová detekce byla provedena s využitím specifických protilátek orientovaných proti AC I-IX. Byl...
|
|
|
Morfiem navozené změny membránových a solubilních bílkovin frontální mozkové kůry potkana
Ujčíková, Hana ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Mikšík, Ivan (oponent) ; Farghali, Hassan (oponent)
Cílem této dizertační práce bylo analyzovat změny indukované morfiem ve složení proteinů frontální mozkové kůry potkanů vystavených zvyšujícím se dávkám morfia po dobu 10 dní (10-50 mg/kg). První část práce byla zaměřena na fenomén superaktivace/hypersenzitizace adenylylcyklázy (AC), který je považován za jeden z klíčových molekulárních mechanismů podílejících se na vzniku patologických důsledků drogové závisloti. Vzestup aktivity AC představuje kompenzační odezvu funkčně spojenou se snížením odpovědi G proteinů vlivem dlouhodobé expozice morfiu. Výsledky naší pracovní skupiny již dříve prokázaly desenzitizaci odpovědi G proteinů při stimulaci opioidních receptorů (OR) agonisty DAMGO (µ-OR) a DADLE (δ-OR). Funkční aktivita G proteinů byla měřena pomocí vazby [35 S] GTPγS ve frakcích plazmatických membrán (PM) izolovaných z frontální mozkové kůry potkanů vystavených zvyšujícím se dávkám morfia podle stejného protokolu, jaký je uveden v této práci (10-50 mg/kg, 10 dní). κ-OR-stimulovaná vazba [35 S] GTPγS se nezměnila. Byl stanoven obsah všech typů izoforem AC (AC I-IX) ve frakcích PM izolovaných z potkanů ovlivněných morfiem a kontrolních zvířat usmrcených 24 hodin po aplikaci poslední dávky. Imunoblotová detekce byla provedena s využitím specifických protilátek orientovaných proti AC I-IX. Byl...
|
|
|
Morfiem navozené změny membránových a solubilních bílkovin frontální mozkové kůry potkana
Ujčíková, Hana
Cílem této dizertační práce bylo analyzovat změny indukované morfiem ve složení proteinů frontální mozkové kůry potkanů vystavených zvyšujícím se dávkám morfia po dobu 10 dní (10-50 mg/kg). První část práce byla zaměřena na fenomén superaktivace/hypersenzitizace adenylylcyklázy (AC), který je považován za jeden z klíčových molekulárních mechanismů podílejících se na vzniku patologických důsledků drogové závisloti. Vzestup aktivity AC představuje kompenzační odezvu funkčně spojenou se snížením odpovědi G proteinů vlivem dlouhodobé expozice morfiu. Výsledky naší pracovní skupiny již dříve prokázaly desenzitizaci odpovědi G proteinů při stimulaci opioidních receptorů (OR) agonisty DAMGO (µ-OR) a DADLE (δ-OR). Funkční aktivita G proteinů byla měřena pomocí vazby [35 S] GTPγS ve frakcích plazmatických membrán (PM) izolovaných z frontální mozkové kůry potkanů vystavených zvyšujícím se dávkám morfia podle stejného protokolu, jaký je uveden v této práci (10-50 mg/kg, 10 dní). κ-OR-stimulovaná vazba [35 S] GTPγS se nezměnila. Byl stanoven obsah všech typů izoforem AC (AC I-IX) ve frakcích PM izolovaných z potkanů ovlivněných morfiem a kontrolních zvířat usmrcených 24 hodin po aplikaci poslední dávky. Imunoblotová detekce byla provedena s využitím specifických protilátek orientovaných proti AC I-IX. Byl...
|
|
|
Proteomická analýza v hematologickém výzkumu: identifikace alfa2-makroglobulinu jako specifického vazebného proteinu pro hormon hepcidin a změny proteomu leukemických buněk K562 v průběhu indukované diferenciace butyrátem sodným.
Pešlová, Gabriela ; Vyoral, Daniel (vedoucí práce) ; Krijt, Jan (oponent) ; Suttnar, Jiří (oponent)
Dizertační práce: "Proteomická analýza v hematologickém výzkumu: identifikace alfa2-makroglobulinu jako specifického vazebného proteinu pro hormon hepcidin a změn proteomu leukemických buněk K562 v průběhu indukované diferenciace butyrátem sodným" je postavena na proteomickém přístupu k identifikaci a funkční charakterizaci proteinů, které se účastní transportu hormonu metabolismu železa, hepcidinu v krevní plazmě a které se uplatňují při erytroidní diferenciaci modelových buněk linie K562. V první části se jedná o proteomické využití nedenaturujících, nativních separačních metod, zejména chromatografie a nativní elektroforézy, ve druhé části pak o porovnání proteomu kontrolních a butyrátem indukovaných buněk pomocí klasické techniky - dvojrozměrné SDS polyakrylamidové elektroforézy. Metody použité v dizertaci rozšiřují spektrum technik použitelných v experimentální hematologii. Dizertace spolu s publikovanými články pak přináší poznatky o nových proteinech důležitých pro metabolismus železa a diferenciaci červených krvinek. Klíčová slova: proteomická analýza, hepcidin, alfa2-makroglobulin, metabolismus železa, CML, K562, Na-butyrát
|
host ::
RSS.