|
|
Chromatin remodeling during temperature sensing in plants
Šlesingerová, Terezie
Evolučně konzervovaný komplex transkripčního koaktivátoru Spt–Ada–Gcn5 Acetyltransferáza (SAGA) v Arabidopsis thaliana je úzce zapojen do mnoha buněčných procesů pomocí posttranslačních modifikací histonů. GENERAL CONTROL NON-REPRESSIBLE PROTEIN 5 (GCN5), podjednotka komplexu, je histon SAGA acetyltransferáza a přímo ovlivňuje genovou expresi. Mutantní rostliny Arabidopsis postrádající GCN5 jsou citlivé na tepelný stres, ale molekulární mechanismy implikující GCN5 v tepelném stresu jsou v současnosti neznámé. Abychom získali přehled o molekulárních drahách, které jsou základem tepelné citlivosti gcn5, vyhodnotili jsme globální změny proteomu vyvolané tepelným stresem na pozadí gcn5. I když většina identifikovaných proteinů reagovala podobně u gcn5 i u ekotypu Col-0 některé z nich, jako CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 11 (COP11), nebyly ovlivněny teplem v pozadí mutantní rostliny gcn5, ale u ekotypu Col-0 se drasticky snížily. Dále jsme provedli screening mu-tantů ovlivněných domnělými interaktory GCN5 pod tepelným stresem a identifikovali jsme, že nepřítomnost SAGA COMPLEX SUBUNIT 2A (SCS2A) a INHIBITOR OF GROWTH 1 (ING1) vede k citlivosti na teplo. Celkově vzato, naše výsledky připravují cestu k podrobnějšímu pochopení role GCN5 v reakcích na stres.
|
|
|
Regulace alternativniho sestřihu
Dušková, Eva ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Trejbalová, Kateřina (oponent)
Alternativní sestřih pre-mRNA je důležitým buněčným mechanismem, který umožňuje produkci velkého množství proteinových isoforem z omezeného množství genů. Na regulaci sestřihu alternativních exonů se podílí cis-elementy na pre-mRNA a trans-vazebné faktory (SR a hnRNP proteiny). Vzhledem k tomu, že sestřih probíhá během transkripce, začíná se uvažovat o možné roli struktury chromatinu v regulaci alternativního sestřihu. V této diplomové práci jsme studovali vliv histonové acetylace na alternativní sestřih. Na bázi alternativního exonu EDB, který se nachází ve fibronektinovém genu, jsme vytvořili sestřihový reportér. Ukázali jsme, že inhibice histonových deacetyláz ovlivňuje alternativní sestřih EDB exonu z reportéru stejně jako sestřih endogenního exonu. Dále jsme ukázali, že struktura promotoru má vliv na sestřih alternativního EDB exonu z sestřihového reportéru. Zároveň jsme zjistili, že struktura promotoru ovlivňuje míru acetylace histonu H4 na reportérech. Vkládání EDB exonu do mRNA bylo nepřímo úměrné histonové acetylaci reportéru. Tyto výsledky by mohly vysvětlit proč odlišné promotory mají různé sestřihové poměry alternativních exonů.
|
|
|
Connections between intermediary metabolism and acetylation of histones
Zach, Róbert ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Bieberstein, Nicole (oponent)
Acetylácia histonov ovplyvňuje štruktúru chromatínu a pôsobí ako koaktivačný signál pre transkripciu. Acetylácia lyzínových zvyškov na histonoch je zprostredkovaná histon acetyltransferásami, ktoré využívajú molekulu Ac-CoA ako donor acetylovej skupiny. Ac- CoA sa nachádza v strede intermediárneho metabolizmu, kde zásobuje cyklus kyseliny citrónovej a syntézu mastných kyselín. Hladina intracelulárneho Ac-CoA fluktuuje v dôsledku zmien v dostupnosti spracovateľných zdrojov uhlíku a metabolickej aktivity bunky. Keďže zmeny v intracelulárnej koncentrácii pozitívne korelujú so stupňom acetylácie histonov, Ac-CoA by mohol prispievať k modulácii transkripcie vyvolanej nutričným stresom. Ac-CoA sa navyše účastní procesu diferenciácie a zdá sa byť dôležitý v regulácii bunkového cyklu. Kľúčové slová: Ac-CoA, acetylácia histonov, výživa, intermediárny metabolizmus, regulácia transkripcie, bunkový cyklus, glukóza
|
|
|
Connections between intermediary metabolism and acetylation of histones
Zach, Róbert ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Bieberstein, Nicole (oponent)
Acetylácia histonov ovplyvňuje štruktúru chromatínu a pôsobí ako koaktivačný signál pre transkripciu. Acetylácia lyzínových zvyškov na histonoch je zprostredkovaná histon acetyltransferásami, ktoré využívajú molekulu Ac-CoA ako donor acetylovej skupiny. Ac- CoA sa nachádza v strede intermediárneho metabolizmu, kde zásobuje cyklus kyseliny citrónovej a syntézu mastných kyselín. Hladina intracelulárneho Ac-CoA fluktuuje v dôsledku zmien v dostupnosti spracovateľných zdrojov uhlíku a metabolickej aktivity bunky. Keďže zmeny v intracelulárnej koncentrácii pozitívne korelujú so stupňom acetylácie histonov, Ac-CoA by mohol prispievať k modulácii transkripcie vyvolanej nutričným stresom. Ac-CoA sa navyše účastní procesu diferenciácie a zdá sa byť dôležitý v regulácii bunkového cyklu. Kľúčové slová: Ac-CoA, acetylácia histonov, výživa, intermediárny metabolizmus, regulácia transkripcie, bunkový cyklus, glukóza
|
|
|
Regulace alternativniho sestřihu
Dušková, Eva ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Trejbalová, Kateřina (oponent)
Alternativní sestřih pre-mRNA je důležitým buněčným mechanismem, který umožňuje produkci velkého množství proteinových isoforem z omezeného množství genů. Na regulaci sestřihu alternativních exonů se podílí cis-elementy na pre-mRNA a trans-vazebné faktory (SR a hnRNP proteiny). Vzhledem k tomu, že sestřih probíhá během transkripce, začíná se uvažovat o možné roli struktury chromatinu v regulaci alternativního sestřihu. V této diplomové práci jsme studovali vliv histonové acetylace na alternativní sestřih. Na bázi alternativního exonu EDB, který se nachází ve fibronektinovém genu, jsme vytvořili sestřihový reportér. Ukázali jsme, že inhibice histonových deacetyláz ovlivňuje alternativní sestřih EDB exonu z reportéru stejně jako sestřih endogenního exonu. Dále jsme ukázali, že struktura promotoru má vliv na sestřih alternativního EDB exonu z sestřihového reportéru. Zároveň jsme zjistili, že struktura promotoru ovlivňuje míru acetylace histonu H4 na reportérech. Vkládání EDB exonu do mRNA bylo nepřímo úměrné histonové acetylaci reportéru. Tyto výsledky by mohly vysvětlit proč odlišné promotory mají různé sestřihové poměry alternativních exonů.
|
|
| |
host ::
RSS.