|
|
Silencing of Transposable Elements in Plants and Implications for Rationalised Transgene Design
Tobiáš, Andrej ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent)
(česky) Transponovatelné elementy (TE) jsou nedílnou součástí všech rostlinných genomů. Jejich schopnost změnit svoji pozici, tedy transponovat, jim umožňuje množit se a navozovat mutace, což po miliardy let pohání evoluci vpřed. Ačkoliv jsou TE důležité, jejich ničím nekontrolovaná transpozice může vést k nevratnému poškození genomu. Rostliny proto vyvinuly speciální umlčovací mechanismy, které aktivitu TE regulují a umožňují rostlině využívat jejich mutagenní potenciál, tím že je po jejich transpozici mohou přetvořit v genomické novinky. Mechanismy umlčování převážně působí na epigenetické/transkripční úrovni, kde cíleně zavádějí methylaci DNA nebo histonů, jako je například RNA-dependentní DNA metylační dráha (RdDM). Na posttranskripční úrovni pak cíleně degradují mRNA, což je známé jako posttranskripční genový silencing (PTGS). Tyto silencing mechanismy se postupem času také staly vysoce účinnými v rozpoznávání přirozených i umělých transgenů. Rozpoznání a následné umlčení transgenů snižuje účinnost transgenoze a tím i úspěšnost vývoje geneticky modifikovaných organismů (GMO). Důkladný výzkum těchto umlčovacích drah a TE může vést k lepšímu porozumění toho, co tyto dráhy považují za své cíle. Tato znalost může být využita pro racionalizované navrhování transgenů a lepší vývoj GMO. V tomto textu...
|
|
|
RNA interference u rostlin
Čermák, Vojtěch ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Kulich, Ivan (oponent)
RNA interference je jedním z dějů, které umožňují v buňkách regulovat aktivitu genů. Tento proces je většinou spouštěn přítomností dvoušroubovicové RNA v buňce. Z takovéto RNA mohou být vyštěpovány duplexy malých RNA, většinou o délce 20-25 nukleotidů, za pomoci proteinu zvaného Dicer. Jednovláknové malé RNA uvolněné z těchto duplexů jsou základním kamenem RNA interference a lze je třídit do několika skupin na základě jejich biogeneze. U rostlin se setkáváme s miRNA a siRNA. Malé RNA asociují s proteinem zvaným Argonaut a navádějí jej na základě sekvenční komplementarity k cílové molekule. Argonaut může fungovat buďto sám nebo v komplexu s jinými proteiny. V závislosti na charakteru proteinů účastnících se tohoto děje spouští malé RNA různorodé procesy, které mohou vést ke štěpení mRNA (proces, na který stačí samotný komplex Argonaut a malá RNA), blokování translace nebo modifikacím chromatinu. S RNA interferencí se lze setkat u většiny Eukaryot, kde hraje roli ve vývoji organismů, jejich reakci na stres, úpravách chromatinu a také v obraně proti virům. U rostlin se setkáváme s rozmanitou škálou mechanismů, kterými může RNAi fungovat a kterým začínáme teprve postupně rozumět a doceňovat jejich význam.
|
|
|
PCR detekce geneticky modifikované sóji v potravinách a krmivech
CHADIMOVÁ, Nikola
Geneticky modifikované organismy, jejichž genetická výbava byla cíleně pozměněna získávají vlastnosti, které dříve neměly. Jedním z hlavních důvodů těchto cílených genetických úprav u rostlin je odolnost vůči herbicidům. Zejména u sóji se využívá modifikace na odolnost k herbicidu glyfosátu. Dosud stále nebyla prokázána bezpečnost potravin vyrobených z geneticky modifikovaných plodin či z živočišných produktů zvířat krmených GM krmivy. Tato bakalářská práce se zaměřuje jednak na optimalizaci metod pro detekci GMO ve zpracovaných potravinách a v krmivech, a dále také na ověření pravdivosti údajů, týkající se přítomnosti GMO, uváděné firmami na obalech potravin či krmiv. Rešeršní část této práce obsahuje informace o genovém inženýrství, problematice geneticky modifikovaných organismů a zaměřuje se také na popis technik potřebných k detekci GMO především ve zpracovaných potravinách, ale také v krmivech dostupných na českém trhu. Metodická část této bakalářské práce se zaměřuje na detekci CaMV 35S promotoru vyskytující se v DNA plodin, které prošly genetickou úpravou. Přítomnost specifického transgenního materiálu zahrnovala detekci konkrétního genu odolného vůči glyfosátu, který můžeme znát zejména pod obchodím názvem Roundup. K analýze GMO byly využity základní molekulárně biologické metody.
|
|
|
RNA interference u rostlin
Čermák, Vojtěch ; Kulich, Ivan (oponent) ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce)
RNA interference je jedním z dějů, které umožňují v buňkách regulovat aktivitu genů. Tento proces je většinou spouštěn přítomností dvoušroubovicové RNA v buňce. Z takovéto RNA mohou být vyštěpovány duplexy malých RNA, většinou o délce 20-25 nukleotidů, za pomoci proteinu zvaného Dicer. Jednovláknové malé RNA uvolněné z těchto duplexů jsou základním kamenem RNA interference a lze je třídit do několika skupin na základě jejich biogeneze. U rostlin se setkáváme s miRNA a siRNA. Malé RNA asociují s proteinem zvaným Argonaut a navádějí jej na základě sekvenční komplementarity k cílové molekule. Argonaut může fungovat buďto sám nebo v komplexu s jinými proteiny. V závislosti na charakteru proteinů účastnících se tohoto děje spouští malé RNA různorodé procesy, které mohou vést ke štěpení mRNA (proces, na který stačí samotný komplex Argonaut a malá RNA), blokování translace nebo modifikacím chromatinu. S RNA interferencí se lze setkat u většiny Eukaryot, kde hraje roli ve vývoji organismů, jejich reakci na stres, úpravách chromatinu a také v obraně proti virům. U rostlin se setkáváme s rozmanitou škálou mechanismů, kterými může RNAi fungovat a kterým začínáme teprve postupně rozumět a doceňovat jejich význam.
|
host ::
RSS.