|
| |
|
|
Diagnostika Clostridium difficile jako nozokomiální nákazy v Nemocnici České Budějovice a.s. pomocí molekulárně-biologických metod
ŠTĚRBOVÁ, Denisa
Clostridium difficile se v posledních letech zařadilo na přední příčky původců nozokomiálních nákaz. Produkcí toxinů způsobuje zánětlivé onemocnění střev, které v těch nejtěžších případech končí perforací střeva, ohrožující život pacienta. Proto je důležitá jeho včasná a přesná diagnostika. V laboratoři molekulární biologie a genetiky v Nemocnici ČB a.s. jsem pro tyto účely vyzkoušela následující dvě metody, založené na detekci toxinů. První metodou byly dva obdobné testy od firmy BAG Health Care s názvem ?hyplex? ClosTox? a ?hyplex? ClosTox 027?. Druhou testovanou metodou, založenou na detekci real ? time PCR, byl test ?Xpert C. Difficile? od firmy Cepheid. První zmiňovaná metoda ukázala i přes svoji vysokou citlivost množství nedostatků a to především náročnost provedení a časovou dostupnost výsledků, pohybující se kolem 4 ? 5 hodin. Za zmínku stojí fakt, že touto metodou nelze prokázat binární toxin. Druhá metoda ve výsledku vykazovala sice zanedbatelně nižší citlivost, ale oproti metodě první také výrazné přednosti. Jednalo se zejména o jednoduchost provedení, automatické vyhodnocení výsledků a jejich dostupnost do jedné hodiny. Z těchto důvodů se test ?Xpert C. Difficile? ukázal jako optimální metodou pro stanovení toxinů Clostridium difficile.
|
|
|
Endoparazitární infekce pernaté zvěře
BARVÍŘ, Pavel
V letech 2011-2012 byl sledován výskyt endoparazitů ve dvou chovech bažanta obecného (Phasianus colchicus) a v jednom kachny divoké (Anas platyrhynchos). Všechny vzorky byly vyšetřeny na přítomnost endoparazitů pomocí flotační metody dle Sheathera. Ve vzorcích od bažantů byly detekovány tyto druhy parazitů: Capillaria spp. Eimeria spp., Heterakis spp. a Trichostrongylus spp. V kachních vzorcích byl mimo tyto detekován Snygamus spp. a Cryptosporidium spp. Z celkového počtu 180 odebraných vzorků trusu, 119 vzorků bažanta obecného a 61 od divokých kachen, byla pomocí specifického barvení aninil-carbol-methyl violetí prokázána přítomnost oocyst kryptosporidií ve 12 vzorcích z kachen. Celková DNA byla izolována jak z pozitivních, tak negativních vzorků. Pomocí nested PCR amplifikující gen kódující malou ribozomální podjednotku (SSU rRNA) byla detekována přítomnost specifické DNA kryptosporidií ve 14 vzorcích. Sekvenační analýza PCR pozitivních vzorků prokázala v 10 případech přítomnost Cryptosporodium avian genotype III a ve 4 případech C. muris. U žádného pozitivního zvířete nebyly pozorovány klinické příznaky kryptosporidiózy. V případě Cryptosporodium avian genotype III se jedná o vůbec první popis tohoto genotypu v České republice a u kachen divokých vůbec.
|
|
|
Kongenitální choroby prasat
MUSILOVÁ, Dagmar
Tato diplomová práce navazuje na bakalářskou práci a její úkol spočívá ve zpracování analýzy výskytu PSE masa v populaci českého bílého ušlechtilého plemene jako důsledek kongenitální choroby stresového syndromu prasat. V literárním přehledu práce je uvedena obecná problematika vzniku kongenitálních poruch. Dále práce pojednává o stresovém syndromu prasat a o stresu, jež se podílí na vzniku vad masa jako vnější činitel. Popsány jsou také molekulárně ? genetické metody, které se používají v praktické části. Vlastní výzkum se zaměřil na genotypizaci lokusů vybraného panelu vzorků, na určení frekvence alel a genotypů ve vybraném lokusu a na statistický vztah mezi genotypem a projevem PSE masa. V závěru byly statisticky zpracovány a vyhodnoceny výsledky.
|
|
| |
|
|
Molekulární a biochemické charakteristiky geneticky modifikovaných rostlin ječmene
KOCKOVÁ, Lucie
V současné době jsou v masovém měřítku pěstovány plodiny odolné vůči herbicidům a k ničení plevelů se používají širokospektrální herbicidy. Toto je?většinou za předpokladu, že polní plodiny jsou tak geneticky upraveny, že nesou ve svém genomu zabudovaný gen, který zodpovídá za odolnost proti příslušnému herbicidu či herbicidům. Tyto herbicidy by pak následně neměly poškodit úrodu. Odolnost plodin proti širokospektrálním herbicidům tedy záleží na genech, které byly do genomu plodiny vloženy. Velmi často se jako gen zajišťující rezistenci vkládá do genomu plodin gen bar. Ten zajišťuje odolnost proti širokému spektru herbicidů, jako např. glufozinátu a Bialophosu. Pro selekci transformantů a předběžné hodnocení míry exprese cílového transgenu se současně vnáší vhodný markerový gen. Často jím bývá gen pro ?-glukuronidázu GUS, který patří mezi nejpoužívanější reportérové systémy k průkazu exprese transgenu, a zároveň umožňuje analyzovat expresi na úrovni pletiv, buněk, i celých buněčných organel.V rámci diplomové práce byly pomocí PCR a histochemické detekce přítomnosti enzymu ?-glukuronidázy detekovány transgenní rostliny jarního ječmene odrůdy Golden Promise, transformované geny bar a gus. Přítomnost genu gus byla stanovována v různých částech rostlin.
|
|
|
Metody extrakce DNA z čerstvého plodu papáji a z kandované papáji: metodika pro praxi
Ovesná, Jaroslava ; Hodek, Jan
Cílem práce je poskytnutí pracovních postupů pro extrakci amplifikovatelné DNA z plodů papáji melounové (Carica papaya), která je chudým zdrojem nukleových kyselin. Metody extrakce byly optimalizovány pro izolaci DNA z dužiny a semen plodů papáji a izolaci DNA z kandované papáji- tyto komodity byly vytipovány jako vhodné pro eventuální skríning nepovolené GM papáji na trhu v ČR. Metodika byla vypracována na základě požadavku referenčních laboratoří státní správy, které se zabývají analýzou GMO a v návaznosti na certifikovanou Metodiku detekce geneticky modifikované papáji linií 55-1 a 63-1 (Hodek, Ovesná, Pavlátová 2008) a na vědeckou publikaci Detection of transgenic papaya lines: extraction protocol optimisation and verification of DNA quality by PCR assay (Ovesná, Hodek 2009).
Plný text:  PDF
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.