|
|
Analýza horizontálního přenosu genetických komponent pomocí statické síťové analýzy
Labanava, Anastasiya ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice horizontálního přenosu genetických elementů mezi bakteriemi různých kmenů a implementaci softwarové analýzy, která umožní identifikaci genů, přenesených horizontálně. Použité balíčky a nástroje byly testovány na datasetu genomů bakterií několika kmenů. Teoretická část práce je věnována detailnímu popisu přenosu genetických elementů mezi bakteriemi a také jsou v ní popsány některé moderní laboratorní techniky umožňující sekvenaci genomů různými způsoby. V praktické části se práce zabývá předzpracováním genomických souborů za účelem získání vhodného formátu dat pro následnou anotaci. Pro detekci horizontálního přenosu genetických komponent mezi jednotlivými bakteriemi je představen vlastní skript, který anotované baktérie seřazuje do tabulek a hledá v jejích genomech stejné geny, které dle teoretických předpokladů byli přeneseny horizontálním způsobem. Dále je detekovaný přenos genů vizualizován pomocí nástrojů, které graficky znázorňují fylogenetické vztahy mezi bakteriemi. V posledním kroku jsou mobilní genetické elementy vizualizovány pomocí sítí a na základě jejich statické analýzy je provedena diskuse k výsledkům přesnosti a úspěšnosti navrhnuté analýzy.
|
|
|
Metagenomická analýza vývoje střevního mikrobiomu dětí
Zourková, Tereza ; Škutková, Helena (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Práce pojednává o vlivu metagenomu na vývoj dítěte a o důvodech přínosnosti zkoumání následků změn lidského střevního mikrobiomu. Následně je v práci nastíněna obecná problematika mikrobiomu a historie jeho studií. Také je zde popsáno složení lidského mikrobiomu střev a souvislosti s imunitním systémem nebo například produkcí hormonů. Rovněž práce obsahuje informace o vybraných metodách analýzy metagenomu, konkrétně mikroskopické metody využívající předchozí kultivaci, hmotnostní spektrometrie a metody sekvenační. Je zde popsán také postup analýzy dat pomocí dostupných bioinformatických nástrojů, kterými byla data vhodně předzpracována. Takto vyfiltrovaná data byla připravena pro navazující profilaci metagenomu, která je v práci podrobně popsána. Na závěr práce jsou vyhodnoceny výsledky profilace, na základě kterých jsou odhadnuty průběhy změn mikrobiomu během vývoje dítěte, což je hlavním cílem této bakalářské práce.
|
|
|
Optimalizace amplifikace DNA izolované z bukálních stěrů pro účely sekvenování
ROŠTÍKOVÁ, Kristýna
Tématem mé bakalářské práce byla problematika odběru primárních vzorků DNA z bukální sliznice, určení ideální délky a optimálních podmínek skladování a následná analýza těchto vzorků. V teoretické části jsem se věnovala preanalytické fázi laboratorního vyšetření. Tedy způsobům odběru vzorků a typem materiálu, který se nejčastěji využívá pro izolaci DNA v molekulárně biologické laboratoři. Následně jsem se zaměřila na samotné metody, jenž se využívají pro analýzu DNA. Jednalo se o izolaci DNA, metody amplifikace DNA, elektroforézu nukleových kyselin a sekvenování DNA. V praktické části jsem zpracovala 42 odebraných vzorků. Nejprve jsem ze vzorků izolovala DNA, u které jsem změřila její koncentraci a čistotu. Poté jsem u těchto vzorků provedla elektroforézu a na základě jejích výsledků jsem se rozhodla, které vzorky budu dále zpracovávat pomocí PCR. Následně jsem elektroforézou zjistila, zda u vzorků proběhla amplifikace DNA. Nakonec jsem vybrala vzorky, které jsem odeslala na sekvenování. Cílem mé bakalářské práce mělo být zjištění optimální délky a podmínek skladování vzorků z bukální sliznice pro další zpracování. Také jsem hodnotila, jak tyto parametry ovlivňují kvalitu, čistotu, množství izolované DNA a také průběh PCR. Dle získaných výsledků se jeví jako optimální uchovávání vzorků v laboratorní teplotě a jejich zpracování v nejkratší možné době, nebo uchovávání vzorků v chladničkové teplotě a zpracování v rámci týdnů až tří měsíců.
|
|
|
Properties of Current Signals in Nanopore Sequencing
Plocková, V. ; Sedlář, K.
Oxford Nanopore technologies brought new and revolutionary technology in the field of DNA sequencing. Their sequencing device measures changes in the electric current flowing through pores together with DNA. This work aims to describe differences between raw signals produced by various sequencing kits and sequencing flowcells while sequencing several different bacteria. Two datasets combining five different organisms, two sequencing kits, and two types of flowcells were used to analyze various statistical parameters that would be suitable for the description of current signals gathered from nanopores.
|
|
|
Vyšetření polymorfismů v genu IFITM3 pomocí sekvenace a jejich klinický význam pro průběh virových onemocnění
TROJÁKOVÁ, Simona
Interferonem indukovaný transmembránový protein 3 je protizánětlivý cytokin, který patří do skupiny interferonem stimulovaných genů. Topologie genu IFITM3 byla objasněna analýzou elektronové paramagnetické a nukleární magnetické rezonance. Protein kódovaný tímto genem navozuje imunitu proti viru chřipky A a dalším virovým onemocněním. Dále také narušuje homeostázu intracelulárního cholesterolu, inhibuje vstup virů do cytoplazmy hostitelských buněk a inaktivuje nové obalené viry vycházející z infikované buňky. Proteiny IFITM omezují replikaci viru tak, že regulují expresi virového proteinu a snižují infekčnost vznikajících virů. Pro objasnění mechanismu účinku proteinu IFITM3 a jeho vlivu na závažnost průběhu virového onemocnění je analýza jednonukleotidových polymorfismů v genu IFITM3 velmi významná. Teoretická část se zabývá rodinou interferonem indukovaných transmembránových proteinů, dále především popisem a funkcí genu IFITM3 včetně jeho polymorfismů. Tento gen je lokalizován na chromozomu 11 a jeho velikost je přibližně 18 Kb. Genová variabilita IFITM3 může zásadně ovlivnit průběh chřipky i jiných virových onemocnění. Praktická část bakalářské práce je zaměřena na detekci polymorfismů rs12252, rs34481144 a rs1136853 v genu IFITM3 pomocí metody PCR a přímé sekvenace. V rámci této části bylo nutné zvládnout některé základní laboratorní metody jako je izolace DNA z primárních vzorků, metoda PCR, příprava PCR produktu pro sekvenaci, analýza sekvenačních dat, zpracování výsledků a určení konkrétních genotypů u testovaných jedinců.
|
|
|
Analýza polymorfismu G2964A genu STAT6 pomocí sekvenování
KOTOVA, Valeriia
Tato bakalářská práce se zabývá polymorfismem G2964A genu STAT6, který byl vyšetřován metodou sekvenování, a vlivem tohoto polymorfismu na výskyt atopických onemocnění, hlavně alergií na ořechy. Gen STAT6 je lokalizován u člověka na chromozomu 12 v lokusu 12q13.3 a obsahuje 23 exonů. STAT6 byl dříve spojen s celkovou koncentrací IgE v séru a atopií v různých populacích. Jedním z nejběžnějších polymorfismů toho genu je SNP polymorfismus G2964A, který se nachází v 3-netranslatované oblasti (rs324015). V teoretické časti je uvedena základní informace o sekvenování DNA, alergologických pojmech (včetně potravinových alergií), a také informace o vyšetřovaném genu STAT6. Praktická část je zaměřena na detekci polymorfismu rs324015 ve vyšetřovaném souboru 20 lidí kavkazské populace.
|
|
|
Výskyt lidských adenovirů v biologických vzorcích dýchacích cest u pacientů FN MOTOL
NOVÁKOVÁ, Veronika
Lidské adenoviry se vyskytují celosvětově a způsobují endemické a epidemické one-mocnění. Adenovirové infekce jsou spojeny s vysokou morbiditou a mortalitou zejména u pediatrických příjemců krvetvorných kmenových buněk. Bakalářská práce se zabývá srovnáním komerční a in-house soupravy na detekci lidských adenovirů. Cílí na zlepšení diagnostiky adenovirových infekcí ve Fakultní nemocnici v Motole, především u imunokompromitovaných pacientů, kde je včasná a přesná diagnostika důležitá. Teoretická část práce obsahuje charakteristiku adenovirů, jejich klinické projevy a ne-moci a využití při experimentální léčbě. Praktická část práce je zaměřená na screening vzorků dýchacích cest pomocí kvantitativní in-house soupravy a její porovnání s dříve provedenou detekcí pomocí komerční soupravy Anyplex TM II RV16. Přítomnost adenovirů byla testována v 1881 vzorcích od 1420 pacientů s příznaky respirační infekce pomocí real-time PCR. Celkem se adenovirus podařilo detekovat ve 187 vzorcích (9,9%) od 169 pacientů (11,9%). Sto vzorků (53,5%) bylo pozitivních oběma metodami, 26 (13,9%) jen pomocí komerční detekce a 61 (32,6%) pozitivních pouze in-house metodou. Adenoviry byly nejčastěji detekovány na Pediatrické klinice, Klinice dětské hematoonkologie, dále také u dospělých imunosuprimovaných pacientů z III. chirurgické kliniky a Kliniky anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny. U všech pozitivních vzorků byla provedena následně sekvenace hypervariabilního úseku 1-6 hexonového genu přičemž reprezentativní sekvenci k identifikaci se nám podařilo získat u 70 vzorků. Nejčastěji byly detekovány genotypy C2 (25,7 %), A31 (24,3 %), B3 (15,7 %) a C1 (11,4 %). Z 26 vzorků pozitivních pouze soupravou Anyplex TM II RV16, se podařila sekvenace u 3 vzorků, které byly identifikovány jako genotyp B3, naopak v případě vzorků pozitivních pouze in-house soupravou bylo z 61 vzorků identifikováno 15 vzorků jako genotyp A31 a 3 vzorky jako AdV skupiny C. Srovnání souprav ukazuje na nedostatečnou citlivost komerční soupravy Anyplex TM II RV16 pro detekci adenovirů.
|
|
|
Molekulárna detekcia hepatitídy C u vybranej skupiny pacientov
KALINAYOVÁ, Daniela
Táto bakalárska práca sa zaoberá výskytom hepatitídy C a jeho detekciou zameranou na priamy dôkaz vírusu. Teoretická časť popisuje a rozdeľuje hepatitídu na akútnu a chronickú, zameriava sa na jej genetickú variabilitu a vysvetľuje ako sa tento vírus správa, prenáša a mutuje. Mutáciou vznikajú jeho ďalšie varianty, ktoré je potrebné od seba odlíšiť ak chceme nastaviť účinnú liečbu. Praktická časť nám podáva informácie o výskyte HCV medzi mužmi a ženami, ktorý sú prehľadne rozdelení v tabuľkách podľa roku narodenia, pozitivity a negativity. Zaoberá sa tiež aj dourčením daného genotypu/subtypu.
|
|
|
Monitoring výskytu virů DWV, BQCV a CBPV ve včelstvech na území ČR
ZAHRADNÍK, Václav
Diplomová práce se zabývá zjištěním míry nákazy vybranými onemocněními mezi včelstvy na území České republiky. V literární rešerši jsou zmíněné virové onemoc-nění, problematika a způsoby izolace total RNA ze vzorku včel. Metodika je dále zaměřena na izolaci total RNA, amplifikaci virové RNA ve vzorku pomocí RT-PCR se specifickými primery. Hodnocení výsledků je provedeno pomocí elektroforézy a následným osekvenováním pozitivního vzorku a porovnáním sekvence v databázi NCBI .
|
|
|
Monitoring výskytu virů SBV, SBPV a ABPV ve včelstvech na území ČR
ZLÁMALOVÁ, Aneta
V této diplomové práci se věnuji jednomu z aktuálních témat, a to celosvětovému úbytku včelstev. Včela medonosná čelí řadě faktorů, které ovlivňují její zdravotní stav, kondici a životaschopnost. Mezi tyto faktory patří mimo jiné i včelí viry, z nichž řada vyvolává virózu pytlíčkového plodu nebo včelí paralýzu ať už akutní či pomalou. Kvůli virovým onemocněním nemohou infikované včely plnit svoji roli v úlu a vzrůstající počet postižených včel může negativně ovlivnit celé včelstvo.
|
host ::
RSS.