|
|
Kritické zhodnocení hybridizace mezi zástupci rodu Nymphaea pomocí cytometrických a morfometrických metod
Kabátová, Klára ; Suda, Jan (vedoucí práce) ; Rybka, Vlastimil (oponent)
Přestože rod Nymphaea (leknín) zahrnuje ve střední Evropě pouze dva původní druhy (N. alba a alopolyploidní N. candida), představuje velkou výzvu moderní taxonomii a biosystematice. Určování těchto druhů je totiž vzhledem k celkové fenotypové podobnosti obtížné, navíc jsou možná hranice druhů stírány mezidruhovou hybridizací. Situaci dále komplikují nepůvodní kultivary, které zplaňují na přírodních stanovištích a interagují zde s původními druhy. Pro zmapování karyologické a fenotypové variability byla použita průtoková cytometrie a klasická i geometrická morfometrika. Sběry z přírodních lokalit odhalily přítomnost dvou skupin s odlišnými intenzitami fluorescence, odpovídajících N. alba a N. candida. Navíc byly na několika místech v jižních Čechách nalezeny rostliny s intermediární hodnotou velikosti genomu, která poukazuje na jejich hybridní původ. Morfologicky měly tyto rostliny jak znaky na pomezí morfologie původních druhů, tak vlastní trendy, mezi nimiž byl nejnápadnější abnormální vzrůst. Překvapivě bylo zjištěno, že naprostou většinu kulturních leknínů lze rozpoznat díky nízkému obsahu DNA, což ještě více potvrdilo taxonomický význam tohoto markeru. Takto cytometricky ověření jedinci byli podrobeni mnohorozměrné morfometrické analýze, která ukázala vysokou morfologickou diferenciaci především mezi...
|
|
| |
|
|
Průtoková cytometrie a její využití ke studiu hmyzu
Stuchlíková, Magdalena ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Sadílek, David (oponent)
Průtoková cytometrie je moderní metoda, která hraje nepopiratelnou roli zejména v biomedicínském a botanickém výzkumu. Přes všechny své výhody (rychlost, jednoduchost, nízká finanční náročnost) není dosud hromadně využívána ke studiu hmyzu. Tato práce poskytuje základní vhled do problematiky použití průtokové cytometrie u hmyzu a shrnuje entomologické poznatky získané na základě této metody. Jedná se především o výzkum velikosti genomu a jeho souvislostí s dalšími znaky. Méně zastoupené je pak například studium ploidní úrovně nebo poměru párů bází. Klíčová slova: průtoková cytometrie, využití ke studiu hmyzu, velikost genomu, ploidie, bezobratlí
|
|
|
Hybridizace mezi Pulsatilla pratensis a P. patens ? Skutečnost nebo mýtus?
Krejčová, Nikol ; Suda, Jan (vedoucí práce) ; Kaplan, Zdeněk (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá hybridizací dvou druhů rodu Pulsatilla, a to P. patens a P. pratensis v České republice. Cílem bylo zhodnotit karyologickou a morfologickou variabilitu zájmových (noto)taxonů. Průtokové cytometrie odhalila 3 skupiny s odlišnou velikostí genomu, odpovídající P. patens, P. × hackelii a P. pratensis. Celková frekvence mezidruhové hybridizace byla nízká (pouze zhruba 3% analyzovaných jedinců). Mezi nejdůležitější druhově-specifické znaky, které umožňují spolehlivou determinaci, patří počet jařem, délka řapíku lístku, počet úkrojků lístku a barva květu. U jedinců křížence P. × hackelii byla pozorována tvorba květů i semen, ale jeho fertilita je výrazně snížena. Mezidruhová hybridizace tak nejspíše nepředstavuje významné riziko pro genofond studovaných druhů.
|
|
|
Genome size studies in plants - from intraspecific variation to ecological consequences
Lučanová, Magdalena ; Trávníček, Pavel (vedoucí práce) ; Leitch, Ilia (oponent) ; Šmarda, Petr (oponent)
Velikost genomu je jednou ze základních charakteristik živých organizmů. U krytosemenných rostlin dosahuje rozsahu pěti řádů, což vždy fascinovalo vědce a vyvolávalo mnoho otázek. Tato práce se zabývá různými aspekty velikosti genomu u rostlin. Počínaje detailním studiem na homoploidní vnitrodruhové úrovni, přes studium ploidně variabilních druhů až po srovnávání velikosti genomu mezi druhy, jsme se snažili zjistit, jaký vztah má velikost genomu k biologickým vlastnostem rostlin, stanovit dynamiku a rozsah variability velikosti genomu a detekovat dosah velikosti genomu až do úrovně ekologické a evoluční. Stěžejní metodou stanovení velikosti genomu v celé práci je průtoková cytometrie (FCM). U druhu Taraxacum stenocephalum vykazujícího extrémní variabilitu velikosti genomu jsme provedli opylovací experiment, kde jsme křížili rodiče s různou velikostí genomu. Porovnali jsme velikost genomu rodičů a F1 generace. U potomků jsme také sledovali souvislost velikosti genomu a růstových charakteristik. U ploidně variabilních druhů Galium valdepilosum a Arabidopsis arenosa jsme se zabývali rozšířením zjištěných cytotypů a jejich ekologickými nároky. Na souboru druhů andského rodu Lasiocephalus jsme studovali relativní i absolutní velikost genomu, provedli jsme ITS sekvenování a otestovali možné hlavní...
|
|
|
Orchideje jako model studia ekofyziologických adaptací mykoheterotrofních rostlin
Ponert, Jan ; Lipavská, Helena (vedoucí práce) ; Gryndler, Milan (oponent) ; Chrtek, Jindřich (oponent)
Patrně všechny orchideje jsou mykotrofní v časných fázích svého vývoje, ale později začíná většina druhů fotosyntetizovat a jen zhruba 200 druhů orchidejí zůstává plně mykotrofní po celý život. Mykotrofie ovlivňuje orchideje na mnoha úrovních. V této práci se zaměřuji na čtyři aspekty biologie orchidejí, které mohou být mykotrofií ovlivněny: (i) systematika, (ii) velikost genomu a endoreduplikace, (iii) regulace klíčení semen a (iv) mechanismus přenosu uhlíku a energie z hub do orchidejí. Dnes je známo přes 27 000 druhů orchidejí, ale neustále jsou objevovány další a předchozí taxony jsou revidovány. Zde prezentuji popis nového druhu Cleisostoma yersinii a jeho charakterizaci po morfologické, anatomické, ekologické i systematické stránce. Rekonstrukce fylogeneze potvrdila předpoklad příbuznosti tohoto druhu s C. birmanicum. V subtribu Podochileae jsem předefinoval vymezení rodu Campanulorchis tak, aby vznikla monofyletická a morfologicky charakterizovatelná skupina. Pro oba výše uvedené rody jsem vytvořil klíč k určování druhů. V rodu Dactylorhiza jsem zrevidoval taxony udávané z území ČR a vytvořil klíč k určování, ve kterém z našeho území poprvé uvádím D. maculata subsp. elodes. Druhová diverzita orchidejí se patrně odráží i ve struktuře jejich genomu. Zde prezentované analýzy ukázaly, že po...
|
|
|
Genome size studies in plants - from intraspecific variation to ecological consequences
Lučanová, Magdalena
Velikost genomu je jednou ze základních charakteristik živých organizmů. U krytosemenných rostlin dosahuje rozsahu pěti řádů, což vždy fascinovalo vědce a vyvolávalo mnoho otázek. Tato práce se zabývá různými aspekty velikosti genomu u rostlin. Počínaje detailním studiem na homoploidní vnitrodruhové úrovni, přes studium ploidně variabilních druhů až po srovnávání velikosti genomu mezi druhy, jsme se snažili zjistit, jaký vztah má velikost genomu k biologickým vlastnostem rostlin, stanovit dynamiku a rozsah variability velikosti genomu a detekovat dosah velikosti genomu až do úrovně ekologické a evoluční. Stěžejní metodou stanovení velikosti genomu v celé práci je průtoková cytometrie (FCM). U druhu Taraxacum stenocephalum vykazujícího extrémní variabilitu velikosti genomu jsme provedli opylovací experiment, kde jsme křížili rodiče s různou velikostí genomu. Porovnali jsme velikost genomu rodičů a F1 generace. U potomků jsme také sledovali souvislost velikosti genomu a růstových charakteristik. U ploidně variabilních druhů Galium valdepilosum a Arabidopsis arenosa jsme se zabývali rozšířením zjištěných cytotypů a jejich ekologickými nároky. Na souboru druhů andského rodu Lasiocephalus jsme studovali relativní i absolutní velikost genomu, provedli jsme ITS sekvenování a otestovali možné hlavní...
|
|
|
Kritické zhodnocení hybridizace mezi zástupci rodu Nymphaea pomocí cytometrických a morfometrických metod
Kabátová, Klára
Přestože rod Nymphaea (leknín) zahrnuje ve střední Evropě pouze dva původní druhy (N. alba a alopolyploidní N. candida), představuje velkou výzvu moderní taxonomii a biosystematice. Určování těchto druhů je totiž vzhledem k celkové fenotypové podobnosti obtížné, navíc jsou možná hranice druhů stírány i mezidruhovou hybridizací. Situaci ještě dále komplikují nepůvodní kultivary nejrůznějšího původu, které zplaňují na přírodních stanovištích (ať už omylem či jsou přímo vysazovány) a interagují zde s původními druhy. Pro zmapování karyologické a fenotypové variability byla použita průtoková cytometrie a klasická i geometrická morfometrika. Sběry z přírodních lokalit odhalily přítomnost dvou skupin s odlišnými intenzitami fluorescence, odpovídajících N. alba a N. candida. Navíc byly na několika místech v jižních Čechách nalezeny rostliny s intermediární hodnotou velikosti genomu, která poukazuje na jejich hybridní původ. Morfologicky měly tyto rostliny jak znaky na pomezí morfologie původních druhů, tak vlastní trendy, mezi nimiž byl nejnápadnější abnormální vzrůst. Překvapivě bylo zjištěno, že naprostou většinu kulturních leknínů lze rozpoznat díky nízkému obsahu DNA, což ještě více potvrdilo taxonomický význam tohoto markeru. Takto cytometricky ověření jedinci byli podrobeni mnohorozměrné...
|
|
|
Velikost genomu v evoluci švábů
Stuchlíková, Magdalena ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Vít, Petr (oponent)
Velikost genomu nebo také obsah jaderné DNA je vlastnost, která se nesmírně liší napříč živými organismy, přičemž neexistuje vztah mezi velikostí genomu a komplexitou organismu. Udávána je obvykle jako tzv. C-hodnota buď v počtech párů bází nebo jako hmotnost DNA v pikogramech. Soubor nevyřešených otázek ohledně mechanismů ovlivňujících velikost genomu a vztahů velikosti genomu s dalšími vlastnostmi organismů je znám také jako C-value enigma. Je známo, že velikost genomu pozitivně koreluje s velikostí buněk a negativně s rychlostí vývoje a dělení buněk. U holometabolního hmyzu byla také navržena maximální hranice haploidní velikosti genomu 2 pg. Přestože je dnes popsán přibližně jeden milion druhů hmyzu, velikost genomu je známá jen pro pouhý zlomek z nich. Tato práce si proto klade za cíl rozšířit dataset dosud známých velikostí genomu hmyzu o co největší počet druhů švábů (Blattodea). Dalším cílem je pak porovnat výsledky se známou fylogenezí a také porovnat rozdíl velikosti genomu mezi pohlavími. Pro stanovení velikosti genomu byla využita průtoková cytometrie, což je rychlá, jednoduchá a efektivní metoda, vhodná také ke studiu ploidie a dalších buněčných vlastností.
|
|
|
Studium velikosti genomu u protist
Lukeš, Jiří ; Čertnerová, Dora (vedoucí práce) ; Veselská, Tereza (oponent)
Tato bakalářská práce představuje současné poznání velikosti genomu u protist se zaměřením na popis a srovnání jednotlivých metod, které byly k řešení dané problematiky použité. Velikost genomu je znak charakteristický pro všechny živé organismy a zmíněny jsou i další fyziologické znaky, které s velikostí genomu souvisí. Z metod je největší důraz kladen na průtokovou cytometrii, která je považována za spolehlivou a v současnosti poskytuje nejvíce dat o velikosti protistních genomů. Krom průtokové cytometrie je zmíněn přínos celogenomového sekvenování k poznání velikosti protistních genomů. Problémy se stanovením velikosti protistních genomů pak vyplývají z heterogenity protist jako studované skupiny a z nesjednocených postupů v rámci jednotlivých metod, které ztěžují případné porovnávání. Protista jsou v rámci práce hodnocené jako nedostatečně prostudovaná skupina, v rámci, které variuje velikost genomu přibližně 200 000×. V závěru práce je věnován prostor pro popis současných poznatků o velikosti genomu relativně prostudovaných skupin portist. Klíčová slova: velikost genomu, C-hodnota, protista, průtoková cytometrie, celogenomové sekvenování, pulzní gelová elektroforéza, Feulgenova denzitometrie, mikrospektrofotometrie
|
host ::
RSS.