|
|
The relationship between splicing and posttranslational modifications of chromatin in Saccharomyces cerevisiae
Kovaľová, Libuša ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Protein Prp45, kvasinkový ortholog lidského transkripčního koregulátoru SNW1/SKIP, byl v literatuře doposud spojován pouze s regulací sestřihu pre-mRNA. Naše laboratoř odhalila, že protein Prp45 geneticky interaguje nejen s proteiny zahrnutými v sestřihu pre-mRNA, ale také s faktory důležitými pro elongaci transkripce a enzymy katalyzujícími chromatínové modifikace. Naše výsledky a rovněž i poznatky o lidském orthologovi SNW1/SKIP naznačují, že by Prp45 mohl sloužit jako regulátor propojující sestřih, transkripci a stav chromatínu u S. cerevisiae. Hlavním cílem diplomového projektu bylo zjistit, zda protein Prp45, který je nezbytný pro kotranskripční sestavování spliceozomu, ovlivňuje posttranslačné modifikace chromatínu na transkribovaných genech. Pomocí chromatinové imunoprecipitace nicméně nebyl potvrzen vliv mutace prp45(1-169) na profil trimethylace histonu H3 na lyzinu 4 a acetylace histonu H3 na lyzínech 9, 14 a 18 na lokusech transkripčně aktívních genů. Naším cílem také bylo průtokovou cytometrií analyzovat chování buněk synchronizovaných pomocí α-faktoru. Bylo ukázáno, že mutace prp45(1-169) vede k prodloužení buněčného cyklu. V rámci diplomového projektu byl pro účely sledování dynamiky nukleozomů v kmenech S. cerevisiae zaveden systém indukované exprese značeného histonu H3. Výsledky...
|
|
|
Eukaryotic translation initiation factor 3 and its role in plant translation regulation
Raabe, Karel ; Michailidis, Christos (vedoucí práce) ; Retzer, Katarzyna (oponent)
Translace mRNA je po transkripci další vysoce regulovanou etapou genové exprese. U rostlin nabývá regulace translace značného významu během progamické fáze, oplození a vývoje semen, kdy jsou s různou mírou selektivity translatovány již skladované molekuly mRNA. Dále se regulace translace uplatňuje díky své rychlosti a flexibilitě i v reakci na stresové situace, což má velký význam pro schopnost přežití rostlin jakožto přisedlých organismů. Přesná modulace genové exprese je výsledkem globální translační regulace stejně jako specifické regulace určitých transkriptů. Většina těchto regulačních mechanismů je soustředěna do iniciační fáze translace, které se účastní celá řada pomocných translačních iniciačních faktorů. Eukaryotický translační iniciační faktor 3 (eIF3) je největším a nejsložitějším translačním iniciačním faktorem, skládajícím se z 12 konzervovaných podjednotek. Jeho role strukturního lešení v iniciační fázi translace je klíčová pro vytvoření translačního iniciačního komplexu a pro přesnost skenovacího mechanismu. V posledních letech byly objeveny další funkce, které rozšířily působnost eIF3 do celého translačního cyklu, a to včetně jeho významu v globální i specifické translační regulaci. Cílem předkládané bakalářské práce je popsat funkce eIF3 a diskutovat poznatky o jeho roli v...
|
|
|
Význam dlouhých nekódujících RNA v rostlinách
Klodová, Božena ; Honys, David (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou transkripty o délce větší než 200nukleotidů s nízkým kódujícím potenciálem. Jedná se o skupinu regulačních ribonukleových kyselin (RNA) zatím v raném stádiu poznání, nicméně s potenciálně širokou rolí napříč organismy a biologickými procesy. U živočichů bylo popsáno několik regulačně významných lncRNA a jejich význam roste mimo jiné i v souvislost s mnohými nádorovými onemocněními. Přestože mnohé dlouhé nekódující transkripty byly odhaleny, jejich konkrétní mechanizmy působení zůstávají neznámé. U rostlin se výzkum soustředí převážně na ekonomicky a zemědělsky významné plodiny jako je rýže, kukuřice nebo sója. Jedná se ale zatím jen o omezené množství experimentálně ověřených transkriptů. Nicméně se zdokonalováním sekvenačních a bioinformatických metod začíná být významnost role lncRNA v mnohých biologických procesech (např. rozmnožování či rostlinné rezistenci k patogenům) naprosto zjevná. Tato bakalářská práce shrnuje dosavadní znalosti o dlouhých nekódujících ribonukleových kyselinách (lncRNA) s důrazem na jejich roli v rostlinách a taktéž se detailněji zabývá současnými problémy a nastiňuje budoucí potenciál výzkumu lncRNA.
|
|
|
Struktura a role sekrečního systému typu 3 a dalších faktorů virulence v patogenezi černého kašle
Štipl, Daniel ; Večerek, Branislav (vedoucí práce) ; Pinkas, Dominik (oponent)
Bordetella pertussis je významným lidským patogenem, který kolonizuje tkáně dýchacího ústrojí. Patologickým projevem této infekce je závažná a vysoce nakažlivá nemoc nazývaná černý kašel. B. pertussis disponuje celou řadou faktorů virulence, mezi které patří pertusový toxin, adenylát cyklázový toxin, dermonekrotický toxin, tracheální cytotoxin, adheziny a v neposlední řadě sekreční systém typu 3 (T3SS). Komplexní regulaci virulence B. pertussis zajišťuje dvousložkový systém signální transdukce BvgAS. Faktor virulence T3SS je některými Gram-negativními bakteriemi využíván ke kolonizaci hostitele a je zodpovědný za patologické projevy infekce. T3SS hraje roli ve virulenci B. bronchiseptica, savčím patogenu blízce příbuzném B. pertussis. Význam T3SS ve virulenci B. pertussis však dosud nebyl objasněn. V posledních desetiletích byl učiněn významný pokrok v porozumění struktuře, funkci a regulaci většiny známých faktorů virulence, není však zatím známo, co způsobuje patologické stavy provázející tuto infekcí. Klíčová slova: Bordetella, T3SS, regulace genové exprese, faktor virulence, patogeneze
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.