|
|
Role exozomů v komunikaci mezi tukovou a srdeční tkání
Novotná, Denisa Regine ; Zouhar, Petr (vedoucí práce) ; Kašík, Petr (oponent)
Extracelulární vezikuly včetně tzv. exozomů představují významný, nově identifikovaný, faktor při předávání informace mezi jednotlivými buňkami i orgány mnohobuněčného organismu. Exozomy běžně obsahují nukleové kyseliny, proteiny i celé organely. Produkce exozomů obsahujících mj. mitochondrie probíhá i v adipocytech tukové tkáně. Jelikož tuková tkáň představuje hlavní úložiště zásobních lipidů, její metabolismus a funkčnost mitochondrií v ní obsažených velice citlivě reagují např. na nutriční podmínky. Prostřednictvím produkce exozomů se mitochondrie z tukové tkáně mohou dostávat do dalších orgánů a ovlivňovat jejich metabolismus. V poslední době se ukazuje, že významnou roli při progresi metabolického syndromu může hrát sekrece exosomů z tukové tkáně. V hypertrofované tkáni dochází k selhávání mitochondrií, kterých se adipocyty zbavují mj. jejich vylučováním v podobě exosomů. Většinu těchto exosomů s poškozenými mitochondriemi pohlcují makrofágy přímo v tukové tkáni. Část jich však může unikat do cirkulace a dostává se tak mj. až k srdci. Přijímání těchto exosomů myokardem a začleňování poškozených mitochondrií do vlastní mitochondriální sítě může mít překvapivě pozitivní účinky pro zvyšování odolnosti proti poškození při infarktu. Významou roli mohou hrát exosomy i při zbavování se nefunkčních...
|
|
|
Analýza mitochondriálního energetického metabolismu v časných fázích rozvoje Huntingtonovy nemoci
Ďurčeková, Katarína ; Hansíková, Hana (vedoucí práce) ; Kohoutová, Michaela (oponent)
Huntingtonova nemoc (HN) je autozomálně dominantní neurodegenerativní onemocnění charakterizované motorickými, psychiatrickými a kognitivními příznaky. Průměrný věk nástupu HN je 40 let a u postižených osob má toto onemocnění nepříznivou prognózu. Vzhledem k tomu, že dosud není k dispozici kauzální léčba, je současná léčba HN zaměřena pouze na zmírnění symptomů. Klinickému projevu HN předchází asymptomatické období, kdy již probíhají kontinuální biochemické, strukturální a funkční změny na buněčné úrovni. Naše předchozí studie prokázaly poškození mitochondriálních parametrů v lymfocytech a v kultivovaných fibroblastech pacientů s rozvinutou HN. Cílem této práce bylo funkčními metodami charakterizovat základní složky mitochondriálního energetického metabolismu a najít vhodné mitochondriální biomarkery pro sledování progrese HN. Analyzovaný soubor tvořilo 12 linií kultivovaných kožních fibroblastů od pacientů s geneticky prokázanou HN, čtyři pacienti v asymptomatickém, čtyři v časném a čtyři v pokročilém stádiu HN a 4 linie od zdravých osob. Mitochondriální respirace a glykolytická aktivita byly analyzovány pomocí sledování spotřeby kyslíku a změn pH v reálném čase, produkce ATP pomocí luminiscence, metabolický obrat a katalytická aktivita pyruvátdehydrogenasového komplexu pomocí oxidace substrátů....
|
|
| |
|
|
Komparační analýza genomických dat pomocí grafické reprezentace
Těthal, Jiří ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá identifikací druhů živočichů pomocí denzity nukleotidů mitochondriálního genu CO1. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o DNA barcodingu a buněčné organele mitochondrii, která s touto metodou úzce souvisí. Druhá část se již prakticky zabývá porovnáváním různých sekvencí s využitím denzity jejich nukleotidů. K tomuto účelu byl vytvořen program, který využívá dvě funkce, přičemž první ze zadaných sekvencí nukleotidů vypočítá jejich denzitu a druhá dokáže tyto denzity porovnat distanční metodou.
|
|
|
Porovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhů
Labounek, René ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá metodou rozeznávání živočišných druhů na základě analýzy úseku mitochondriální DNA. K této analýze a zařazení se využívá úsek genu CO1 v literaturách nazýván jako čárový kód života. V úvodu práce je rozebrána teorie mitochondriální dědičnosti a podmínek tvorby čárového kódu. Z této teorie nadálé vychází její praktické využití při tvorbě knihovny vytvořených čárových kódů jednotlivých živočišných druhů. Data pro tvorbu knihovny jsou čerpány z veřejných databází NCBI a BOLD Systems. Další část práce se zabývá metodami porovnávání jednotlivých čárových kódů mezi sebou a hlavně s čárovým kódem člověka. K těmto analýzám byly použity tři hlavní výpočetní postupy. Byly to Needleman-Wunschův algoritmus, Smith-Watermanův algoritmus a porovnávání podobností pomocí distanční matice. S metodou porovnávání pomocí distanční matice je úzce spjat převod sekvencí molekuly DNA ze znakové podoby do numerických formátů, kterým se tato práce také zabývá. K usnadnění práce s daty byly vytvořeny vyhledávací algoritmy čárových kódu podle zadaného názvu druhu a naopak.
|
|
|
Computational modelling of mechanical tests of animal cell
Orlová, Lucie ; Fuis, Vladimír (oponent) ; Burša, Jiří (vedoucí práce)
The presented Master's thesis deals with the structural arrangement of living animal cells and their mechanical behavior under loading. The generalized aim is to describe mechanical responses of cells under either physiological or pathological conditions. A highly interdisciplinary approach interconnecting the computational methods of solid mechanics (finite element method in particular) with medical research is an inseparable part of the problem solution. A crucial step in proposing a computational model for approximation of a living cell behavior under loading conditions is to establish mechanically significant components to be incorporated into the calculation and to identify their material parameters. A presented computational model incorporates continuum entities such as the nucleus, membrane, and cytoplasm interconnected with a discrete mitochondrial network. This results in a novel hybrid model which is validated through comparison with experimental data and serves as a means to estimate the mitochondrial impact on overall cell stiffness.
|
|
|
Lokalizace železitých nanočástic ve vnitřních organelách
Solař, Jan ; Janoušek, Oto (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce popisuje chování železitých nanočástic v lidských mezenchymálních kmenových buňkách. V první části se zabývá metodou fluorescenčního značení organel a nanočástic a nastavením konfokálního mikroskopu pro jejich detekci. Dále je zde uveden popis metabolismu nanočástic a jejich akumulace v buňkách. V neposlední řadě se práce zabývá tvorbou softwaru pro lokalizaci a kvantifikační analýzu fluoreskujících organel a nanočástic v buněčných strukturách živých buněk.
|
|
| |
|
|
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Svoboda, Matěj ; Kupková, Kristýna (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá problematikou pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu. Práce je rozdělena na dvě části. První část se věnuje teorii a vysvětlení základních pojmů, konkrétně popisuje mitochondriální genom, nukleotidové mutace, pozitivní a negativní selekci a v neposlední řadě evoluční modely. Druhá část je zaměřena na praktické zpracování mitochondriální DNA a vytvoření funkcí v programovacím prostředí R. Důraz je kladen především na zarovnání sekvencí genů a hledání substitucí. Získané výsledky jsou následně porovnávány s výstupy z programů PAML a KaKs Calculator.
|
|
| |
host ::
RSS.