|
|
Optimalizace digitální polymerázové řetězové reakce pro aplikaci v neinvazivní prenatální diagnostice
Šenkyřík, Pavel ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Vodička, Radek (oponent)
Digitální PCR (Polymerase Chain Reaction) je metoda umožňující absolutní kvantifikaci sekvencí DNA a proto nachází uplatnění v mnoha diagnostických disciplínách. Zaměřili jsme se na diagnostiku trisomie 21. chromosomu, která se projevuje jako Downův syndrom. Informace o genomu plodu lze získat z volné fetální DNA, která se během těhotenství uvolňuje do krevního řečiště matky z placenty. V prvním trimestru fetální DNA tvoří přibližně 5-10 % volné DNA a je tudíž vhodným cílem pro neinvazivní prenatální testování (NIPT). Potřebujeme však techniku, která je schopna rozlišit tuto relativně malou frakci volné fetální DNA a odlišit ji od volné DNA matky. Právě digitální PCR poskytuje díky širokým možnostem multiplexování různé způsoby, jak tohoto cíle dosáhnout. Zaměřili jsme se na optimalizaci multiplex reakce, která v jednom fluorescenčním kanále rozlišuje počet kopií referenčního chromosomu 18 a sledovaného chromosomu 21. Výsledné stanovení tohoto poměru nám poskytuje informaci ohledně rovnováhy mezi chromosomy a může nám tak potvrdit či vyvrátit přítomnost trisomické fetální frakce. Využitelnost navržené metody pro klinickou aplikaci jsme testovali vyšetřením vzorků DNA izolovaných z 25 vzorků plazmy těhotných se zdravými plody a z 15 vzorků plazem od těhotných s plody postiženými Downovým syndromem....
|
|
|
Mechanismy vzniku kryptických přestaveb chromosomů a jejich klinické souvislosti
Šenkyřík, Pavel ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Drábová, Jana (oponent)
Chromosomové přestavby jsou jedním z procesů, které vedou ke vzniku genetických poruch. Mezi mechanismy, které způsobují přestavby, řadíme NAHR, NHEJ, FoSTeS a MMBIR. Zmíněné mechanismy generují přestavby mnoha typů a mají rozdílné nároky na jejich uskutečnění. NAHR je rekombinační mechanismus odpovědný především za rekurentní přestavby, působící zejména v repetitivních sekvencích. NHEJ slouží k opravě dvouřetězcových zlomů a kvůli své chybovosti generuje nerekurentní přestavby. FoSTeS a MMBIR jsou oba replikační mechanismy schopné způsobit jak komplexní přestavby, tak méně rozsáhlé nerekurentní přestavby. Vliv na výše popsané mechanismy má samotná architektura DNA. Struktury ovlivňující průběh nebo efektivitu mechanismů jsou mikrohomologie, dvouřetezcové zlomy, tandemové repetice, vlásenky a smyčky schopné zastavit replikaci.
|
host ::
RSS.