|
|
Mechanismus působení bakteriocinů odvozených z fágů na cílové buňky a na umělé membránové systémy.
Hryzáková, Klára ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Ulrych, Aleš (oponent)
Fonticiny jsou bakteriociny produkované gram-negativní bakterií Pragia fontium z čeledi Enterobacteriaceae. Patří mezi bakteriociny odvozené z fágů, které můžeme rozdělit do dvou skupin na: flexibilní (typ F) a kontraktilní částice (typ R). Pragia fontium produkuje částice typu R, které se váží na povrch citlivých buněk a tvoří póry v membráně pravděpodobně během kontrakce, mechanismem podobným sekrečnímu systému typu VI. Pórotvornou aktivitu jsme testovali na živých bakteriálních buňkách i in vitro na umělých membránových systémech. Na černých lipidových membránách tvoří fonticiny v membránách velké póry, jejichž vodivost (G) je přibližně dvakrát větší než vodivost známějšího α-hemolysinu, produkovaného bakterií Staphylococcus aureus. Dále jsme testovali napěťově závislé blokace fonticinového nanopóru způsobené proteiny v nativním i rozvolněném stavu, různými typy DNA, polyethylenglykolem a diamantovými nanočásticemi. Rigidní struktura fonticinové nanotrubičky, v kombinaci s konstantní vodivostí, činí z fonticinů slibné nanozařízení vhodné pro analýzu tvaru a velikosti nanočástic a velkých makromolekul. Klíčová slova: fonticin, bakteriocin, nanopór, Pragia fontium, blokace, pórotvorná aktivita, černé lipidové membrány.
|
|
|
Úloha proteinu Spr1851 Streptococcus pneumoniae v buněčném dělení
Jarošová, Václava ; Ulrych, Aleš (vedoucí práce) ; Seydlová, Gabriela (oponent)
Úloha proteinu Spr1851 Streptococcus pneumoniae v buněčném dělení S. pneumoniae, lidský extracelulární patogen, kóduje ve svém genomu unikátní serin/threoninovou kinázu eukaryotického typu StkP a k ní příslušnou fosfatázu PhpP. Tato kináza prostřednictvím fosforylace svých substrátů ovlivňuje řadu buněčných procesů, mezi které patří virulence, kompetence, buněčné dělení a syntéza buněčné stěny. Hypotetický protein Spr1851, později pojmenovaný Jag, byl identifikován jako nový substrát kinázy StkP v membránové frakci porovnáním fosfoproteomů divokého kmene a kmene s delecí pro StkP. Tento protein se skládá ze třech domén a interdoménové oblasti, která obsahuje místo fosforylace T89. Na N-konci se nachází Jag_N doména s neznámou funkcí. C-konec obsahuje domény dvě - KH a R3H, které jsou vysoce konzervované a jejích předpokládanou funkcí je vazba nukleových kyselin. Hlavním záměrem této práce bylo přiblížit funkci proteinu Jag, zjistit vliv jednotlivých domén na fenotyp a lokalizaci proteinu a určit roli fosforylace na T89. Získané výsledky potvrzují, že by protein Jag mohl hrát roli v buněčném dělení či syntéze buněčné stěny. Dále výsledky naznačují, že Jag_N doména je zásadní pro lokalizaci proteinu do membrány, zatímco za zmenšení buněk a růst, který je pozorovaný u delečního kmene, jsou zodpovědné KH a R3H...
|
|
|
Pleiotropní efekt proteinů s WD-40 doménami na buněčnou diferenciaci a produkci sekundárních metabolitů u Streptomyces coelicolor
Ulrych, Aleš
Pleiotropní efekt proteinů s WD-40 doménami na buněčnou diferenciaci a produkci sekundárních metabolitů u Streptomyces coelicolor WD-40 domény, také známé jako beta-transducinové repetice, jsou vysoce konzervované aminokyselinové repetice, které se nacházejí v mnoha odlišných eukaryotních proteinech, kde plní širokou škálu funkcí. Koncem 90. let minulého století byly identifikovány první proteiny s WD-40 doménami u prokaryot, ale o jejich funkci není známo téměř nic. Streptomyces coelicolor je grampozitivní bakterie s komplikovanou buněčnou morfologií a fyziologickou diferenciací během životního cyklu. Genom Streptomyces coelicolor kóduje 6 pravděpodobných genů kódujících proteiny s WD-repetitivními motivy. Pro bližší porozumění funkce dvou z těchto WD-40 genů (wdpB a wdpC) byly připraveny jejich disrupční mutanty, u kterých byl stanoven fenotypový projev a provedena transkripční analýza. Oba mutantní kmeny vykazovaly aberantní fenotyp závislý na použitém kultivačním médiu s nejvýraznějším fenotypovým projevem mutantů na modifikovaném R3 agaru. Fenotypové studie odhalily, že delece genu wdpB způsobuje značnou redukci tvorby vzdušného mycélia a sníženou produkci undecylprodigiosinu. Kromě toho dochází u mutantaΔ wdpB k neobvyklému větvení vzdušného mycélia a k defektní sporulaci projevující se...
|
|
|
Pleiotropní efekt proteinů s WD-40 doménami na buněčnou diferenciaci a produkci sekundárních metabolitů u Streptomyces coelicolor
Ulrych, Aleš ; Branny, Pavel (vedoucí práce) ; Pátek, Miroslav (oponent) ; Španová, Alena (oponent)
Pleiotropní efekt proteinů s WD-40 doménami na buněčnou diferenciaci a produkci sekundárních metabolitů u Streptomyces coelicolor WD-40 domény, také známé jako beta-transducinové repetice, jsou vysoce konzervované aminokyselinové repetice, které se nacházejí v mnoha odlišných eukaryotních proteinech, kde plní širokou škálu funkcí. Koncem 90. let minulého století byly identifikovány první proteiny s WD-40 doménami u prokaryot, ale o jejich funkci není známo téměř nic. Streptomyces coelicolor je grampozitivní bakterie s komplikovanou buněčnou morfologií a fyziologickou diferenciací během životního cyklu. Genom Streptomyces coelicolor kóduje 6 pravděpodobných genů kódujících proteiny s WD-repetitivními motivy. Pro bližší porozumění funkce dvou z těchto WD-40 genů (wdpB a wdpC) byly připraveny jejich disrupční mutanty, u kterých byl stanoven fenotypový projev a provedena transkripční analýza. Oba mutantní kmeny vykazovaly aberantní fenotyp závislý na použitém kultivačním médiu s nejvýraznějším fenotypovým projevem mutantů na modifikovaném R3 agaru. Fenotypové studie odhalily, že delece genu wdpB způsobuje značnou redukci tvorby vzdušného mycélia a sníženou produkci undecylprodigiosinu. Kromě toho dochází u mutantaΔ wdpB k neobvyklému větvení vzdušného mycélia a k defektní sporulaci projevující se...
|
host ::
RSS.