|
|
Nové matrice pro MALDI-MS analýzu lipidů
Macháčková, Petra ; Cvačka, Josef (vedoucí práce) ; Volný, Michael (oponent)
V této práci zaměřené na výzkum nových matric pro MALDI-MS analýzu lipidů bylo otestováno několik solí organických kyselin jako potenciálních matric pro analýzu uhlovodíků a voskových esterů. Již dříve se ukázalo, že k efektivní ionizaci lipidů je možno využít lithných kationtů za vzniku aduktu [M+Li]+ . Syntetizovány byly lithné soli aromatických kyselin. Byly vyhodnocené MALDI vlastnosti syntetizovaných matric a porovnány s vlastnostmi 2,5-dihydroxybenzoanu lithného, který je ověřenou matricí pro analýzu těchto lipidů. Bylo zjištěno, že účinnost matrice je závislá na přítomnosti hydroxylové skupiny v molekule matrice. Nejlepších výsledků bylo dosaženo s vanilanem lithným a to i ve srovnání s 2,5-dihydroxybenzoanem lithným.
|
|
|
Analýza antimikrobiálních peptidů v jedových žlázách čmeláků
Janechová, Daniela ; Cvačka, Josef (vedoucí práce) ; Monincová, Lenka (oponent)
Rozšiřující se rezistence bakterií na tradiční antibiotika podpořila zájem o nalezení nových látek k jejich výrobě. Antimikrobiální peptidy mají srovnatelné účinky s klasickými antibiotiky, ale odlišný mechanizmus působení, díky kterému nevyvolávají u bakterií rezistenci. Tyto peptidy byly charakterizovány ve všech formách mnohobuněčných organizmů. Jed blanokřídlého hmyzu obsahuje mnoho biologicky aktivních látek, mimo jiné i antimikrobiální peptidy. Z tohoto důvodu byla tato práce zaměřena na získávání sekvencí antimikrobiálních peptidů z vybraných druhů čmeláků (zemního, zahradního, rokytového, lučního, hájového, skalního, proměnlivého a pačmeláka českého). Izolace jedových extraktů byla prováděna metodou vysokoúčinné kapalinové chromatografie s obrácenými fázemi. Následná analýza byla prováděna pomocí metod hmotnostní spektrometrie, laserovou ionizací za spoluúčasti matrice ve spojení s průletovým analyzátorem a ionizací elektrosprejem s hybridním analyzátorem lineární iontové pasti s orbitrapem. Pro nalezené peptidy byly sekvence určeny tandemovou hmotnostní spektrometrií metodou "de novo" a Edmanovým odbouráváním. V této práci bylo charakterizováno 17 sekvencí peptidů z extraktů jedových žláz čmeláků, pro které byla zjištěna antimikrobiální aktivita agarovým difuzním testem.
|
|
|
Hydrophilic Interaction Liquid Chromatography in the Analysis of Intact Glycopeptides
Molnárová, Katarína ; Kozlík, Petr (vedoucí práce) ; Coufal, Pavel (oponent) ; Cvačka, Josef (oponent)
Analýza glykoproteínov predstavuje obrovskú výzvu v rámci glykoproteomiky, a to hlavne kvôli makro- a mikroheterogenite glykozylácie. Hydrofilná interakčná kvapalinová chromatografia (HILIC) je vhodnou alternatívou k chromatografii na reverznej fáze, ktorá sa najbežnejšie využíva v glykoproteomickej analýze. Táto dizertačná práca sa venuje potenciálu HILIC v glykoproteomickej analýze, zahrňujúca separáciou glykopeptidov na polárnych stacionárnych fázach až po využitiu HILIC v rámci prípravy vzoriek. Na úvod bol preskúmaný vplyv koncentrácie acetonitrilu na precipitáciu glykopeptidov v závislosti na typu pripojeného glykánu. Následne boli testované tri, komerčne dostupné stacionárne fáze - kolóna obsahujúca silikagél modifikovaný piatimi hydroxylovými skupinami, amidová a zwitteriónová stacionárna fáza. Porovnaná bola ich účinnosť v separácii glykopeptidových izomérov, ktoré sa líšili iba vo vetvení a/alebo v type väzby. Ďalší výskum bol venovaný separácii glykopeptidov ľudského imunoglobulínu G na relatívne nových kolónach, ktoré zatiaľ neboli charakterizované v rámci glykoproteomickej analýze. Jednalo sa o kolóny od spoločnosti Advanced Chromatography Technologies s nemodifikovaným silikagélom (HILIC-A), s aminopropylom-modifikovaným sorbentom (HILIC-B) a s polyhydroxylovou stacionárnou fázou...
|
|
|
Vývoj hmotnostně-spektrometrických metod pro strukturní analýzu mastných kyselin a estolidů
Cudlman, Lukáš ; Cvačka, Josef (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent) ; Lísa, Miroslav (oponent)
(CZ) Tato disertační práce shrnuje použití moderních hmotnostně-spektrometrických metod pro strukturní identifikaci mastných kyselin a estolidů triacylglycerolů (TG-EST) a jejich následnou charakterizaci v lipidomu novorozeneckého mázku, tj. biofilmu pokrývajícího pokožku lidského plodu během posledního trimestru těhotenství. Novorozenecký mázek je především známý svými antimikrobiálními vlastnostmi a schopností hojení ran a popálenin. První část disertační práce se zaměřuje na rozmanitost mastných kyselin v lipidomu novorozeneckého mázku. Tyto kyseliny tvoří strukturní podjednotky komplexních lipidů, např. hojně zastoupených triacylglycerolů a voskových esterů. Studiem mastných kyselin a jejich strukturních rysů bylo možné v této práci získat cenné poznatky o strukturní variabilitě celého lipidomu novorozeneckého mázku. Bez plného pochopení struktury těchto klíčových podjednotek by bylo v budoucnu nemožné dokončit analýzu tohoto lipidomu. Mastné kyseliny byly v této práci charakterizovány pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie (HPLC) a pokročilých metod hmotnostní spektrometrie, a to fotodisociace ultrafialovým zářením (UVPD) a disociace vyvolané ozonem (OzID). Spojení HPLC a hmotnostní spektrometrie (HPLC-MS) poskytlo jednoznačné informace o polohách a geometrii dvojných vazeb a...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.