Original title:
Efekt inhibice proteasomu na proteom Arabidopsis thaliana
Authors:
Dufek, Martin Document type: Bachelor's theses
Year:
2014
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Proteazom se vyskytuje ve všech eukaryotních organizmech a jeho struktura je vysoce konzervovaná. Hlavní funkcí tohoto multi-proteinového komplexu je usnadnění proteinového obratu a degradace špatně složených, změněných, opotřebených, nebo nepotřebných proteinů. Degradace proteazomem je převážně závislá na kooperaci s komplexním systémem, který konjuguje ubikvitin k proteinům určeným degradaci. Proteazomová dráha je úzce spojena se signálními dráhami fytohormonů a jako taková může hrát významnou roli v růstu a vývoji rostlin. Tato bakalářská práce nazvaná "Efekt inhibice proteazomu na proteom Arabidopsis thaliana" se zabývá ubikvitin-dependentní proteazomovou dráhou se zaměřením na signalizaci fytohromonů. V experimentální části byl pozorován efekt inhibice proteazomu na proteom modelové rostliny Arabidopsis thaliana. Pomocí LC-MS profilování bylo sledováno více jak 1400 proteinů. Statistické zpracování umožnilo nahlédnout do molekulárních mechanizmů odpovědi na proteazomovou inhibici.Proteasome is highly conserved in its structure among all eukaryotes. The main function of this multi-protein complex is to facilitate protein turnover and degrade misfolded, altered, aged or unneeded proteins. Proteasome-dependant degradation predominantly operates in cooperation with a complex system that conjugates proteins destined for degradation to ubiquitin. Emerging evidence suggests that the proteasome-dependant degradation is crucially involved in plant hormone signalling and as such could play a central role in plant growth and development. This bachelor thesis entitled "Effects of proteasome inhibition on Arabidopsis thaliana proteome" reviews proteasome-ubiquitin pathway with the focus on plant hormone signalling. In the experimental part, the effects of proteasome inhibition were investigated via LC-MS profiling. Altogether, abundances of more than 1400 proteins were followed. PCA analysis and a detailed pair-wise comparison of MG-132 and mock treated seedlings provided an insight into the molecular mechanism behind processes in the response to proteasome inhibition.
Keywords:
degradace proteinů; hmotnostní spektrometrie; proteomika; ubikvitinace