| Archeologický ústav, Brno (99) |
| Archeologický ústav, Praha (256) |
| Astronomický ústav (249) |
| Biologické centrum (455) |
| Biotechnologický ústav (49) |
| Botanický ústav (403) |
| Biofyzikální ústav (299) |
| Entomologický ústav (50) |
| Etnologický ústav (539) |
| Farmakologický ústav (1) |
| Filosofický ústav (542) |
| Fyzikální ústav (598) |
| Fyziologický ústav (80) |
| Geofyzikální ústav (197) |
| Geologický ústav (470) |
| Historický ústav (496) |
| Hydrobiologický ústav (116) |
| Knihovna AV ČR (81) |
| Masarykův ústav a Archiv (505) |
| Matematický ústav (428) |
| Mikrobiologický ústav (510) |
| Národohospodářský ústav (960) |
| Orientální ústav (40) |
| Parazitologický ústav (8) |
| Psychologický ústav (322) |
| Slovanský ústav (114) |
| Sociologický ústav (2,971) |
| Sociologický ústav (CVVM) (55) |
| Technologické centrum (0) |
| Ústav analytické chemie (499) |
| Ústav anorganické chemie (423) |
| Ústav biologie obratlovců (530) |
| Ústav dějin umění (365) |
| Ústav experimentální botaniky (113) |
| Ústav experimentální medicíny (144) |
| Ústav fotoniky a elektroniky (627) |
| Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského (483) |
| Ústav fyzikálního inženýrství (0) |
| Ústav fyziky atmosféry (277) |
| Ústav fyziky materiálů (1,030) |
| Ústav fyziky plazmatu (603) |
| Ústav geoniky (1,338) |
| Ústav chemických procesů (2,120) |
| Ústav informatiky (1,663) |
| Ústav jaderné fyziky (442) |
| Ústav makromolekulární chemie (440) |
| Ústav molekulární biologie rostlin (42) |
| Ústav molekulární genetiky (85) |
| Ústav organické chemie a biochemie (581) |
| Ústav pro českou literaturu (457) |
| Ústav pro elektrotechniku (0) |
| Ústav pro hydrodynamiku (628) |
| Ústav pro jazyk český (802) |
| Ústav pro klasická studia (0) |
| Ústav pro soudobé dějiny (287) |
| Ústav přístrojové techniky (1,574) |
| Ústav půdní biologie (192) |
| Ústav státu a práva (166) |
| Ústav struktury a mechaniky hornin (378) |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky (1,351) |
| Ústav teorie informace a automatizace (1,583) |
| Ústav termomechaniky (3,279) |
| Ústav výzkumu globální změny (600) |
| Ústav živočišné fyziologie a genetiky (94) |