| Archeologický ústav, Brno (99) |
| Archeologický ústav, Praha (251) |
| Astronomický ústav (248) |
| Biologické centrum (423) |
| Biotechnologický ústav (48) |
| Botanický ústav (398) |
| Biofyzikální ústav (298) |
| Entomologický ústav (50) |
| Etnologický ústav (537) |
| Farmakologický ústav (1) |
| Filosofický ústav (535) |
| Fyzikální ústav (583) |
| Fyziologický ústav (80) |
| Geofyzikální ústav (197) |
| Geologický ústav (465) |
| Historický ústav (490) |
| Hydrobiologický ústav (116) |
| Knihovna AV ČR (79) |
| Masarykův ústav a Archiv (496) |
| Matematický ústav (426) |
| Mikrobiologický ústav (507) |
| Národohospodářský ústav (931) |
| Orientální ústav (39) |
| Parazitologický ústav (8) |
| Psychologický ústav (322) |
| Slovanský ústav (114) |
| Sociologický ústav (2,899) |
| Sociologický ústav (CVVM) (55) |
| Technologické centrum (0) |
| Ústav analytické chemie (493) |
| Ústav anorganické chemie (422) |
| Ústav biologie obratlovců (529) |
| Ústav dějin umění (357) |
| Ústav experimentální botaniky (113) |
| Ústav experimentální medicíny (143) |
| Ústav fotoniky a elektroniky (627) |
| Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského (472) |
| Ústav fyzikálního inženýrství (0) |
| Ústav fyziky atmosféry (274) |
| Ústav fyziky materiálů (1,008) |
| Ústav fyziky plazmatu (602) |
| Ústav geoniky (1,329) |
| Ústav chemických procesů (2,085) |
| Ústav informatiky (1,654) |
| Ústav jaderné fyziky (442) |
| Ústav makromolekulární chemie (436) |
| Ústav molekulární biologie rostlin (42) |
| Ústav molekulární genetiky (85) |
| Ústav organické chemie a biochemie (577) |
| Ústav pro českou literaturu (455) |
| Ústav pro elektrotechniku (0) |
| Ústav pro hydrodynamiku (620) |
| Ústav pro jazyk český (787) |
| Ústav pro klasická studia (0) |
| Ústav pro soudobé dějiny (287) |
| Ústav přístrojové techniky (1,443) |
| Ústav půdní biologie (192) |
| Ústav státu a práva (164) |
| Ústav struktury a mechaniky hornin (378) |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky (1,309) |
| Ústav teorie informace a automatizace (1,572) |
| Ústav termomechaniky (3,202) |
| Ústav výzkumu globální změny (586) |
| Ústav živočišné fyziologie a genetiky (93) |