| |
|
Využití techniky AFLP fingerprintingu ve šlechtění řepky
CUŘÍNOVÁ, Petra
Metoda AFLP se obecně používá při šlechtění některých jiných druhů plodin, u řepky tak obvyklá není. AFLP markery jsou využívány zejména pro molekulární charakteristiku a hodnocení genetické diverzity. Cílem této diplomové práce bylo využití této techniky ve šlechtění řepky a porovnání původu českých, slovenských a německých odrůd mezi sebou. Metoda je založená na principu selektivní amplifikace genomové DNA. Postup se skládá ze tří základních kroků: 1. rozštěpení genomické DNA na fragmenty, na něž se naligují adaptory, 2. selektivní amplifikace fragmentů pomocí speciálních primerů a 3. elektroforéza produktů a počítačová analýza (Vos et al., 1995). Bylo studováno 16 českých a československých odrůd a 16 německých odrůd řepky, které byly vzájemně porovnány. Dále byly pro AFLP analýzu vybrány dva specifické primery EcoRI AGC a fluorescenčně značený primer MseI ACC. Pomocí AFLP fingerprintingu lze skupinu českých, československých a německých odrůd majících původ v genových zdrojích z oblasti Německa a České Republiky odlišit, i přesto že dochází k častému křížení odrůd mezi sebou. Metodou AFLP se tedy dají zachytit i velmi malé rozdíly v genetické základně. Rozdíly mezi studovanými odrůdami sice existují ale nejsou výrazné a ukazuje to na jistou příbuznost a zúžení genetické základny genových zdrojů, které jsou používány ve střední Evropě.
|
|
Studie molekulárních markerů korelujících s prognózou a výsledkem terapie kolorektálního karcinomu.
Protivová, Martina ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Hromadníková, Ilona (oponent)
Kolorektální karcinom je jedním z nejčastějších onkologických onemocnění u nás i ve světě. Závažným problémem v léčbě tohoto onemocnění je interindividuální variabilita v odpovědi na léčbu, neboť velká část pacientů vykazuje rezistenci nebo závažnou toxicitu k léku. Příčinou takové variability může být genetická výbava jedince. Z tohoto hlediska stoupá potřeba nalezení molekulárních markerů prognózy průběhu onemocnění a markerů, díky kterým budeme schopni odhadnout reakci pacienta na léčbu. Hlavním cílem této studie bylo najít rozdíly v expresi genů mezi zdravou a nádorovou tkání u pacientů dobře a špatně odpovídajících na léčbu na bázi 5-fluorouracilu a zjištěné výsledky porovnat ve vztahu ke klinickým datům. Tato studie se zaměřila na hodnocení genové exprese 14 potenciálních molekulárních markerů zapojených do drah 5-FU zahrnujících metabolismus, transport a cíle tohoto léku. Do studie byli vybráni pacienti léčeni režimy na bázi 5-FU. Exprese byla hodnocena na dvou nezávislých souborech tvořených pacienty s indikovanou paliativní nebo adjuvantní chemoterapií. Od každého pacienta byla k dispozici nádorová a párová nenádorová tkáň Genová exprese v těchto vzorcích byla měřena pomocí real-time RT-PCR s relativní kvantifikací za použití preamplifikované cDNA. V první fázi byla genová exprese...
|
|
Využití rostlin k produkci protilátek
Angelis, Karel ; Šmídková, Markéta
Rostliny jsou nejstarším biotechnologickým produkčním systémem a jako eukaryotní organismy jsou schopny produkovat modifikované proteiny. Využívají se laboratorní modelové rostliny jako tabák nebo produkční plodiny s vypracovou logistikou sklizně a skladování jako je brambor a rýže. Perspektivní jsou kapalné kultury unožňující kultivací za kontrolovaných podmínek. Např. mech Physcomitrella patens kromě pěstování v kapalné kultuře díky vysoké účinnosti homologní rekombinace umožňuje cílenou modifikací (gene targeting) rekonstruovt glykosylační dráhy tak, aby odpovídala lidským. Pro heterologní expresi v rostlinách se konstruují rekombinantní protilátky, kdy se pro plně funkční jednořetězcovou scFv se z původní protilátky využívá pouze variabilní konce lehkého VL a těžkého VH řetězce, které vytváří vazebné místo. Rekombinantní scFv protilátky jsou využívány pro terapii a diagnostiku různých nádorových onemocnění.
|
|
Expresní analýza nových B buněčných populací FO buněk charakterizovaných nepřítomností molekuly CD27 a nízkou expresí CD38 molekuly.
Kerdíková, Zuzana ; Růžičková, Šárka (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
V rámci projektu podporovaného grantem IGA MZ ČR NKT11414-3 byly pomocí polychromatické průtokové cytometrie charakterizovány v periferní krvi u pacientů s běžnou variabilní imunodeficiencí a u zdravých kontrol byly objeveny dvě nové B buněčné populace. Tyto populace byly definovány jako CD19+ CD27- CD21+ CD38low CD24+ IgM+ FO I a CD19+ CD27- CD21+ CD38low CD24++ IgM++ FO II B buněčné populace. Protože žádná z nalezených populací nebyla dosud popsána ani studována, cílem této práce bylo charakterizovat tyto populace se zaměřením na analýzu variabilních oblastí těžkých řetězců imunoglobulinů a genů kódujících proteiny, které se účastní procesu formování VHDHJH přeskupení (Rag 1, Rag 2 a TdT) produkované buňkami těchto populací. K provedení molekulární analýzy jednotlivých B lymfocytů byla použita průtoková cytometrie, třídění jednotlivých buněk s využitím průtokového cytometru se sortovacím modulem; RT-PCR na úrovni jedné buňky; IgVH, Rag 1, Rag 2 a TdT specifické PCR a sekvenování. Obě populace byly analyzovány u dvou pacientů s běžnou variabilní imunodeficiencí, dvou zdravých kontrol, a dvou pacientů s autoimunitním onemocněním - 1 s revmatoidní artritidou a 1 systémovým lupus erythematodes (jako tzv. "disease control"). K vyhodnocení rozdílů v expresi variabilních oblastí těžkých řetězců...
|
|
Emise tzv. skleníkových plynů (N2O a CO2) z pastevní půdy jako výsledek aktivity mikrobiálního společenstva - předběžné výsledky
Šimek, Miloslav ; Hynšt, Jaroslav ; Brůček, Petr ; Čuhel, Jiří
Zimoviště skotu je specifickým typem ekosystému, v němž je vliv skotu na půdu oproti běžné pastvině zesílen. Na lokalitě je patrný gradient vlivu zvířat od nejvíce zatížené plochy poblíž kravína, kde probíhá krmení a krávy se zde zdržují nejvíce, k nejméně zatížené protilehlé části pastviny, na které je pohyb a pobyt zvířat minimální. Emise N2O ze zimoviště jsou velmi proměnlivé a píky emisí mají krátkodobý charakter, protože většina N2O vzniká během jednoho až několika krátkých období aktivity, která nastávají při dobré zásobenosti půdy dusíkem při vhodné souhře podmínek prostředí, zejména při určité vlhkosti a teplotě půdy; emise N2O jsou vysoké zejména v jarním období; velikost emisí přímo souvisí se zatížením půdy zvířaty. Emise CO2 mají během roku zcela odlišný charakter než emise N2O, neboť víceméně kopírují chod teploty přízemní vrstvy vzduchu nebo svrchní vrstvy půdy; emise CO2 jsou vysoké zejména v letním období; velikost emisí přímo nesouvisí se zatížením půdy zvířaty.
|
|
Podtypy Blastocystis u prasat
LAKATOSOVÁ, Lucie
Blastocystis je jednobuněčný anaerobní prvok, který se běžně vyskytuje ve střevním traktu zvířat i lidí. Jedná se o geneticky velmi variabilní organismus. Blastocystis lze nalézt jak u zdravých jedinců, tak u pacientů s gastrointestinálními poruchami. V roce 2011/2012 jsem v laboratoři parazitologického ústavu AV ČR prováděla vyšetřování již vyizolovaných vzorků DNA od prasat domácích a divokých molekulárními metodami. Celkem bylo vyšetřeno 110 vzorků. U domácích prasat byl pozitivní výsledek v 91 % (51/56) a u divokých prasat v 67 % (36/54). Celková prevalence byla u domácích prasat vyšší o 24 %. Několik získaných sekvencí genu pro SSU rRNA naznačuje, že u prasat se mohou vyskytovat i netypické podtypy Blastocystis.
|
|
Genetická variabilita entomopatogenních hub rodu \kur{Isaria} v České republice
ČÁPOVÁ, Aneta
V mé diplomové práci se zabývám genetickou variabilitou entomopatogenních hub rodu Isaria v České republice. Zástupci tohoto rodu se nacházejí v půdě a napadají všechna vývojová stádia hmyzu, nicméně nejčastěji napadají larvy a kukly. Využití entomopatogenních hub rodu Isaria je zejména v rámci biologické ochrany rostlin. U mitosporických hub je často velmi obtížná jejich precizní identifikace, taxonomie je často nejasná, u řady rodů včetně rodu Paecilomyces/Isaria se prokázala jejich polyfyletičnost. Základem klasifikace hub jsou morfologické studie, taxonomie je založena na pohlavních znacích, vzhledem k jejich absenci jsou pak u mitosporických hub nejpoužívanějšími znaky pro jejich identifikaci tvar a velikost konidií a biologické vlastnosti (klíčení spor, testy biologické účinnosti). Nicméně identifikace na základě morfologických markerů je nepřesná a velmi variabilní. Řešením se nedávno stalo využití molekulárních DNA markerů, které se staly díky nedostatku morfologických charakteristik neocenitelnými a to v oblasti ekologie, biologie a genetiky hub. V mé práci využívám jako molekulární marker ITS (internal transcribed spacer) region. ITS regiony jsou součástí rDNA, ale nejsou kódující, a proto je pravděpodobné, že se v nich během evoluce nahromadily změny a jedná se o velmi variabilní úseky DNA. Tento fakt je důvodem jejich hojného využití v taxonomických analýzách mnohých organismů. Výstupem mé práce je fylogenetický strom, který je vytvořen ze sekvencí ITS regionů vzorků entomopatogenních hub rodu Isaria získaných během monitoringu v letech 2013-2014 v České republice. Na jeho základě jsem došla ke zjištění druhového zastoupení hub rodu Isaria v České republice.
|
| |
|
Bacteria deactivation and removal from Wastewater and polluted Air
Kimmer, D. ; Vincent, I. ; Dudák, J. ; Bergerová, E. ; Petras, D. ; Lev, J. ; Holba, Marek ; Kalhotka, L. ; Mikula, Přemysl ; Kořínková, R. ; Kubáč, L.
Procedures permitting to prepare homogeneous functionalized nanofibre structures based on polyurethanes modified by phthalocyanines (PCs) by employing a suitable combination of variables during the electrospinning process are presented. Compared are filtration and bacteria deactivation properties of nanostructures without PCs, modified in bulk and with PCs embedded into polyurethane chain by a covalent bond protecting the release of active organic compound during the filtration process. Finding that the functionalized nanofibre structures have an effect on bacterial growth was confirmed by microbiological, physico-chemical and molecular biological analyses, such as the inoculation in a nutrient agar culture medium, flow cytometry and real-time polymerase chain reaction.
|
host ::
