|
|
Import proteinů do mitochondrií.
Drašnarová, Zuzana ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Pyrih, Jan (oponent)
Většina mitochondriálních proteinů je syntetizována v cytoplasmě a poté musí být dopravena do vnější a vnitřní membrány nebo do mezimembránového prostoru a matrix. K transportu všech proteinů přes vnější membránu slouží TOM komplex. Odtud se osud jednotlivých populací proteinů liší: (i) sbalení β-barelových proteinů ve vnější membráně zprostředkovávají proteiny SAM komplexu, (ii) proteiny mezimembránového prostoru jsou po průchodu TOM komplexem zachyceny pomocí tzv. MIA dráhy, (iii) mitochondriální přenašeče vnitřní membrány vyžadují TIM22 a nakonec (iv) matrixové proteiny s částí proteinů vnitřní membrány jsou přeneseny komplexem TIM23. Zatímco transport přes vnější membránu nevyžaduje zdroj energie, přechod proteinů přes vnitřní mitochondriální membránu je závislý na ATP spotřebovaném mtHsp70 v rámci PAM komplexu a/nebo na membránovém potenciálu. Transportované proteiny mají targetovací sekvence, které jsou nutné pro rozpoznání transportovaného proteinu receptorovým proteinem na vnější membráně. Klíčová slova: import, protein, mitochondrie, translokáza, membrána, matrix, mezimembránový prostor
|
|
|
Buněčný transport proteinů a jeho úloha v patogenních procesech.
Najdrová, Vladimíra ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Uzlíková, Magdalena (oponent)
Předmětem této práce jsou procesy sekrece vybraných proteinů u několika významných parazitů člověka - Toxoplasma gongii, Plasmodium falciparum, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp. a Giardia intestinalis. Uvedeny jsou zde proteiny, jak parazitární, tak i hostitelské a to především v souvislosti s hlavními infekčními procesy a ve spojitosti se sekreční dráhou. Sekrece proteinů do prostředí hostitele patří zejména pro intracelulární parazity mezi klíčové nástroje pro přežití a manipulaci s hostitelským organismem. Z uvedených informací vyplývá, že různí parazité k tomu využívají funkčně i evolučně odlišné strategie. Klíčová slova sekreční dráha, translokon, signální sekvence, Toxoplasma gongii, Plasmodium falciparum, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp., Giardia intestinalis
|
|
|
Impact of the glycine-rich loop on the function of processing peptidases of the mitochondrial type
Kučera, Tomáš
S O U H R N Většina mitochondriálních proteinů je syntetizována na cytosolických ribozomech ve formě svých prekurzorů nesoucích signální sekvence, které umožňují jejich transport do mitochondrií. Jakmile proteinový prekurzor dosáhne mitochondriální matrix, signální sekvence již není potřeba a je odštěpena heterodimerní mitochondriální "processing" peptidasou (MPP; α/β). Ačkoli krystalová struktura MPP je známa, mechanismus funkce MPP je stále předmětem diskusí. Volná molekulárně-dynamická (MD) simulace byla použita k detailnímu studiu strukturních znaků glycinové smyčky (GRL) regulační α-podjednotky kvasinkové MPP. Struktury divoké a mutantní formy MPP s delecí celé glycinové smyčky byly studovány i v přítomnosti substrátu v aktivním místu peptidasy. Cílená MD simulace byla použita ke studiu mechanismu translokace substrátu z GRL do aktivního místa. Prokázali jsme, že přirozená konformační flexibilita GRL je zcela zásadní pro translokaci substrátu z okolního prostředí do aktivního místa peptidasy. Ukazujeme, že α-helikální konformace substrátu je důležitá nejen během jeho prvotního kontaktu s MPP (t.j. rozpoznání substrátu), ale také později, přinejmenším během prví třetiny translokační dráhy substrátu. Dále ukazujeme, že substrát zůstává v kontaktu s GRL během celé první třetiny translokace, během níž...
|
|
|
Impact of the glycine-rich loop on the function of processing peptidases of the mitochondrial type
Kučera, Tomáš ; Janata, Jiří (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Ettrich, Rüdiger (oponent)
SOUHRN Většina mitochondriálních proteinů je syntetizována na cytosolických ribozomech ve formě svých prekurzorů nesoucích signální sekvence, které umožňují jejich transport do mitochondrií. Jakmile proteinový prekurzor dosáhne mitochondriální matrix, signální sekvence již není potřeba a je odštěpena heterodimerní mitochondriální "processing" peptidasou (MPP; α/β). Ačkoli krystalová struktura MPP je známa, mechanismus funkce MPP je stále předmětem diskusí. Volná molekulárně-dynamická (MD) simulace byla použita k detailnímu studiu strukturních znaků glycinové smyčky (GRL) regulační α-podjednotky kvasinkové MPP. Struktury divoké a mutantní formy MPP s delecí celé glycinové smyčky byly studovány i v přítomnosti substrátu v aktivním místu peptidasy. Cílená MD simulace byla použita ke studiu mechanismu translokace substrátu z GRL do aktivního místa. Prokázali jsme, že přirozená konformační flexibilita GRL je zcela zásadní pro translokaci substrátu z okolního prostředí do aktivního místa peptidasy. Ukazujeme, že α-helikální konformace substrátu je důležitá nejen během jeho prvotního kontaktu s MPP (t.j. rozpoznání substrátu), ale také později, přinejmenším během prví třetiny translokační dráhy substrátu. Dále ukazujeme, že substrát zůstává v kontaktu s GRL během celé první třetiny translokace, během níž...
|
|
|
Import proteinů do mitochondrií.
Drašnarová, Zuzana ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Pyrih, Jan (oponent)
Většina mitochondriálních proteinů je syntetizována v cytoplasmě a poté musí být dopravena do vnější a vnitřní membrány nebo do mezimembránového prostoru a matrix. K transportu všech proteinů přes vnější membránu slouží TOM komplex. Odtud se osud jednotlivých populací proteinů liší: (i) sbalení β-barelových proteinů ve vnější membráně zprostředkovávají proteiny SAM komplexu, (ii) proteiny mezimembránového prostoru jsou po průchodu TOM komplexem zachyceny pomocí tzv. MIA dráhy, (iii) mitochondriální přenašeče vnitřní membrány vyžadují TIM22 a nakonec (iv) matrixové proteiny s částí proteinů vnitřní membrány jsou přeneseny komplexem TIM23. Zatímco transport přes vnější membránu nevyžaduje zdroj energie, přechod proteinů přes vnitřní mitochondriální membránu je závislý na ATP spotřebovaném mtHsp70 v rámci PAM komplexu a/nebo na membránovém potenciálu. Transportované proteiny mají targetovací sekvence, které jsou nutné pro rozpoznání transportovaného proteinu receptorovým proteinem na vnější membráně. Klíčová slova: import, protein, mitochondrie, translokáza, membrána, matrix, mezimembránový prostor
|
|
|
Impact of the glycine-rich loop on the function of processing peptidases of the mitochondrial type
Kučera, Tomáš
S O U H R N Většina mitochondriálních proteinů je syntetizována na cytosolických ribozomech ve formě svých prekurzorů nesoucích signální sekvence, které umožňují jejich transport do mitochondrií. Jakmile proteinový prekurzor dosáhne mitochondriální matrix, signální sekvence již není potřeba a je odštěpena heterodimerní mitochondriální "processing" peptidasou (MPP; α/β). Ačkoli krystalová struktura MPP je známa, mechanismus funkce MPP je stále předmětem diskusí. Volná molekulárně-dynamická (MD) simulace byla použita k detailnímu studiu strukturních znaků glycinové smyčky (GRL) regulační α-podjednotky kvasinkové MPP. Struktury divoké a mutantní formy MPP s delecí celé glycinové smyčky byly studovány i v přítomnosti substrátu v aktivním místu peptidasy. Cílená MD simulace byla použita ke studiu mechanismu translokace substrátu z GRL do aktivního místa. Prokázali jsme, že přirozená konformační flexibilita GRL je zcela zásadní pro translokaci substrátu z okolního prostředí do aktivního místa peptidasy. Ukazujeme, že α-helikální konformace substrátu je důležitá nejen během jeho prvotního kontaktu s MPP (t.j. rozpoznání substrátu), ale také později, přinejmenším během prví třetiny translokační dráhy substrátu. Dále ukazujeme, že substrát zůstává v kontaktu s GRL během celé první třetiny translokace, během níž...
|
|
|
Buněčný transport proteinů a jeho úloha v patogenních procesech.
Najdrová, Vladimíra ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Uzlíková, Magdalena (oponent)
Předmětem této práce jsou procesy sekrece vybraných proteinů u několika významných parazitů člověka - Toxoplasma gongii, Plasmodium falciparum, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp. a Giardia intestinalis. Uvedeny jsou zde proteiny, jak parazitární, tak i hostitelské a to především v souvislosti s hlavními infekčními procesy a ve spojitosti se sekreční dráhou. Sekrece proteinů do prostředí hostitele patří zejména pro intracelulární parazity mezi klíčové nástroje pro přežití a manipulaci s hostitelským organismem. Z uvedených informací vyplývá, že různí parazité k tomu využívají funkčně i evolučně odlišné strategie. Klíčová slova sekreční dráha, translokon, signální sekvence, Toxoplasma gongii, Plasmodium falciparum, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp., Giardia intestinalis
|
host ::
RSS.