|
Antimikrobiální peptidy inhibující syntézu DNA.
Michková, Sára ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Rejman, Dominik (oponent)
Antimikrobiální peptidy (AMP) jsou krátké aminokyselinové sekvence, které jsou syntetizovány různými organismy jako obrana proti bakteriím. AMP lze rozdělit na dvě skupiny na základě jejich antibakteriálního mechanismu - AMP rozrušující bakteriální membránu a AMP s intracelulárním cílem. Také samotné bakterie mohou produkovat AMP, které využívají v konkurenčním boji proti ostatním bakteriím ve stejné ekologické nice. Jedním z takových peptidů je sublancin, který je sekretován půdní bakterií Bacillus subtilis. Sublancin působí baktericidně proti Gram-pozitivním bakteriím, nicméně mechanismus jeho účinku není dosud znám. Z dostupné literatury je zřejmé, že sublancin má intracelulární cíl a spekuluje se o jeho možném negativním působení na replikaci DNA. Tato bakalářská práce na úvod stručně popisuje replikaci DNA a poté shrnuje současné znalosti o AMP cílících na membránu i AMP s intracelulárním cílem. Větší pozornost je potom věnována AMP, které narušují syntézu nukleové kyseliny, což je cíl působení navržený pro sublancin. Závěrečná část práce se věnuje sublancinu ve větším detailu a popisuje jeho expresi, strukturu a možný mechanismus působení. Klíčová slova: antimikrobiální peptid, mezidruhová kompetice, sublancin, Bacillus subtilis, replikace DNA
|
|
Biogeneze a funkce jaderných železo-sirných proteinů
Panova, Ekaterina ; Benda, Martin (vedoucí práce) ; Smutná, Tamara (oponent)
Železo-sirné klastry jsou důležitými anorganickými kofaktory mnoha buněčných reakcí, včetně těch, které probíhají v jádře. Jaderné železo-sirné proteiny hrají důležitou roli při replikaci DNA, opravách genomu a udržovaní jeho stability. Biosyntéza těchto železo-sirných klastrů začíná v mitochondriích pomocí ISC dráhy (iron-sulfur cluster assembly) pokračuje v cytosolu v CIA dráze (cytosolic iron-sulfur cluster assembly) a končí zabudováním klastrů do cílových apoproteinů, kterými jsou například polymerázy, primázy, helikázy, endonukleázy nebo glykosylázy. Tato bakalářská práce shrnuje současné poznatky o dráhách biosyntézy železo-sirných klastrů, o funkcích jaderných železo-sirných proteinů a o úloze železo-sirných klastrů v těchto proteinech, včetně fenotypů a klinických projevů způsobených jejich absencí. Klíčová slova: železo-sirné klastry, metaloproteiny, jádro, replikace DNA, oprava DNA
|
|
Strukturně-funkční organizace buněčného jádra.Mikroskopická analýza jaderných subkompartmentů.
Jůda, Pavel ; Cmarko, Dušan (vedoucí práce) ; Mokrý, Jaroslav (oponent) ; Kučera, Tomáš (oponent) ; Smetana, Karel (oponent)
Pavel Jůda - Abstrakt Buněčné jádro představuje komplexní buněčnou organelu. Jádro a jaderné procesy jsou organizovány do jednotlivých funkčně a morfologicky oddělených jaderných subkompartmentů. Tato dizertační práce se postupně zabývá několika jadernými subkompartmenty neboli doménami: místy aktivní replikace, Polycomb tělísky a jadernými inkluzemi tvořenými inozin monofosfát dehydrogenázou 2 (IMPDH2). V první části práce jsme se soustředili na zkoumání vztahu MCM komplexu s předpokládanou DNA helikázovou aktivitou k replikaci DNA. Imunofluorescenčním značením buněk extrahovaných před fixací a analýzou dat pomocí kros-korelační funkce jsme prokázali přítomnost MCM proteinů v místech aktivní replikace. Naše výsledky přispěly k vyřešení jedné části tzv. MCM paradoxu. Dále jsme studovali strukturní podstatu Polycomb tělísek. Polycomb tělíska byla na základě fluorescenční mikroskopie považována za jaderný subkompartment tvořený nahromaděním Polycomb proteinů v interchromatinovém prostoru. V naší práci jsme pomocí korelační světelné a elektronové mikroskopie a experimentů využívajících změn makromolekulární přeplněnosti vnitřního prostředí buňky, takzvaného makromolekulárního crowdingu, prokázali, že Polycomb tělíska nepředstavují jaderná tělíska, ale že odpovídají spíše chromatinové doméně. Naše výsledky...
|
|
Strukturně-funkční organizace buněčného jádra.Mikroskopická analýza jaderných subkompartmentů.
Jůda, Pavel ; Cmarko, Dušan (vedoucí práce) ; Mokrý, Jaroslav (oponent) ; Kučera, Tomáš (oponent) ; Smetana, Karel (oponent)
Pavel Jůda - Abstrakt Buněčné jádro představuje komplexní buněčnou organelu. Jádro a jaderné procesy jsou organizovány do jednotlivých funkčně a morfologicky oddělených jaderných subkompartmentů. Tato dizertační práce se postupně zabývá několika jadernými subkompartmenty neboli doménami: místy aktivní replikace, Polycomb tělísky a jadernými inkluzemi tvořenými inozin monofosfát dehydrogenázou 2 (IMPDH2). V první části práce jsme se soustředili na zkoumání vztahu MCM komplexu s předpokládanou DNA helikázovou aktivitou k replikaci DNA. Imunofluorescenčním značením buněk extrahovaných před fixací a analýzou dat pomocí kros-korelační funkce jsme prokázali přítomnost MCM proteinů v místech aktivní replikace. Naše výsledky přispěly k vyřešení jedné části tzv. MCM paradoxu. Dále jsme studovali strukturní podstatu Polycomb tělísek. Polycomb tělíska byla na základě fluorescenční mikroskopie považována za jaderný subkompartment tvořený nahromaděním Polycomb proteinů v interchromatinovém prostoru. V naší práci jsme pomocí korelační světelné a elektronové mikroskopie a experimentů využívajících změn makromolekulární přeplněnosti vnitřního prostředí buňky, takzvaného makromolekulárního crowdingu, prokázali, že Polycomb tělíska nepředstavují jaderná tělíska, ale že odpovídají spíše chromatinové doméně. Naše výsledky...
|