|
|
Detekce patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě
Valkovičová, Nikola
Bakalářská práce se zabývala detekcí a sekvenací patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě. Pozornost je věnována především patogenům rodu Fusarium. Tyto patogeny způsobu-jí suchou hnilobu brambor, která vytváří povlaky bílého mycelia a hlíza následně mumifikuje, není vhodná ke konzumaci a snižuje se výnos. Pro detekci patogenů byla zvolena jedna z nejpřesnějších metod – PCR. Pro detekci pato-genů rodu Fusarium z infikovaných bramborových hlíz byla použita konvenční PCR s nespecifickými primery ITS4 a ITS5 nasedající do oblasti mezi geny, které kódují RNA ITS4 a ITS5. Pro detekci patogenů z půdy byla zvolena real–time PCR s primery ITS1F a AFP346 nasedající do oblasti, které kódující nRNA a mezerníky ITS1 a ITS2. Testovaná půda byla uměle inokulována neznámým izolátem rodu Fusarium získaným z bramborové hlízy a sbírkovým izolátem Fusarium solani var. coeruleum. Sekvenace potvrdi-la infekci hlízy bramboru patogenem Fusarium culmorum a objasnila tak obtížnost kvantifika-ce.
|
|
|
Alternativní nápoje probiotického charakteru
Moravec, Štěpán ; Langová, Denisa (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vysvětlením termínu probiotika, vlastnostem jednotlivých rodů probiotických bakterií, přípravě kávy a čaje, stejně tak jako probiotické kávě a čaji a molekulárně diagnostickým metodám, použitých při bakalářské práci. Byly provedeny mikrobiologické a molekulárně diagnostické metody na analýzu vzorků probiotické kávy a čajů zejména, pak na potvrzení přítomnosti rodu Bacillus a na potvrzení jeho odolnosti vůči vysoké teplotě. Pomocí konvenční PCR metody a real-time PCR metody byla potvrzena přítomnost bakteriální DNA ve vzorcích kávy a čajů. Metodou PMA-PCR Byla ověřena odolnost zástupců rodu Bacillus vůči vysokým teplotám, kterým jsou v závislosti na charakteru výrobku jejichž jsou součástí vystaveny při jejich přípravě ke konzumaci.
|
|
| |
|
|
qPCR diagnostika střevního prvoka \kur{Blastocystis} sp. v souboru vzorků od zdravých lidí
ŠLOUFOVÁ, Martina
Hlavním cílem této práce bylo zavedení a optimalizace qPCR protokolu pro detekci střevního prvoka Blastocystis sp. Zároveň byla porovnána citlivost konvenční PCR (cPCR) a real-time PCR (qPCR) v souboru 288 vzorků od asymptomatických jedinců. Pomocí qPCR byla detekována celková prevalence Blastocystis sp. 29 %. Na základě našich výsledků jsme zjistili, že qPCR je citlivější metodou než cPCR. Dále byla posuzována diverzita subtypů stanovená dle Next-generation sekvenování (NGS) a Sangerova sekvenování. Diverzita subtypů na základě NGS zcela korelovala s výsledky ze Sangerova sekvenování, nicméně vykazovala vyšší citlivost v identifikaci směsných kolonizací subtypů v jenom hostiteli. Kombinace qPCR a NGS by mohla být přínosná pro budoucí epidemiologické studie.
|
host ::
RSS.