|
|
Vliv přídavku nosiče na izolaci volně cirkulujících nukleových kyselin z krevní plazmy
Vaňková, Radka ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Radka Vaňková Školitel: doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Vliv přídavku nosiče na izolaci volně cirkulujících nukleových kyselin z krevní plazmy Cíl práce: Cílem této práce bylo porovnat výtěžky volné cirkulující fragmentované DNA (cfDNA) extrahované ze vzorků krevní plazmy s přídavkem komerčně dostupných nosičů. Na základě výsledků real-time polymerasové řetězové reakce (qPCR) byl vybrán nejoptimálnější nosič pro rutinní izolaci cfDNA ze vzorků krevní plazmy. Metody: Kolonkovou extrakční metodou NucleoSpin Plasma XS Kit (Macherey-Nagel) byla z alikvotů směsné plazmy izolována cfDNA. Celkem bylo použito 7 typů nosičů, a to nosičová RNA (Qiagen), glykogen (Invitrogen), polyadenylová kyselina (Roche), lineární polyakrylamid (Invitrogen), kvasinková transferová RNA (Ambion), DNA ze spermatu lososa (Invitrogen), DNA ze spermatu sledě (Promega). Následně byla plazmatická DNA kvantifikována spektrofotometricky, fluorimetricky a pomocí qPCR. Výsledky: Nejlepších výsledků bylo dosaženo s přídavkem polyadenylové kyseliny o finální koncentraci 1,55 µg/ml. Výtěžnost cfDNA se přídavkem nosičové RNA a polyadenylové kyseliny o finálních koncentracích 1,55 µg/ml a 0,1 µg/ml signifikantně...
|
|
|
Volné cirkulující nukleové kyseliny v krevní plazmě
Totzauerová, Kateřina ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Kateřina Totzauerová Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Název diplomové práce: Volné cirkulující nukleové kyseliny v krevní plazmě Cíl práce: Cílem této práce bylo porovnat různé komerčně dostupné soupravy pro extrakci DNA a vyhodnotit podle optických charakteristik, výsledků z qPCR a záchytu a výtěžnosti krátkých fragmentů všestranně optimální metodu pro rutinní izolaci volné cirkulující DNA ze vzorků krevní plazmy. Metody: Pro porovnání extrakčních metod byly zvoleny celkem čtyři komerčně dostupné soupravy: QIAmp DNA Blood Mini Kit, NucleoSpin Plasma XS Kit, QIAmp DSP Virus Spin Kit a Agencourt Genfind v2. DNA byla izolována z alikvotů směsné plazmy zdravých jedinců. Po extrakci byla plazmatická DNA kvantifikována spektrofotometricky, fluorimetricky a kvantitativní polymerázovou řetězovou reakcí. Zároveň byla u vybraných vzorků provedena fragmentační analýza pomocí kapilární elektroforézy. Výsledky: Nejlepší výtěžnost a čistotu poskytla metoda od firmy Qiagen QIAmp DSP Virus Spin Kit s průměrnou hodnotou koncentrace stanovené qPCR 49,95 ± 23,57 ng/ml a s nejvyššími hodnotami fluorescence při fragmentační analýze u všech fragmentů kromě nejkratšího. Druhé nejlepší výsledky poskytla...
|
|
|
Stanovení cirkulujících protilátek k průkazu autoimunních onemocnění metodou nepřímé imunofluorescence.
Sieglová, Kateřina ; Nachtigal, Petr (vedoucí práce) ; Laco, Jan (oponent)
Kateřina Sieglová Stanovení cirkulujících protilátek k průkazu autoimunních onemocnění metodou nepřímé imunofluorescence. Bakalářská práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Zdravotní laborant Cíl práce: Cílem této práce je průzkum možné souvislosti přítomnosti protilátky v séru proti kartáčovému lemu resorpčních epitelií (ABBA - anti brush border antibody) s idiopatickým střevním zánětem (Crohnova nemoc a ulcerózní kolitida). Metody: K průkazu souvislosti idiopatického střevního zánětu a pozitivity na ABBA protilátku využíváme dvou pohledů, dle kterých postupujeme při výběru a porovnávání dat. Prvním pohledem je srovnání počtu ABBA pozitivních pacientů s jejich diagnózou endoskopické biopsie. Druhým pohledem zkoumám pozitivitu či negativitu ABBA vyšetření všech pacientů s diagnózou idiopatického střevního zánětu. Experimentální část takto shrnuje výsledky z let 2009 až 2011 provedené na Fingerlandově ústavu patologie. Výsledky: Průzkum ukázal, že mezi všemi ABBA pozitivními pacienty je početná skupina těch, kteří nemají morfologický obraz idiopatického střevního zánětu - 72,47%. U pacientů s klinickou diagnózou Crohnovy nemoci se vyskytuje ABBA v 66,67% a u pacientů s ulcerózní kolitidou v 39,37%. Závěr: Z výsledků jsme zjistili, že ABBA pozitivní pacient má 1,7x...
|
host ::
RSS.