|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Estrogen and progesterone receptors, as well as HER2 protein, are currently the most clinically useful metabolic markers in breast cancer. These markers allow for the determination of the type of tumor and its best treatment options. However, one of the most aggressive types of this disease, triple-negative breast cancer (TNBC), lacks these clinically established biomarkers. This means that hormone therapy or targeted drugs are not an option, leaving fewer treatment options to choose from. In order for new tailored drugs to be developed, the understanding of the molecular basis of the disease is crucial. Recently, many studies aim their search for biomarkers at the protein level using proteomics. Proteins, notably their post-translational modifications (PTM), are at the core of many cellular events and their uncovering may help in the understanding of breast cancer mechanisms.In order to discover the molecular features of TNBC, this study aims to compare proteomic data of untreated cancer cell lines with cells that underwent retinoid therapy. The focus will be on the PTMs, notably glycosylation and phosphorylation, of Vimentin and CD44, which were proposed as potential TNBC biomarkers in previous studies. Protein separation will be carried out using 1D and 2D gel electrophoresis or by SEC-HPLC. The samples will also be subdued to enzymatic cleavage before being identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry. In the case of phosphoprotein selective capture, enrichment will be performed by affinity chromatography using TiO2 phosphopeptide enrichment tips (TopTip). Glycosylated proteins will be enriched using WGA lectin affinity based chromatography. Proteins with significant differences in PTMs between the treated and untreated cells will be evaluated using protein databases (MASCOT, STRING, and more). The data acquired from the study will eventually be used to propose potential biomarkers for TNBC.
|
|
|
Vliv indolových alkaloidů na vybrané buněčné linie a DNA struktury
Dobrovolná, Michaela ; Hoová, Julie (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
G-kvadruplexy (G4) jsou sekundární struktury DNA tvořené seskupením guaninů, u kterých bylo prokázáno, že hrají roli v mnoha biologických funkcích, včetně regulace načasování replikace a potlačení exprese onkogenů. V této práci byly testovány čtyři rostlinné alkaloidy (harmin, harman, harmalin a brucin), jako potenciální G4 ligandy, které by mohly regulovat, indukovat, nebo konvertovat různé topologie G4. Dále byl studován jejich vliv na buněčné linie kožních fibroblastů HDF164 a karcinomu prsu MCF-7, u kterých byl prokázán na dávce závislý mechanismus inhibice růstu. U harminu, harmalinu a brucinu byla potvrzena interakce s paralelním G4 promotoru protoonkogenu c-Myc, u harminu, harmanu a harmalinu s hybridním G4 telomerické DNA. Navíc byla ověřena schopnost testovaných sloučenin interagovat s dvouřetězcovou DNA telecího brzlíku (ctDNA) pomocí UV-Vis absorpční spektroskopie. Metylační test ukázal, že DNA buněk MCF 7 ošetřených harminem a brucinem byla hypermetyovaná.
|
|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Estrogen and progesterone receptors, as well as HER2 protein, are currently the most clinically useful metabolic markers in breast cancer. These markers allow for the determination of the type of tumor and its best treatment options. However, one of the most aggressive types of this disease, triple-negative breast cancer (TNBC), lacks these clinically established biomarkers. This means that hormone therapy or targeted drugs are not an option, leaving fewer treatment options to choose from. In order for new tailored drugs to be developed, the understanding of the molecular basis of the disease is crucial. Recently, many studies aim their search for biomarkers at the protein level using proteomics. Proteins, notably their post-translational modifications (PTM), are at the core of many cellular events and their uncovering may help in the understanding of breast cancer mechanisms.In order to discover the molecular features of TNBC, this study aims to compare proteomic data of untreated cancer cell lines with cells that underwent retinoid therapy. The focus will be on the PTMs, notably glycosylation and phosphorylation, of Vimentin and CD44, which were proposed as potential TNBC biomarkers in previous studies. Protein separation will be carried out using 1D and 2D gel electrophoresis or by SEC-HPLC. The samples will also be subdued to enzymatic cleavage before being identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry. In the case of phosphoprotein selective capture, enrichment will be performed by affinity chromatography using TiO2 phosphopeptide enrichment tips (TopTip). Glycosylated proteins will be enriched using WGA lectin affinity based chromatography. Proteins with significant differences in PTMs between the treated and untreated cells will be evaluated using protein databases (MASCOT, STRING, and more). The data acquired from the study will eventually be used to propose potential biomarkers for TNBC.
|
|
|
Molekulární mechanismy rezistence buněk nádorů prsu k taxanům: úloha ABC transportérů
Kopperová, Dana ; Kovář, Jan (vedoucí práce) ; Hrdý, Jiří (oponent)
U nádorových buněk je vznik rezistence k chemoterapeutikům velmi rozšířený jev, který stojí v cestě úspěšné léčbě pacientů. V takto rezistentních buňkách mohou být detekované mimo jiné i zvýšené hladiny ABC transportérů představující suspektní mechanizmus navozené nádorové rezistence. Molekulární mechanizmus rezistence nádorových buněk k taxanům jsme studovali na buněčných liniích nádorů prsu SK-BR-3 a MCF-7. Srovnávali jsme účinek paclitaxelu na indukci apoptózy u původních senzitivních buněk těchto linií vůči buňkám rezistentním, které jsme získali postupnou adaptací na paclitaxel. V rezistentních buňkách obou linií jsme zaznamenali neprobíhající indukci apoptózy a současně výrazně zvýšenou expresi transportéru ABCB1 po aplikaci paclitaxelu. Úlohu transportéru ABCB1 v rezistenci buněk k paclitaxelu jsme testovali prostřednictvím umlčení exprese (siRNA) tohoto transportéru v rezistentních buňkách. Zjistili jsme, že rezistentní buňky s umlčenou expresí ABCB1 transportéru vykazují zvýšenou senzitivitu k paclitaxelu se statisticky signifikantním rozdílem vůči kontrolním buňkám s vysokou expresí tohoto transportéru. Zároveň se nám podařilo ukázat, že buňky rezistentní na paclitaxel jsou také částečně rezistentní i na doxorubicin. Zjišťovali jsme také přetrvávání rezistence na paclitaxel u...
|
|
|
Využití proteomiky pro monitorování potenciálních biomarkerů rakoviny prsu
Garcia N Dua, Felicita ; Ing.Anna Kubesová, Ph.D. (oponent) ; Flodrová, Dana (vedoucí práce)
Nádor prsu je jedním z nejčastějších maligních karcinomů u žen a prognóza úzce souvisí s tím, v jakém stádiu kancerogeneze je proces zachycen. V posledních letech je pozornost soustřeďována na hledání nových látek, jež by snížily negativní dopady, které s sebou nese chemoterapie. Bylo zjištěno, že jednou z efektivních látek v boji s karcinomem jsou retinoidy, které mají schopnost inhibovat nádory prsní žlázy v časných stádiích nemoci. Tato práce se zabývá proteomickými studiemi buněk karcinomu prsu a porovnáváním obsahu bílkovin obsažených v karcinomových buňkách, které byly podrobeny retinoidové léčbě. Úspěšně bylo využito několika separačních metod jako 1D a 2D elektroforéza, chromatografie na reverzní fázi a gelová permeační chromatografie. K tomu byly vzorky ještě podrobeny enzymatickému štěpení vybraných proteinů a jejich identifikaci pomocí MALDI-TOF MS. 2D gelová elektroforéza odhalila výskyt skupiny proteinů řadících se mezi molekulární chaperony, které jsou dnes považovány za významné specifické biomarkery nejen karcinomu prsu.
|
host ::
RSS.