|
|
SWI2/SNF2 ATPázy se zaměřením na podrodinu ISWI: proteinové komplexy a myší modely pro jejich studium
Turková, Tereza ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Janoštiak, Radoslav (oponent)
DNA je v buněčném jádře sbalena spolu s proteiny do dynamické struktury zvané chromatin. Během buněčného cyklu podléhá struktura chromatinu výrazným změnám. V interfázi jsou některé jeho části rozvolněny a během buněčného dělení se pak dostává do podoby velmi kondenzovaných mitotických chromozomů. Struktura chromatinu má vliv na genovou expresi. Pro její průběh je nutná vazba proteinů na DNA. Aby byl umožněn přístup DNA vazebným faktorům, chromatin musí být v rozvolněné podobě. Pokud by však byla struktura kondenzovaná, byla by pro DNA vazebné proteiny prakticky nepřístupná. Remodelace struktury chromatinu je tedy jedním z nástrojů ovlivňujících genovou expresi a enzymy, které remodelaci zajišťují, jsou pro buňku velmi důležité. Jedním z nich je ATPáza Smarca5 patřící do proteinové podrodiny ISWI, která tvoří katalytickou podjednotku několika odlišných komplexů remodelujících chromatin v závislosti na ATP. Bylo zjištěno, že mutace ve členech těchto komplexů mají vliv na regulaci transkripce a diferenciace buněk. V některých případech může nesprávná funkce těchto komplexů vést k nádorové transformaci. Tato bakalářská práce je zaměřena na popis funkce jednotlivých komplexů remodelujících chromatin, jejichž podjednotkou je ATPáza Smarca5. Dále jsou zde shrnuty současné myší modely užívané pro výzkum...
|
|
|
Role of Smarca5 (Snf2h) chromation remodeling ATPase in hematopoitic development and erythropoiesis
Kokavec, Juraj ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Divoký, Vladimír (oponent) ; Kořínek, Vladimír (oponent)
Jaderný protein Smarca5 (Snf2h) je jeden z nejvíce konzervovaných chromatin remodelačních faktorů a molekulárních motorů u savců. ATPáza Smarca5 (a ostatní příbuzní zástupci proteinové nadrodiny SWI/SNF2) společně se svými vazebnými partnery vytváří několika podjednotkové remodelační komplexy, jež posouvají, odstraňují nebo přináší histonové oktamery na DNA za účelem regulace trankripce, replikace, oprav poškození DNA a jiných nepostradatelných buněčných funkcí. Ve své disertační práci se zabývám studiem myšího modelu delece genu Smarca5 na počátku definitivní krvetvorby. Jedinci s delecí genu Smarca5 v hematopoetické kmenové buňce (aktivní promotor Vav1) umírají během pozdního vývoje in utero v důsledku závažné anémie. Ve fetálních játrech těchto experimentálních zvířat jsme pozorovali akumulaci krvetvorných kmenových a progenitorových buněk (HSPCs) a inhibici jejich dozrávání do erythroidní a myeloidní buněčné řady. Popsané poruchy vývoje byly doprovázeny dysplastickými změnami na úrovni proerytroblastů a poruchami buněčného cyklu na přechodu z G2 do M fáze u bazofilních erytroblastů. Dále jsme pozorovali, že nedostatečná funkce Smarca5 zvyšuje hladinu tumor supresorového proteinu p53 v erythroidních progenitorech, aktivaci jeho transkripčních cílů a k postranslačním modifikacím, jež jsou...
|
|
|
Epigenetické aspekty normální a nádorové krvetvorby: role chromatin remodelační ISWI ATPázy.
Zikmund, Tomáš ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Dráber, Peter (oponent) ; Otáhal, Pavel (oponent)
Chromatin remodelační protein Smarca5 se účastní řady buněčných procesů, které jsou důležité jak z hlediska vývoje tkání, tak i z pohledu nádorové biologie. Mezi procesy, v průběhu kterých Smarca5 remodeluje chromatinovou strukturu, patří například genová transkripce, replikace a opravy poškozené DNA. Předpokládali jsme, že Smarca5 představuje esenciální molekulu pro modulaci chromatinu především ve vývojově časných a rychle se dělících progenitorech tkání, u nichž se často objevuje i zvýšená hladina transkriptu této ATPázy. Jednou z takovýchto tkání je i krvetvorba. Předmětem předkládané disertační práce je analýza vlivu deplece Smarca5 na proliferaci a diferenciaci krvetvorných progenitorů in vivo a zároveň hledání mechanizmů narušení jejich vývoje. Pomocí námi vytvořeného myšího modelu s podmíněně deletovatelnou alelou (angl. "conditional knockout") genu Smarca5 v krvetvorných kmenových buňkách jsme zjistili, že deplece této ISWI ATPázy způsobuje akumulaci časných hematopoetických protenitorů a inhibici jejich maturace směrem do erytroidní a myeloidní řady. Proerytroblasty vykazovaly dysplastické změny a u podstatné frakce bazofilních erytroblastů se objevovala zástava buněčného cyklu na rozhraní fází G2/M. Předpokládaným mechanizmem pozorovaných změn se ukázala být aktivace stresové dráhy...
|
|
|
Role of Smarca5 (Snf2h) chromation remodeling ATPase in hematopoitic development and erythropoiesis
Kokavec, Juraj ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Divoký, Vladimír (oponent) ; Kořínek, Vladimír (oponent)
Jaderný protein Smarca5 (Snf2h) je jeden z nejvíce konzervovaných chromatin remodelačních faktorů a molekulárních motorů u savců. ATPáza Smarca5 (a ostatní příbuzní zástupci proteinové nadrodiny SWI/SNF2) společně se svými vazebnými partnery vytváří několika podjednotkové remodelační komplexy, jež posouvají, odstraňují nebo přináší histonové oktamery na DNA za účelem regulace trankripce, replikace, oprav poškození DNA a jiných nepostradatelných buněčných funkcí. Ve své disertační práci se zabývám studiem myšího modelu delece genu Smarca5 na počátku definitivní krvetvorby. Jedinci s delecí genu Smarca5 v hematopoetické kmenové buňce (aktivní promotor Vav1) umírají během pozdního vývoje in utero v důsledku závažné anémie. Ve fetálních játrech těchto experimentálních zvířat jsme pozorovali akumulaci krvetvorných kmenových a progenitorových buněk (HSPCs) a inhibici jejich dozrávání do erythroidní a myeloidní buněčné řady. Popsané poruchy vývoje byly doprovázeny dysplastickými změnami na úrovni proerytroblastů a poruchami buněčného cyklu na přechodu z G2 do M fáze u bazofilních erytroblastů. Dále jsme pozorovali, že nedostatečná funkce Smarca5 zvyšuje hladinu tumor supresorového proteinu p53 v erythroidních progenitorech, aktivaci jeho transkripčních cílů a k postranslačním modifikacím, jež jsou...
|
|
|
SWI2/SNF2 ATPázy se zaměřením na podrodinu ISWI: proteinové komplexy a myší modely pro jejich studium
Turková, Tereza ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Janoštiak, Radoslav (oponent)
DNA je v buněčném jádře sbalena spolu s proteiny do dynamické struktury zvané chromatin. Během buněčného cyklu podléhá struktura chromatinu výrazným změnám. V interfázi jsou některé jeho části rozvolněny a během buněčného dělení se pak dostává do podoby velmi kondenzovaných mitotických chromozomů. Struktura chromatinu má vliv na genovou expresi. Pro její průběh je nutná vazba proteinů na DNA. Aby byl umožněn přístup DNA vazebným faktorům, chromatin musí být v rozvolněné podobě. Pokud by však byla struktura kondenzovaná, byla by pro DNA vazebné proteiny prakticky nepřístupná. Remodelace struktury chromatinu je tedy jedním z nástrojů ovlivňujících genovou expresi a enzymy, které remodelaci zajišťují, jsou pro buňku velmi důležité. Jedním z nich je ATPáza Smarca5 patřící do proteinové podrodiny ISWI, která tvoří katalytickou podjednotku několika odlišných komplexů remodelujících chromatin v závislosti na ATP. Bylo zjištěno, že mutace ve členech těchto komplexů mají vliv na regulaci transkripce a diferenciace buněk. V některých případech může nesprávná funkce těchto komplexů vést k nádorové transformaci. Tato bakalářská práce je zaměřena na popis funkce jednotlivých komplexů remodelujících chromatin, jejichž podjednotkou je ATPáza Smarca5. Dále jsou zde shrnuty současné myší modely užívané pro výzkum...
|
host ::
RSS.