|
|
Analýza dat z mikročipů pro zjišťování genové exprese
Hebelka, Tomáš ; Jaša, Petr (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Práce se zabývá analýzou dat z DNA mikročipů pomocí shlukové analýzy. Vysvětluje biologické pojmy - genová exprese a DNA mikročip. Následně obsahuje matematický a informatický popis metod shlukování a popisuje, jak tyto metody aplikovat na data z mikročipů. Dále práce obsahuje implementační detaily shlukovacích metod k-means, DBSCAN a představuje originální shlukovací algoritmus Strom++. Poté následuje popis implementace a ovládání programu. Na konec jsou zhodnoceny dosažené výsledky.
|
|
|
Analýza dat z DNA čipů
Vogel, Ivan ; Smrž, Pavel (oponent) ; Šilhavá, Jana (vedoucí práce)
Cieľom tejto bakalárskej práce je popísať technológiu a analýzu komplementárnych DNA čipov. Predstavené sú niektoré algoritmy využívané pri analýze. Podrobnejšie sa venuje problematike zhlukovania dát, predovšetkým rozoberá varianty hierarchického zhlukovania. Ďalej predstavuje prehľad dostupného komerčného aj nekomerčného softvéru z tejto oblasti. Zahŕňa návrh vlastnej implementácie hierarchických metód. V závere sú porovnané výsledky s podobným nekomerčným softvérom.
|
|
|
Analýza genomu u patovarů bakterie \kur{Pseudomonas syringae} a návrh vhodných oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu
BERAN, Pavel
Pseudomonas syringae van Hall 1902 (Ps) je významným bakteriálním patogenem parazitujícím na širokém okruhu rostlin. Ps se rozděluje do patovarů podle hostitelského okruhu rostlin. Cílem této diplomové práce bylo stanovení velikosti genomu pomocí restrikčního štěpení a PFGE dostupných patovarů Ps, osekvenování vybraných genů a návrh oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu. Velikosti genomu zjištěné restrikčním štěpením a separací pomocí PFGE se lišily od dat dostupných ve veřejných databázích cca o 500 {--} 2000 kbp. Metoda je proto méně vhodná pro přesné stanovení velikosti genomu a takto získané výsledky jsou spíše orientační. Osekvenovány byly geny pro 16S a 23S rRNA, 16S-23S ITS a gyrB. Na jejich základě byla determinována vzájemná genetická variabilita patovarů Ps a porovnána s obdobnými pracemi. Sekvenování DNA bylo rovněž podkladem pro navržení oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu.
|
|
|
Analýza dat z DNA čipů
Vogel, Ivan ; Smrž, Pavel (oponent) ; Šilhavá, Jana (vedoucí práce)
Cieľom tejto bakalárskej práce je popísať technológiu a analýzu komplementárnych DNA čipov. Predstavené sú niektoré algoritmy využívané pri analýze. Podrobnejšie sa venuje problematike zhlukovania dát, predovšetkým rozoberá varianty hierarchického zhlukovania. Ďalej predstavuje prehľad dostupného komerčného aj nekomerčného softvéru z tejto oblasti. Zahŕňa návrh vlastnej implementácie hierarchických metód. V závere sú porovnané výsledky s podobným nekomerčným softvérom.
|
|
|
Analýza dat z mikročipů pro zjišťování genové exprese
Hebelka, Tomáš ; Jaša, Petr (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Práce se zabývá analýzou dat z DNA mikročipů pomocí shlukové analýzy. Vysvětluje biologické pojmy - genová exprese a DNA mikročip. Následně obsahuje matematický a informatický popis metod shlukování a popisuje, jak tyto metody aplikovat na data z mikročipů. Dále práce obsahuje implementační detaily shlukovacích metod k-means, DBSCAN a představuje originální shlukovací algoritmus Strom++. Poté následuje popis implementace a ovládání programu. Na konec jsou zhodnoceny dosažené výsledky.
|
host ::
RSS.