|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Perspectives on the use of metabolic engineering in beta-lactam antibiotic biosyntheses
Pitkina, Anastasiya ; Kyslík, Pavel (vedoucí práce) ; Nunvář, Jaroslav (oponent)
V současnosti beta-laktamy zaujímají vedoucí pozice mezi antibiotiky z hlediska objemů prodeje a důležitosti využití. Tato práce srovnává vybrané průmyslově využívané chemické a enzymatické způsoby produkce beta-laktamových antibiotik a dále se zaměřuje na uplatnění relativně nového přístupu metabolického inženýrství v biosyntézách beta-laktamů. Některé z popisovaných metod založených na metabolickém inženýrství již našly svoje uplatnění ve výrobní praxi, jiné zatím zůstávají spíše teoretickou možnosti.
|
|
|
Vlastnosti membránových pórů tvořených nově objeveným kolicinem FY bakterie Yersinia frederiksenii
Dolejšová, Tereza ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Nunvář, Jaroslav (oponent)
Koliciny jsou toxické extracelulární proteiny, které se uplatňují v mezidruhové i intradruhové konkurenci bakterií. Nově objevený kolicin FY je pórotvorný protein, objevený na Masarykově univerzitě. Je produkovaný kmenem bakterie Yersinia frederiksenii Y27601. Byla prokázána aktivita kolicinu FY proti rodu Yersinia. Porovnáním aminokyselinových sekvencí C-terminálních domén různých kolicinů bylo dokázáno, že kolicin FY je blízce příbuzný kolicinu Ib (Bosák et al., 2012). V této práci jsem se snažila vytvořit stručný a ucelený přehled o skupině kolicinů z pohledu mechanismu jejich translokace přes vnější membránu, následně přes periplazmatický prostor až k inzerci C-terminální domény kolicinu do fosfolipidové dvojvrstvy vnitřní membrány. Dalším cílem bylo obecně shrnout vlastnosti membránových pórů již prozkoumaných kolicinů a porovnat je s čerstvě naměřenými charakteristikami kolicinu FY. Klíčová slova: kolicin, Yersinia, planární lipidové membrány, membránový pór
|
|
|
Vliv environmentálních stresů na mutabilitu u Bacillus subtilis - role mismatch-repair systému
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
The everchanging nature of bacterial environment requires adaptation to emerging novel conditions. One proposed way of adaptation involves increased generation of genetic variability in response to harmful conditions - a phenomenon called adaptive mutagenesis. However, the details of mechanisms of adaptive mutagenesis, and even its very existence, are far from clear. Our goal was to subject the Gram-positive model bacterium Bacillus subtilis to variety of environmental stresses, examine the rate of mutagenesis occuring and compare it to unstressed conditions. Next we wondered if there was a role for mismatch-repair system (MMR), the major pathway for mutation avoidance, in these processes. To accomplish this, we constructed systems to monitor the expression of MMR components both on transcription and translation level. We also developed a mathematical model for precise mutation rate determination in order to quantify the intensity of mutagenic processes. The monitoring of MMR proteins translation failed due to high background endogenous fluorescence present in B. subtilis cells. However, we found out, using transcription reporter system, that the expression of MMR is not influenced by imposition of harsh hyperosmotic shock upon cells. The expression of MMR was also barely influenced by nutrient limitation...
|
host ::
RSS.