|
|
Dědičné senzomotorické neuropatie.
Jelínková, Zora ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Šolc, Roman (oponent)
Dědičné senzomotorické neuropatie (HMSN), taktéž známé pod názvem Charcot-Marie- Tooth disease (CMT) jsou klinicky i geneticky heterogenní skupina nejčastějších dědičných nemocí ovlivňujících periferní nervstvo. Tyto nemoci se obecně vyskytují v prevalenci 5 - 40 nemocných na 100 000 obyvatel. CMT byla poprvé popsána v roce 1886. Vzhledem k velkému množství různých druhů mutací je klasifikace HMSN nejednotná. Základní dělení je dle vedení vzruchu nervem na demyelinizační (CMT 1) a axonální (CMT 2) typ. Dále se pak klasifikuje převážně dle typu dědičnosti a fenotypového projevu. Autozomálně dominantní CMT 1 rozdělujeme na 4 základní formy - CMT 1A až D. Také CMT 2 můžeme rozlišit na jednotlivé genetické podtypy jako u CMT 1, nebo lze přistoupit ke klasifikaci na základě fenotypových projevů. Vedle autozomálně děděných HMSN jsou dalšími typy dědičných senzomotorických nemocí pohlavně vázané CMT, intermediární CMT, Déjerine- Sottas syndrom, kongenitální hypomyelizační forma a hereditární neuropatie s tendencí k tlakovým parézám. Jednotlivé typy HMSN jsou způsobeny mutacemi v různých genech nacházejících se na různých chromosomech. Nejčastějším typem CMT je autozomálně dominantní typ CMT 1A, kdy dochází k duplikaci v genu PMP22. Přestože tato onemocnění nejsou primárně smrtelná, velice ovlivňují...
|
|
|
Význam repetitivních sekvencí v lékařské a forenzní genetice
Cerovská, Ela ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Šolc, Roman (oponent)
Repetitivní sekvence jsou důležité pro genom i pro celý organismus. Tyto nekódující sekvence tvoří velkou část genomu a říká se jim "odpadní DNA". V mnoha odvětvích vědy však mají velký význam, především kvůli svému polymorfnímu charakteru, který se projevuje jak inter-, tak intraindividuálně. Předkládaná práce se zabývá významem mikrosatelitových repetic v lékařské a forenzní genetice. Některé nádory vykazují mikrosatelitovou nestabilitu (MSI) v porovnání s repeticemi zdravé tkáně. To lze použít při diagnostice rakoviny. MSI se v buňkách někdy objeví ještě před propuknutím onemocnění, což by umožnilo ranou diagnostiku. MSI je také spojena s lepší prognózou. Ve forenzní genetice se uplatňuje polymorfismus mikrosatelitů mezi jedinci. DNA profilování se využívá nejen při identifikaci osob v kriminalistice, ale i k určování otcovství nebo ochraně divokých zvířat.
|
|
|
Molekulární genetika celiakie
Němečková, Iva ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Tučková, Ludmila (oponent)
Celiakie je orgánově specifické autoimunitní onemocnění, které vzniká jako důsledek přecitlivělosti na obilný lepek u geneticky vnímavých jedinců. Genetickou predispozicí jsou geny HLA-DQ2 a HLA-DQ8, které jsou nutné, avšak ne dostačující pro vznik celiakie; podílejí se cca na 40% dědičnosti. Postupně jsou vytipovávány další geny, které by se mohli podílet na patogenezi celiakie. Mezi tyto tzv. kandidátní geny, které jsou vyhledávány na základě známých poznatků molekulárních mechanismů vrozené a adaptivní imunitní odpovědi, patří např. geny MIC, TNF, CTLA-4, CD28, ICOS, MYO9B, MMP, PTPN22 a TLR. Imunitní odpověď vyvolána proniknutím peptidů lepku do lamina propria vede ke slizničnímu poškození. Různé peptidy lepku jsou do patologie celiakie zapojeny různým způsobem, některé peptidy spouštějí adaptivní imunitní odpověď, jiné např. peptid p31-43 spouští vrozenou imunitní odpověď.
|
|
|
Asociace genů HSP70 s idiopatickou zánětlivou myopatií v homogenní kohortě českých pacientů
Svitálková, Táňa ; Novota, Peter (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
MHC komplex je nejpolymorfnější, nejkomplexnější a jedním z nejdůležitějších částí genomu podílející se na imunitní odpovědi organismu. U člověka se označuje jako HLA (human leukocyte antigen) a zahrnuje zhruba 224 genů. Jako rizikový faktor, jsou geny HLA asociovány s řadou autoimunitních onemocnění. Mezi systémové autoimunitní nemoci patří také idiopatické zánětlivé myopatie (IIM). Jedná se o chorobu s klinickou manifestací chronického zánětu svalů, s destrukcí vlastních buněk a vede k poškození celých orgánů. Do IIM patří několik diagnóz. Mezi hlavní se řadí: polymyozitída (PM), dermatomyozitída (DM), myozitída asociovaná s nádorovými chorobami (CDM), myozitída se zánětlivými inkluzními tělísky (IBM) a další. MHC komplex se dělí na tři části z níž první dvě - MHC I. a II. třídy jsou již docela dobře prozkoumané a je zde prokázána asociace s řadou (hlavně autoimunitních) chorob. Poslední částí MHC, nacházející se mezi třídami I. a II., je oblast s asi 150 geny zvaná "non Class I/II" (Remáková, Novota, 1999). V diplomové práci jsem se zabývala třemi geny komplexu HLA, u kterých byla prokázána funkce v regulaci některých autoimunitních onemocnění. Hrají roli v imunitní odpovědi, protože jsou schopné stimulovat adaptivní a vrozenou imunitu. Jsou to geny proteinů teplotního šoku (konkrétně HSP70),...
|
|
|
Prolactin and circulating monocytes - their significance and function in pathogenesis T1DM. Study in vitro
Bencúrová, Dominika ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent)
Úvod: Diabetes mellitus 1. typu (T1DM) je autoimunitní onemocnění charakterizované absolutním deficitem inzulínu. Na patogenezi onemocnění se mimo jiné podílí mechanismy vrozené imunity a jsou zapojeny také monocyty. Ty lze na základě exprese CD14 a CD16 povrchových markerů klasifikovat do tří subtypů s odlišnou funkcí. Monocyty na svém povrchu kromě dalších markerů exprimují prolaktinový receptor (PRLR) a toll-like receptory (TLR), které indukují zánětlivé reakce, a navíc produkují mimohypofyzární prolaktin (PRL), jenž ovlivňuje imunitní odpověď. Cílem práce bylo sledovat vliv exogenního PRL na imunitní reakce monocytů a pokusit se odhalit jeho možnou úlohu v patogenezi T1DM. Materiál a metody: In vitro kultivace a stimulace monocytů 10 zdravých kontrol a 10 pacientů s T1DM. Jako stimulační agens byly použity PRL ve dvou dávkách a/nebo lipopolysacharid (LPS). Pro sledování hladin mRNA cytokinů TNF-α, IL-6, IRF-1, FOS byla celková RNA izolovaná z monocytů získaných imunomagnetickou separací z periferní krve kvantifikována pomocí Real Time PCR. Exprese vybraných povrchových markrů CD14, CD16 a PRLR byla detekována pomocí průtokové cytometrie. Pro detekci polymorfismů Asp299Gly a Thr399Ile v genu TLR4 jsme použili metodu PCR-RFLP s enzymy Nco1 a Hinf1. Závěr: Získaná data naznačují, že PRL...
|
|
|
Glaukom - genetická analýza rodiny ve vztahu k autoimunitnímu pozadí
Buchtelová, Aneta ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Ďuďáková, Ľubica (oponent)
Úvod: Současné poznatky o patogenezi glaukomu již prokázaly přítomnost autoimunitních mechanismů. Typickým rysem autoimunitních onemocnění je jejich častá vzájemná koincidence, např. celiakie a diabetes mellitus 1. typu či psoriáza. Tato souvislost může být vysvětlena například sdílením některých rizikových variant HLA molekul II. třídy. Budeme-li glaukom považovat za autoimunitní nemoc, vyvstává otázka, jaký vliv mohou mít kandidátní geny pro glaukom na fenotyp jiného autoimunitního onemocnění, či naopak, zdali rizikové genetické varianty asociované s celiakií mohou ovlivňovat fenotyp glaukomu. Cíle: Cílem práce bylo i) na základě dostupné literatury vytipovat genetické rizikové markery pro vznik glaukomu a zmapovat jejich výskyt mezi členy třígenerační rodiny s glaukomem a vícečetnými autoimunitními chorobami, ii) u téže rodiny najít nositele HLA-DQ2/DQ8, iii) ověřit, zda genotyp jedince koreluje s jeho fenotypem, a iv) stanovit případný vliv alel HLA na fenotyp glaukomu. Materiál a metody: Do studie byla zavzata třígenerační rodina (34 jejích členů), ve které se vyskytuje glaukom a zároveň autoimunitní onemocnění celiakie, diabetes mellitus 1. typu a psoriáza. Bylo vybráno 8 rizikových markerů (jednonukleotidových polymorfismů (SNP)) doposud spojovaných s glaukomem: rs74315329, rs74315329...
|
|
| |
|
|
Studium exprese placentárně specifických microRNA u pacientek se spontánním předčasným porodem a předčasným odtokem plodové vody (PPROM)
Vintrová, Iva ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
MicroRNA (miRNA) jsou krátké nekódující RNA o délce 18 až 25 nukleotidů hrající stěžejní roli v posttranskripční regulaci genové exprese. Existují miRNA, jejichž exprese je omezena pouze na určitý typ tkáně, a choroby, které jsou charakteristické unikátním expresním profilem miRNA. Předpokládala jsem, že by spontánní předčasný porod (PTB) a předčasný odtok plodové vody (PPROM) mohl být charakterizován unikátním expresním profilem miRNA. Sledovala jsem genovou expresi 15 placentárně specifických miRNA (miR-512-5p, miR-515- 5p, miR-516b-5p, miR-517-5p, miR-518b, miR-518f-5p, miR-519a-5p, miR-519d-3p, miR- 519e-5p, miR-520a-5p, miR-520h, miR-524-5p, miR-525-5p, miR-526a a miR-526b-5p) v placentární tkáni u pacientek s PTB, PPROM a u žen s fyziologickou graviditou a porodem v termínu (FG). PTB skupinu tvořilo 24 pacientek, PPROM skupinu 75 pacientek a FG skupinu 20 pacientek. Ke kvantifikaci genové exprese byla použita kvantitativní PCR v reálném čase. U PTB jsem v porovnání s kontrolami (FG) identifikovala 3 signifikantně upregulované miRNA (miR-516b-5p, miR-519d-3p a miR-524-5p) a 4 miRNA (miR-518b, miR-519a-5p, miR-520h a miR-526a) s trendem k upregulaci. U PPROM jsem identifikovala 3 miRNA (miR- 519d-3p, miR-520h a miR-526b-5p) s trendem k downregulaci v porovnání s kontrolami. Zároveň bylo...
|
|
|
Using of quantitative DNA method as a screening tool for effecient genotyping of samples in forensic DNA laboratory.
Koljenšič, Ivana ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Quantification of human DNA in forensic samples is an important step during STR profiling because the STR genotyping is sensitive to the quantity of DNA used in the PCR reaction. This study focuses on the importance of quantification in the entire process of genetic analysis. Two real time PCR platforms (Roche LightCycler480 System and ABI 7900 RT PCR) were used to compare two commercial kits in terms of DNA quantification. It was found out that accuracy of absolute quantification values in commercial quantification kits is strongly dependent on the construction of calibration curve. Especially low template DNA samples were used to assess whether QuantifilerTM or Plexor® HY System can determinate a minimum quantification value (cut off value) below which STR profiles would consistently fail to be detected. The usage of Plexor® HY System enabled to determine the cut off quantification value more exactly probably due to different molecular background and chemistry used in this kit. Reliability and other issues connected with cut off value are discussed. In order to better understand the relationship between the quantity of DNA and the number of detectable loci series the dilution experiment with standard DNA007 was done. Quantitative and qualitative consequences of input DNA amount in evaluation of...
|
|
|
Střevní mikrobiom člověka: Vznik, ontogenetický vývoj, diverzita a možnosti využití v antropologii
Dvořáková, Barbora ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Schierová, Dagmar (oponent)
Střevní mikrobiom člověka je široký pojem zahrnující v sobě veškerý mikroorganismální život osidlující lidské střevo. Bakterie nacházející se v lidském střevě reprezentují největší část lidského mikrobiomu, tvoří značné procento buněčné výbavy člověka a jejich genomy představují významnou součást lidského genomu. Střevní mikrobiom má zásadní vliv na zdraví člověka a mění se během života např. v závislosti na změně stravy a užívání léčiv. Předkládaná práce se zabývá původem a vývojem střevního mikrobiomu, faktory, které působí na jeho utváření a diverzitu, a možnostmi jeho využití v antropologii.
|
host ::
RSS.