|
| |
|
| |
|
|
Importance of 5'-end structures of eukaryotic mRNA molecules
Vopálenský, Václav ; Pospíšek, Martin (advisor) ; Lukeš, Julius (referee) ; Staněk, David (referee)
73 V. SHRNUTÍ VÝSLEDKŮ IRESITE: THE DATABASE OF EXPERIMENTALLY VERIFIED IRES STRUCTURES (WWW.IRESITE.ORG) IRESite je kurátorovaná relační databáze typu MySQL-4.1 využívající InnoDB tabulky. Do databáze je možné vložit položky dvojího typu: o natural položky obsahují veškerá experimentální data týkající se určité IRES struktury (kompletní sekvence mRNA s vymezením pozic IRES sekvence a kódovaného proteinu, veškeré proteiny interagující s IRES, případná sekundární struktura) o engineered položky popisují uměle vytvořené plazmidy. Většinou se jedná o bicistronní plazmidy sloužící k testování funkčnosti sekvence, o níž se předpokládá, že obsahuje IRES element, a případné mutantní deriváty této sekvence. Do IRESite se v tomto případě vkládají údaje o sekvenci mRNA s vymezením IRES oblasti, informace o reportérových proteinech, informace o translačních experimentech včetně použitého promotoru a informace o pozitivních a negativních kontrolách. V databázi je nyní uloženo 288 položek; 67 natural (20 virových a 47 buněčných) a 221 engineered. IRESite slouží nejen k ukládání experimentálních dat, ale umožňuje také jejich prohledávání podle klíčových slov, případně následné porovnávání vybraných experimentů. A BIOINFORMATICAL APPROACH TO THE ANALYSIS OF VIRAL AND CELLULAR INTERNAL RIBOSOME ENTRY Publikace...
|
|
| |
|
|
Restrikčně-modifikační enzymy Typu I - identifikace pomocí dvourozměrné elektroforesy a studium fosforylace podjednotek Hsd.
Cajthamlová, Kamila ; Weiserová, Marie (advisor) ; Janeček, Jiří (referee) ; Pospíšek, Martin (referee)
107 7. Závěr 1. Vytvořili jsme podmínky pro dělení a identifikaci všech tří podjednotek Hsd R-M enzymů Typu I EcoKI a EcoR124I na dvourozměrném gelu. Optimalizovali jsme podmínky dělení těchto enzymů v nerovnovážném gradientu pH (NEPHGE) v prvním rozměru 2D-PAGE na pozadí celkových proteinů buněčného extraktu. Tento systém nám v budoucnu umožní provést detailnější studie exprese a postranslační modifikace R-M enzymů Typu I v závislosti na různých fyziologických podmínkách a v souvislosti celkové buněčné proteinové exprese. 2. Využití tohoto systému v primárních pokusech odhalilo existenci dvou isoforem podjednotky HsdR systému EcoKI lišících se velikostí náboje. Usoudili jsme, že jedna z těchto isoforem by mohla být posttranslačně modifikována. 3. Sledování fosforylace zástupců tří skupin R-M enzymů Typu I EcoKI (skupina IA), EcoAI (skupina IB) a EcoR124I (skupina IC), na základě imunoprecipitačních analys kmenů E. coli produkujících tyto enzymy, prokázalo fosforylaci enzymu EcoKI na podjednotce HsdR. Podjednotky HsdM ani HsdS enzymu EcoKI fosforylovány nejsou. Žádná z podjednotek Hsd systémů EcoAI a EcoR124I také fosforylována nebyla. 4. Podjednotka HsdR enzymu EcoKI je fosforylována in vivo pokud je součástí komplexní REasy EcoKI. Samotná HsdR, bez současné exprese HsdM a HsdS, kdy se netvoří funkční...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Protein synthesis in cellular stress
Cienciala, Martin ; Pospíšek, Martin (advisor) ; Holá, Dana (referee)
Environmental stress is a daily bread for organisms across many different branches of life. Very complex response mechanisms have evolved to tackle such insults. Yeast Saccharomyces cerevisiae is adapted especially well for counteracting oxidative and osmotic stress. These unfavorable conditions usually lead to inhibition of protein synthesis. The GCN2 kinase is thought to be responsible for this phenomenon. General inhibition of protein synthesis is accompanied by an increase in expression of proteins engaging in stress response. Production of these proteins is often preceded by specialized regulatory processes, that operate on various stages of expression. This thesis will try to present the diversity and complexity of the individual regulatory layers.
|
guest ::
RSS feed.