|
|
Klonování, charakterisace a exprese mutantů lidské serinracemasy
Nováková, Ilona ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Brynda, Jiří (oponent)
AAbbssttrraakktt Lidská serinracemasa (hSR) je cytosolický enzym využívající pyridoxal-5'-fosfát, který je lokalizován v centrální nervové soustavě. Syntetizuje D-serin, aminokyselinu, jež je endogenním koagonistou N-methyl-D-aspartátových (NMDA) receptorů a hraje tak v mozku klíčovou roli v excitační neurotransmisi. Lidská serinracemasa je tudíž slibným cílem při léčbě neurodegenerativních onemocněních spojených s NMDA receptory. Zatím však bylo identifikováno jen málo specifických inhibitorů a krystalová struktura hSR byla vyřešena teprve nedávno. Rozhodli jsme se tedy pomocí náhodné mutageneze určit aminokyselinové zbytky klíčové pro aktivitu enzymu. O zbytku Ser 84 je známé, že se spolu s Lys 56 podílí na katalýze. Poté, co jsme analyzovali mutanta S84G/P111L lidské serinracemasy, který si zachovával schopnost konvertovat L-serin na pyruvát, jsme syntetizovali a charakterizovali mutantní hSR S84G, abychom mohli vyloučit případný vliv mutace P111L. KKllííččoovváá sslloovvaa:: D-serin; Serinracemasa; Enzymy závislé na PLP; Mutageneze; Racemasy
|
|
|
Produkce mysiho rekombinantniho prionoveho proteinu (mrPrP) a studium jeho vlastnosti
Krejčiříková, Anna ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Brynda, Jiří (oponent)
Název práce: Produkce myšího rekombinantního prionového proteinu (mrPrP) a stu- dium jeho vlastností Autor: Anna Krejčiříková Katedra (ústav): Katedra biochemie Vedoucí diplomové práce: doc. RNDr. Jan Konvalinka, CSc. E-mail vedoucího: konval@uochb.cas.cz Konzultant: dr. Ing. Karel Holada, ÚIM 1. LF UK Abstrakt: Prionová onemocnění sice představují jen malou část ze všech známých neurode- generativních nemocí, přesto si zaslouží naši pozornost vzhledem k faktu, že se jedná o smrtelné a dosud nevyléčitelné choroby mající i potenciál způsobit vznik epidemie. Přestože se vědci tímto tématem zabývají již mnoho let, existuje stálé řada nezod- povězených otázek o mechanismu vzniku a šíření prionových onemocnění. V současnosti nejslibnější teorií, jenž vysvětluje podstatu nemoci konverzí buněčného prionového proteinu (PrPC ) v patologický prionový protein (PrPSc ), je "protein-only" hypotéza. Důležitým nástrojem při dokazování této hypotézy je mimo jiné i rekombinantní pri- onový protein. Předkládaná diplomová práce shrnuje dosavadní úspěchy v ověřování prionové hypotézy. V experimentální části se zabýváme přípravou myšího rekombi- nantního prionového proteinu (mrPrP) v bakteriích E. coli....
|
|
| |
|
|
Structure Analysis of Plant Bifunctional Nuclease TBN1
Kovaľ, Tomáš ; Dohnálek, Jan (vedoucí práce) ; Brynda, Jiří (oponent) ; Schneider, Bohdan (oponent)
Tato práce je věnována podrobné strukturní analýze rostlinné bifunkčnínukleázy TBN1, zástupci rostlinných nukleáz ze skupiny "plant nuklease I". TBN1 spolu s homologními nukleázemi z této rodiny hraje důležitou roli v životním cyklu rostlinných buněk. Tyto enzymy rovněž prokazují významné protinádorové účinky. Dva druhy TBN1 (divoký typ a N211D mutant) byly studovány. Byly analyzovány vlastnosti obou typů TBN1 v závislosti na složení roztoků, ve kterých byly rozpuštěny. Obě byly úspěšně vykrystalizovány. Struktury obou typů TBN1 byly řešeny pomocí rentgenové difrakce. Fázový problém byl vyřešen pomocí experimentálního fázování metodou MAD s použitím iontů zinku přirozeně přítomných v TBN1. Byly analyzovány strukturní vlastnosti TBN1 jako sekundární struktura, stavba aktivního mistra, vliv glykosylace a rozložení electrostatickeho potenciálu na povrchu. Na základě strukturních vlastností a srovnáním s podobnými proteiny byl navržen reakční mechanismus TBN1.
|
|
|
Klonování, charakterisace a exprese mutantů lidské serinracemasy
Nováková, Ilona ; Brynda, Jiří (oponent) ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce)
AAbbssttrraakktt Lidská serinracemasa (hSR) je cytosolický enzym využívající pyridoxal-5'-fosfát, který je lokalizován v centrální nervové soustavě. Syntetizuje D-serin, aminokyselinu, jež je endogenním koagonistou N-methyl-D-aspartátových (NMDA) receptorů a hraje tak v mozku klíčovou roli v excitační neurotransmisi. Lidská serinracemasa je tudíž slibným cílem při léčbě neurodegenerativních onemocněních spojených s NMDA receptory. Zatím však bylo identifikováno jen málo specifických inhibitorů a krystalová struktura hSR byla vyřešena teprve nedávno. Rozhodli jsme se tedy pomocí náhodné mutageneze určit aminokyselinové zbytky klíčové pro aktivitu enzymu. O zbytku Ser 84 je známé, že se spolu s Lys 56 podílí na katalýze. Poté, co jsme analyzovali mutanta S84G/P111L lidské serinracemasy, který si zachovával schopnost konvertovat L-serin na pyruvát, jsme syntetizovali a charakterizovali mutantní hSR S84G, abychom mohli vyloučit případný vliv mutace P111L. KKllííččoovváá sslloovvaa:: D-serin; Serinracemasa; Enzymy závislé na PLP; Mutageneze; Racemasy
|
|
|
Produkce mysiho rekombinantniho prionoveho proteinu (mrPrP) a studium jeho vlastnosti
Krejčiříková, Anna ; Brynda, Jiří (oponent) ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce)
Název práce: Produkce myšího rekombinantního prionového proteinu (mrPrP) a stu- dium jeho vlastností Autor: Anna Krejčiříková Katedra (ústav): Katedra biochemie Vedoucí diplomové práce: doc. RNDr. Jan Konvalinka, CSc. E-mail vedoucího: konval@uochb.cas.cz Konzultant: dr. Ing. Karel Holada, ÚIM 1. LF UK Abstrakt: Prionová onemocnění sice představují jen malou část ze všech známých neurode- generativních nemocí, přesto si zaslouží naši pozornost vzhledem k faktu, že se jedná o smrtelné a dosud nevyléčitelné choroby mající i potenciál způsobit vznik epidemie. Přestože se vědci tímto tématem zabývají již mnoho let, existuje stálé řada nezod- povězených otázek o mechanismu vzniku a šíření prionových onemocnění. V současnosti nejslibnější teorií, jenž vysvětluje podstatu nemoci konverzí buněčného prionového proteinu (PrPC ) v patologický prionový protein (PrPSc ), je "protein-only" hypotéza. Důležitým nástrojem při dokazování této hypotézy je mimo jiné i rekombinantní pri- onový protein. Předkládaná diplomová práce shrnuje dosavadní úspěchy v ověřování prionové hypotézy. V experimentální části se zabýváme přípravou myšího rekombi- nantního prionového proteinu (mrPrP) v bakteriích E. coli....
|
|
| |
|
|
Crystallographic study of an anti=carbonic anhydrase IX monoclonal antibody M75
Štouračová, Renata ; Závada, Jan ; Závadová, Zuzana ; Pastoreková, S. ; Brynda, Jiří ; Fábry, Milan ; Král, Vlastimil ; Hořejší, Magdalena ; Sedláček, Juraj
Carbonic anhydrase IX (CA IX) is a cell surface protein, strongly associated with certain types of human carcinomas. Structural study of a CA IX-binding monoclonal antibody (mAb) M75, complexed with its epitope peptide may contribute toward elucidation of the role of CA IX. Monoclonal antibody M75 was obtained and proved to react excellently with native and denaturated CA IX. Using synthetic oligopeptides, the epitope of mAb M75 was localized in the proteoglycan domain of CA IX, in the region of a tandem repeat and identified as amino acids PGEEDLP. The Fab fragment was obtained by papain cleavage. We obtained crystals of free Fab M75 and Fab M75 complexed with two different epitope peptides. The data set for Fab M75 was collected and the structure solving is underway.
|
|
|
Preliminary Crystallographic Study of ç-D-Crystalline Obtained from Patient`s Eye
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Štouračová, Renata ; Ondráček, Jan ; Kmoch, B. ; Asfaw, B. ; Elleder, M. ; Bezouška, K. ; Filipec, M. ; Sedláček, Juraj
|
|
|
Vazba fenylnorstatinového inhibitoru na proteázu HIV-1: geometrie, protonace a interakce kapes podřadných míst analyzované při atomovém rozlišení
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Štouračová, Renata ; Sedláček, Juraj ; Souček, Milan ; Hradilek, Martin ; Lepšík, Martin ; Konvalinka, Jan
Byla určena rentgenová struktura komplexu proteázy HIV-1 (PR) s fenylnorstatinovým inhibitorem Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH(2) při rozlišení 1,03 A, nejvyšším rozlišení, které bylo doposud uvedeno pro kterýkoli komplex HIV PR. Tento inhibitor vykazuje subnanomolární hodnoty K(i) jak pro PR divokého typu, tak pro variantu představující jednu z nejběžnějších mutací spojenou s vývojem rezistence. Struktura obsahující fenylnorstatinovou část chirality (2R,3S) vykazuje jedinečný obraz vazby vodíkových můstků na dva katalytické aspartátové zbytky. Toto vysoké rozlišení umožňuje zjistit donorové a akceptorové vztahy těchto vodíkových můstků a určit proton sdílený oběma katalytickými zbytky. Je také navržen strukturální mechanismus nenarušené inhibice mutanty proteázy Val82Ala založený na energetických výpočtech a analýzách
|
host ::
RSS.