|
|
Porovnání farmakokinetických modelů pro DCE-MRI
Bačovská, Kristýna ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce pojednává o perfúzní analýze pomocí DCE-MRI (Dynamic contrast-enhanced magnetic resonance imaging). Metoda DCE-MRI se využívá pro hodnocení mikrocirkulace především v onkologii a v posledních letech také v kardiologii. Teoretický přehled je zaměřen na problematiku farmakokinetického modelování a odhad perfúzncíh parametrů pomocí vybraných modelů. Praktická část práce obsahuje popis programu PerfLab, se kterým je tato práce spjata, a dále se věnuje realizaci programu pro generování syntetických dat. Simulace dat získaných za ideálních podmínek a v přítomnosti šumu je použita pro porovnání modelů z hlediska přesnosti a spolehlivosti perfúzní DCE-MRI analýzy.
|
|
|
Metody akvizice pro DCE-MRI
Kudlička, Petr ; Kratochvíla, Jiří (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
V této diplomové práci popisuji základy měření magnetickou resonancí. Zamě-řuji se především na metody DCE-MRI s T1 váhováním o¬brazu. Zmiňuji základní kon-trastní látky užívané v MRI zobrazování. Popisuji vybrané pulsní sekvence, se kterými dále pracuji v praktické části - experimentální měření koncentrace kontrastní látky ve vzorku. Sestavil jsem akviziční protokoly pro experiment. Praktické měření se bude provádět na 1,5 T silném magnetu na pracovišti Masarykova onkologického ústavu v Brně. Dále jsem rozšířil stávající software o funkce pro zpracování IR TurboFLASH dat a perfusní analýzu časových sekvencí a její vyhodnocení. V závěru provádím disku-si zpracovaných naměřených dat.
|
|
|
Srovnání preklinických DCE-MRI perfusních technik
Minsterová, Alžběta ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Macíček, Ondřej (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá metodou DCE-MRI (Dynamic Contrast-Enhanced Magnetic Resonance Imaging), tedy jednou z metod kontrastního zobrazování pomocí magnetické resonance. Je popsán princip konvenční kontinuální metody DCE-MRI, která využívá jednoho bolu kontrastní látky a následně se práce věnuje metodám využívajícím dva boly kontrastní látky se zaměřením na metodu prokládané akvizice. Bylo vytvořeno grafické prostředí pro zpracování dat z přístrojů Bruker. Na syntetických datech je zkoumán vliv vlastností této metody na kvalitu odhadu perfusních parametrů. Simulacemi bylo prokázáno, že ideálně by druhý bolus měl být co nejvzdálenější od prvního. Simulace přerušení akvizice nevedly k jednoznačnému závěru, ale byly formulovány dva body, jejichž splnění by mělo vést k co nejlepšímu odhadu perfusních parametrů.
|
|
| |
|
|
Comparison of Pharmacokinetic Models for Quantification of Blood-Brain-Barrier Opening Induced by Focused Ultrasound
Hývlová, Denisa ; Vitouš, Jiří ; Jiřík, Radovan
This paper focuses on quantification of blood-brainbarrier(BBB) opening induced by focused ultrasound. Dynamiccontrast-enhanced MRI (DCE-MRI) with two different pharmacokineticmodels, 2CX and ETK, is used to evaluate BBB opening.The ETK model is commonly used in BBB-opening studies. Wepropose use of a more advanced model, 2CX, that provides moreaccurate estimation of the BBB permeability. The accuracy of themodels is compared using simulated and real data. The resultsdemonstrate similar performance of the 2CX and ETK models inthe brain region with a highly permeable BBB, but the ETK hasproven unable to correctly detect low level of permeabilization.Thus, the 2CX model is more suitable for the studies of BBBpermeabilitydynamics.
|
|
|
Simulace perfuzometrických dat
Hývlová, Denisa ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá simulací MRI perfuzometrických dat. V úvodu jsou rozebrány základní metody zobrazování perfuze, DCE a DSC, a kvantitativní stanovení perfuzních parametrů. V následující části je přiblížen princip simulace perfuzometrických dat a struktura poskytnutého simulačního softwaru. Tento software byl v praktické části přepracován a rozšířen o další metody. Hlavním výstupem práce je simulační studie zabývající se otevřením hematoencefalické bariéry pomocí fokusovaného ultrazvuku, která srovnává farmakokinetické modely pro tuto aplikaci a jejich přesnost v hodnocení permeability. Výsledky simulace byly ověřeny porovnáním s reálnými daty.
|
|
|
Unfolded Low-rank + Sparse Reconstruction for MRI
Mokrý, O. ; Vitouš, Jiří
We apply the methodology of deep unfolding on the problem of reconstruction of DCE-MRI data. The problem is formulated as a convex optimization problem, solvable via the primal-dual splitting algorithm. The unfolding allows for optimal hyperparameter selection for the model. We examine two approaches - with the parameters shared across the layers/iterations, and an adaptive version where the parameters can differ. The results demonstrate that the more complex model can better adapt to the data.
|
|
|
Automatické zpracování DCE-MRI dat
Karela, Jiří ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou automatického zpracování DCE-MRI dat. Popisuje některé důležité postupy a metody. Práce je rozdělena na teoretickou část, praktickou část a závěr. V teoretické části jsou zejména popsány některé metody, na základě kterých byla poté řešena část praktická. Je zde ale popsána i další teorie, která souvisí s tématem. V praktické části se poté navazuje na danou teorii a řešíme zde problém automatické detekce arteriálních voxelů a průběhy koncentrace kontrastní látky v arteriích. Algoritmy jsou otestovány na obrazových datech mozku potkanů získaných z DCE-MRI. Závěr slouží jako shrnutí a zhodnocení našich výsledků. Také slouží jako úvaha nad realizací našich metod.
|
|
|
Vyhodnocování nádorů pomocí analýz DCE-MRI snímků
Šilhán, Jiří ; Zitová, Barbara (vedoucí práce) ; Jiřík, Radovan (oponent)
Práce se věnuje zpracování dat DCE-MRI, z vyšetření, které pomocí magnetické rezonance zkoumá šíření kontrastní látky krevním řečištěm. Pacien- tovi je podána kontrastní látka a následně je sejmuta série snímků stejné oblasti. Výstupem vyšetření je soubor obrazových dat a perfuzních map. Práce za použití segmentace pomocí grafových řezů interaktivně hledá nádor, pro jeho hodnocení zjišťuje tvarové příznaky a za pomoci fůzí obrazu zjednodušuje studium celého balíku dat vyšetření.
|
|
|
Pokročilé metody perfuzní analýzy v MRI
Macíček, Ondřej ; Frollo, Ivan (oponent) ; Mikl, Michal (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato doktorská práce se zabývá problematikou kvantitativní analýzy pomocí MRI a použití exogenní kontrastní látky. Jedná se o dvě metody, Dynamic contrast-enhanced MRI (DCE-MRI) a Dynamic susceptibility contrast MRI (DSC-MRI), které jsou většinou zpracovávány samostatně. Jedná se o unikátní metody, které poskytují cenné informace, avšak nejsou odbornou veřejností dostatečně přijímány kvůli nespolehlivosti odhadů parametrů a nejsou tak běžně používány ve vyšetřovacích protokolech. Tato dizertační práce si klade za cíl zlepšit spolehlivost metody DCE a odhady parametrů DSC. Práce se zejména zaměřuje na řešení problému kvantifikace při extravazaci kontrastní látky v DSC analýze a dále na nestabilitu DCE odhadů v případě použití pokročilých DCE farmakokinetických modelů s větším počtem parametrů. S použitím nových přístupů zpracování z literatury pro zpracování simultánně měřených DCE a DSC dat je možno odhadnout nové parametry vyšetřované tkáně - relaxivitu vaskulárního a intersticiálního prostoru. Pro tuto metodiku byl původně použit 2CXM model. V této práci je tato metodika testována s dalšími typy modelů, přičemž je kladen důraz na jejich spolehlivost v rámci spojení DCE a DSC. Bylo zjištěno, že model ATH je pro tento účel vhodnější než 2CXM. Metoda byla rozšířena o alternující dekonvoluci a dále na plně simultánní DCE-DSC odhad. Algoritmus byl testován na umělých a reálných datech. Výsledky analýz ukazují, že navržený dekonvoluční postup zlepšuje přesnost odhadu jak DCE, tak i DSC parametrů v porovnání se sekvenčním odhadem a zvyšuje tak významně potenciál a spolehlivost DCE a DSC metod.
|
host ::
RSS.