|
|
3D analýza biologických vzorků pomocí elektronové mikroskopie s fokusovaným iontovým svazkem
Petrovský, Jan ; Sobola, Dinara (oponent) ; Hrubanová,, Kamila (vedoucí práce)
Porozumění trojrozměrné informaci biologických mikroskopických struktur je jednodušší a intuitivnější než setu dvojrozměrných obrázků. Cílem této diplomové práce je vytvoření 3D modelu bakterie Rubrum rhodospirillum, který umožní pozorování strukturálních změn s ohledem na celý experiment. Pro úspěšné zobrazení buněk je nezbytná fixace jejich ultrastruktury. V našem případě je použita chemická fixace s následným kontrastováním těžkými kovy a zalitím do pryskyřice. Konečnému nasnímání kvalitního datasetu pro vytvoření trojrozměrného modelu předchází optimalizace parametrů nasnímání obrazu. Důraz je kladen především na parametry použitého elektronového a iontového svazku. V práci je srovnáno několik různých nastavení mikroskopu a otestován jejich vliv na výsledný obraz. Následně je pomocí softwaru Auto Slice and View 4 nasnímáno několik datasetů a provedena segmentace celých buněk a polymerních granulí z polyhydroxybutyrátu (PHB) nacházejících se uvnitř buněk. Z takto upravených dat, byl pomocí vybraných rekonstrukčních technik vytvořen 3D model bakterií ve sledovaném objemu.
|
|
|
Surface Wave Analysis and Inversion-Application to the Bohemian Massif
Kolínský, Petr ; Prokop Brokešová, Johana (vedoucí práce) ; Novotný, Oldřich (oponent) ; Růžek, Bohuslav (oponent)
česká verze název: Analýza a inverze povrchových vln Aplikace na Český masiv autor: Mgr. Petr Kolínský, DiS. e-mailová adresa autora: kolinsky@irsm.cas.cz pracoviště: Katedra geofyziky Matematicko-fyzikální fakulta Karlova univerzita v Praze V Holešovičkách 2, Praha 8 - 180 00 a Oddělení seismologie Ústav struktury a mechaniky hornin, v.v.i. Akademie věd České republiky V Holešovičkách 41, Praha 8 - 182 09 školitelka: RNDr. Johana Brokešová, CSc. e-mailová adresa školitelky: johana.brokesova@mff.cuni.cz konzultant: RNDr. Jiří Málek, PhD. e-mailová adresa konzultanta: malek@irsm.cas.cz klíčová slova: povrchové vlny, grupová rychlost, fázová rychlost, frekvenčně-časová analýza, mnohokanálová filtrace, tomografie, obrácené úlohy, struktura zemské kůry, Český masiv V práci je podán přehled metod analýzy povrchových vln a také přehled řešení obrácených úloh. Zvláštní pozornost je věnována metodě mnohokanálové filtrace pro určování disperzních křivek. Tato metoda je detailně popsána dvěma různými způsoby. Pro inverzi disperzních křivek je používána isometrická metoda, jejíž popis a testy jsou v práci uvedeny. Popsané metody jsou dále použity v aplikacích. Tyto aplikace podávají příklady analýzy...
|
|
|
Tomografická analýza polovodičových struktur metodou FIB-SIMS
Mičulka, Martin ; Voborný, Stanislav (oponent) ; Bábor, Petr (vedoucí práce)
Práce se zabývá tomografickou analýzou struktury prokovů pomocí metody FIB-SIMS pro elektrotechnický průmysl. Pomocí fokusovaného iontového svazku dochází v řezech k odprašování materiálu ze vzorku, což umožňuje odhalit vnitřní struktury k povrchovému zkoumání pomocí TOF-SIMS. Vzniká takto sekvence 2D snímků z jednotlivých řezů vzorkem, která je použita k tomografické rekonstrukci struktury prokovu. Je pojednáváno o optimalizaci metody FIB-SIMS aplikováním kyslíkového iontového svazku pro zvýšení iontového výtěžku a redukci artefaktů. Práce taky pojednává o pozorované nestabilitě emisního proudu bismutových iontů ze zdroje LMIS.
|
|
|
Supervised Segmentation For 3D Slicer
Chalupa, Daniel
The purpose of this work is to introduce an extendable framework for training and usage of machine learning algorithms. This framework is bundled in an extension for 3D Slicer that is to be used for medical images segmentation. An example usage of the extension is also provided.
|
|
|
Automatické vyhlazení 3D modelů kraniální embryonální myší chrupavky
Kočendová, Kateřina ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Práce je zaměřena na vyhlazování 3D modelů ručně segmentované kraniofaciální chrupavčité tkáně myších embryí. Při procesu ruční segmentace dochází ve výsledných modelech ke tvorbě artefaktů a nepřesností, které je potřeba korigovat. Nejprve je segmentace upravena pomocí gradientu a prahování. Následné vyhlazovací metody jsou sestrojeny na základě teoretické rešerše. Algoritmizace je provedena v prostředí MATLAB. Veškeré algoritmy jsou navrženy a otestovány na vybraných modelech. Statistické vyhodnocení je stanoveno pomocí Dice koeficientu, kde je jako zlatý standard používán ručně vyhlazený model, na kterém byly zredukovány veškeré artefakty.
|
|
|
2D a 3D analýza polovodičových struktur metodou SIMS
Vařeka, Karel ; Šamořil, Tomáš (oponent) ; Bábor, Petr (vedoucí práce)
Chemická analýza polovodičových struktur pomocí metody SIMS je hlavní náplní této bakalářské práce. Umožňuje hloubkové profilování a vytváření 2D či 3D snímků materiálů. Během zkoumání čipu z polovodiče TIGBT dochází k odprašování heterogenní struktury s různou rychlostí odprašování jednotlivých částí. Ukázalo se jako výhodné provést řez tímto vzorkem pomocí fokusovaného iontového svazku tak, aby vznikl profil umožňující provedení tomografického měření. Tato nově vzniklá plocha zaručuje chemickou analýzu profilu polovodičových struktur bez nutnosti odprašování v dynamickém SIMS módu. Rekonstrukcí jednotlivých dvourozměrných snímků lze sestavit 3D obrazec analyzované části vzorku. Byla provedena i příprava a vyjmutí lamely z čipu TIGBT za účelem analýzy detektorem prošlých elektronů.
|
|
|
3D tomografie tenkovstvých katalyzátorů pomocí technik FIB/SEM
Dinhová, Thu Ngan ; Matolínová, Iva (vedoucí práce) ; Khalakhan, Ivan (oponent)
Mezi aktuální problémy naší společnosti patří ubývající zdroje fosilních paliv. Jsou to nerostné suroviny, jejichž pálením získáváme energii. Vzhledem k tomu, že je energie v dnešní době nepostradatelná, je potřeba nalézt alternativní způsob získávání energie. Možné řešení se objevuje v podobě palivových článků, který funguje na principu přeměny chemické energie na energii elektrickou. V tuto chvíli stále probíhá vývoj palivových článků. V této práci se zabýváme studiem morfologie katalytických vrstev Pt/CeO2 deponovaných na polymerní membráně pro vodíkové palivové články. Metodou tomografie pomocí techniky fokusovaného iontového svazku (FIB) vytváříme trojrozměrné modely jejich povrchových struktur. 1
|
|
| |
|
| |
|
|
Surface Wave Analysis and Inversion-Application to the Bohemian Massif
Kolínský, Petr ; Prokop Brokešová, Johana (vedoucí práce) ; Novotný, Oldřich (oponent) ; Růžek, Bohuslav (oponent)
česká verze název: Analýza a inverze povrchových vln Aplikace na Český masiv autor: Mgr. Petr Kolínský, DiS. e-mailová adresa autora: kolinsky@irsm.cas.cz pracoviště: Katedra geofyziky Matematicko-fyzikální fakulta Karlova univerzita v Praze V Holešovičkách 2, Praha 8 - 180 00 a Oddělení seismologie Ústav struktury a mechaniky hornin, v.v.i. Akademie věd České republiky V Holešovičkách 41, Praha 8 - 182 09 školitelka: RNDr. Johana Brokešová, CSc. e-mailová adresa školitelky: johana.brokesova@mff.cuni.cz konzultant: RNDr. Jiří Málek, PhD. e-mailová adresa konzultanta: malek@irsm.cas.cz klíčová slova: povrchové vlny, grupová rychlost, fázová rychlost, frekvenčně-časová analýza, mnohokanálová filtrace, tomografie, obrácené úlohy, struktura zemské kůry, Český masiv V práci je podán přehled metod analýzy povrchových vln a také přehled řešení obrácených úloh. Zvláštní pozornost je věnována metodě mnohokanálové filtrace pro určování disperzních křivek. Tato metoda je detailně popsána dvěma různými způsoby. Pro inverzi disperzních křivek je používána isometrická metoda, jejíž popis a testy jsou v práci uvedeny. Popsané metody jsou dále použity v aplikacích. Tyto aplikace podávají příklady analýzy...
|
host ::
RSS.