|
|
Role of Smarca5 (Snf2h) chromation remodeling ATPase in hematopoitic development and erythropoiesis
Kokavec, Juraj ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Divoký, Vladimír (oponent) ; Kořínek, Vladimír (oponent)
Jaderný protein Smarca5 (Snf2h) je jeden z nejvíce konzervovaných chromatin remodelačních faktorů a molekulárních motorů u savců. ATPáza Smarca5 (a ostatní příbuzní zástupci proteinové nadrodiny SWI/SNF2) společně se svými vazebnými partnery vytváří několika podjednotkové remodelační komplexy, jež posouvají, odstraňují nebo přináší histonové oktamery na DNA za účelem regulace trankripce, replikace, oprav poškození DNA a jiných nepostradatelných buněčných funkcí. Ve své disertační práci se zabývám studiem myšího modelu delece genu Smarca5 na počátku definitivní krvetvorby. Jedinci s delecí genu Smarca5 v hematopoetické kmenové buňce (aktivní promotor Vav1) umírají během pozdního vývoje in utero v důsledku závažné anémie. Ve fetálních játrech těchto experimentálních zvířat jsme pozorovali akumulaci krvetvorných kmenových a progenitorových buněk (HSPCs) a inhibici jejich dozrávání do erythroidní a myeloidní buněčné řady. Popsané poruchy vývoje byly doprovázeny dysplastickými změnami na úrovni proerytroblastů a poruchami buněčného cyklu na přechodu z G2 do M fáze u bazofilních erytroblastů. Dále jsme pozorovali, že nedostatečná funkce Smarca5 zvyšuje hladinu tumor supresorového proteinu p53 v erythroidních progenitorech, aktivaci jeho transkripčních cílů a k postranslačním modifikacím, jež jsou...
|
|
|
Vývoj myšího modelu pro studium chromatin remodelačního genu Smarca5 (Snf2h)
Turková, Tereza ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Dobeš, Jan (oponent)
Chromatinová struktura, tvořená DNA a histonovými proteiny, prochází během buněčného cyklu a při diferenciaci buněk dynamickými změnami. Pouze pokud se DNA nachází v rozvolněné podobě, může být přístupná transkripčnímu a replikačnímu aparátu, zatímco její kondenzace umožňuje účinně nevyužitou DNA skladovat. Remodelace chromatinové struktury je proto jedním z nástrojů regulace genové exprese. Faktory remodelující chromatin dokáží různě specificky rozpoznávat chromatin a ovlivnit tak interakce mezi DNA a histony. Jedním z nich je i námi studovaný protein Smarca5. Cílem této práce je studovat funkci proteinu Smarca5 a pro tento účel vytvořit myší model, u kterého bude možné tkáňově specificky indukovat nadprodukci proteinu Smarca5. Model bude sloužit ke studiu alterace fyziologických funkcí proteinu vysokou neregulovanou dávkou Smarca5. V předešlých studiích bylo pozorováno, že nefyziologická exprese chromatin remodelačního faktoru může vést k nádorové transformaci buněk, k pochopení tohoto procesu může také přispět vyvíjený model pro protein Smarca5. Dalším cílem této práce je prozkoumat některé aspekty fenotypu myšího modelu s kondicionální delecí proteinu Smarca5 v T a B- lymfocytech, konkrétně vliv delece tohoto proteinu na diferenciaci progenitorových buněk. Výsledky práce dokazují, že protein...
|
|
|
SWI2/SNF2 ATPázy se zaměřením na podrodinu ISWI: proteinové komplexy a myší modely pro jejich studium
Turková, Tereza ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Janoštiak, Radoslav (oponent)
DNA je v buněčném jádře sbalena spolu s proteiny do dynamické struktury zvané chromatin. Během buněčného cyklu podléhá struktura chromatinu výrazným změnám. V interfázi jsou některé jeho části rozvolněny a během buněčného dělení se pak dostává do podoby velmi kondenzovaných mitotických chromozomů. Struktura chromatinu má vliv na genovou expresi. Pro její průběh je nutná vazba proteinů na DNA. Aby byl umožněn přístup DNA vazebným faktorům, chromatin musí být v rozvolněné podobě. Pokud by však byla struktura kondenzovaná, byla by pro DNA vazebné proteiny prakticky nepřístupná. Remodelace struktury chromatinu je tedy jedním z nástrojů ovlivňujících genovou expresi a enzymy, které remodelaci zajišťují, jsou pro buňku velmi důležité. Jedním z nich je ATPáza Smarca5 patřící do proteinové podrodiny ISWI, která tvoří katalytickou podjednotku několika odlišných komplexů remodelujících chromatin v závislosti na ATP. Bylo zjištěno, že mutace ve členech těchto komplexů mají vliv na regulaci transkripce a diferenciace buněk. V některých případech může nesprávná funkce těchto komplexů vést k nádorové transformaci. Tato bakalářská práce je zaměřena na popis funkce jednotlivých komplexů remodelujících chromatin, jejichž podjednotkou je ATPáza Smarca5. Dále jsou zde shrnuty současné myší modely užívané pro výzkum...
|
|
|
Role proteinu Smarca5 (Snf2h) v regulaci transkripce vneseného DNA templátu.
Zikmund, Tomáš ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Smetana, Karel (oponent)
Vlastnosti buněk a tkání jsou výsledkem dynamické regulace genové exprese. DNA zabalená do proteinových struktur, souhrně označovaných jako chromatin, vyžaduje zapojení mechanizmů regulujících přístupnost specifických sekvencí. U eukaryot hrají klíčovou roli při regulaci struktury chromatinu tzv. chromatin-remodelační enzymy, mezi které patří ISWI ATPáza SMARCA5. SMARCA5 se účastní řady biologických procesů na DNA včetně transkripce, přesto význam proteinu SMARCA5 v transkripci především ve vztahu ke změnám chromatinové struktury in vivo není zcela objasněn. Pro tento účel jsme vytvořili a optimalizovali systém, který nám umožnil sledovat vliv intracelulární hladiny proteinu SMARCA5 na genovou expresi a vývoj chromatinové struktury artificiálně vneseného reportérového vektoru. Naše výsledky ukazují, že DNA vneseného reportérového vektoru byla nabohacena specificky tri-methylovanými molekulami histonu H3 na lyzinu 4 (H3K4Me3), které patří mezi známky aktivovaného chromatinu. Po nadprodukci proteinu SMARCA5 došlo v kódující sekvenci reportérového genu k ~2,5-3 násobnému zvýšení relativního nabohacení histonu H3 a jeho methylace (H3K4Me3). Vyšší zapojení molekul reportéru do procesu transkripce vedlo neočekávaně k poklesu reportérové aktivity oproti kontrole. Tyto výsledky podporují přítomnost...
|
host ::
RSS.