|
| |
|
|
Assessment of expression markers of HLA class II genes.
Zajacová, Marta ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
ÚVOD: Molekuly HLA hrajú centrálnu úlohu v imunitnej odpovedi. HLA II. triedy sa zúčastňujú selekcie T bunkového repertoáru v týmuse a prezentácie antigénnych peptidov CD4-pozitívnym T lymfocytom. HLA II. triedy fungujú ako reštrikčné prvky v prezentácii antigénov T lymfocytom a ich expresia na povrchu buniek je nutná pre spustenie imunitných odpovedí. Regulácia transkripcie génov HLA II. triedy predstavuje komplexný systém zahŕňajúci "cis-acting" DNA sekvenciu a "trans-acting" proteínové faktory. Bol publikovaný alelový polymorfizmus regulačných oblastí génov HLA II. triedy, DQA1, DQB1 a DRB1. Väčšina polymorfizmov je uchovávaná súhlasne s haplotypom. Hierarchia sekvenčnej homológie, ktorá existuje medzi štrukturálnymi génmi, však nemá obdobu medzi ich promótorovými sekvenciami. Zaujalo nás, že najviac prekvapujúci rozpor bol nájdený pre alely viazané k DR4, DQB1*0301 a DQB1*0302, ktoré boli popísané ako časté rizikové faktory pre niektoré autoimunitné choroby. Štrukturálne gény týchto dvoch aliel sú najviac príbuzné, ale ich regulačné sekvencie sú najviac odlišné v porovnaní s ostatnými DQB1 alelami. Tieto sekvenčné rozdiely zodpovedajú funkčnej variabilite: promótorová sila DQB1*0301 alely je trikrát až štyrikrát väčšia než promótorová sila DQB1*0302 alely. Funkčná rozdielnosť medzi alelami HLA...
|
|
|
Regulation of HLA class II genes expression
Zajacová, Marta ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Slavčev, Antonij (oponent)
Geny HLA II. třídy jsou vysoce polymorfní, a to také v regulačních nekódujících genových oblastech. Polymorfismus v promotorové oblasti vytváří silný potenciál pro rozdílnou expresi jednotlivých alel. I když je známo, že množství molekul HLA II. třídy na povrchu buněk má významnou úlohu při utváření imunitní odpovědi, polymorfismus v expresi genů HLA třídy II dosud nebyl podrobně analyzován. Cílem této práce bylo zkoumat expresi mRNA a metylaci promotorové DNA u alel genů HLA II. třídy. Byly provedeny dvě studie, které se zabývaly různými aspekty regulace. V části A byla zkoumána metylace DNA u 10 alel promotoru DQA1 a její vliv na expresi mRNA tohoto genu. DNA metylace v plné krvi byla stanovena pomocí bisulfitového sekvenování a exprese mRNA byla měřena za použití RT-qPCR. I když byly pozorovány mezialelické rozdíly v celkové metylaci (nejvíce metylované alely byly DQA1*02:01 a *04:01), nebyla pozorována očekávaná negativní korelace mezi methylační hustotou DNA promotoru DQA1 a expresí alely. Mezialelické rozdíly v metylaci jednotlivých CpG pozic prokázány nebyly, ale domníváme se, že genetický polymorfismus v oblasti (zejména oblast upstream od pozice -400, která je téměř kompletně metylovaná ve všech alelách) může vést k různým interpretacím 5meCpG na stejné pozici v různých alelických kontextech. V...
|
|
|
Regulation of HLA class II genes expression
Zajacová, Marta ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Slavčev, Antonij (oponent)
Geny HLA II. třídy jsou vysoce polymorfní, a to také v regulačních nekódujících genových oblastech. Polymorfismus v promotorové oblasti vytváří silný potenciál pro rozdílnou expresi jednotlivých alel. I když je známo, že množství molekul HLA II. třídy na povrchu buněk má významnou úlohu při utváření imunitní odpovědi, polymorfismus v expresi genů HLA třídy II dosud nebyl podrobně analyzován. Cílem této práce bylo zkoumat expresi mRNA a metylaci promotorové DNA u alel genů HLA II. třídy. Byly provedeny dvě studie, které se zabývaly různými aspekty regulace. V části A byla zkoumána metylace DNA u 10 alel promotoru DQA1 a její vliv na expresi mRNA tohoto genu. DNA metylace v plné krvi byla stanovena pomocí bisulfitového sekvenování a exprese mRNA byla měřena za použití RT-qPCR. I když byly pozorovány mezialelické rozdíly v celkové metylaci (nejvíce metylované alely byly DQA1*02:01 a *04:01), nebyla pozorována očekávaná negativní korelace mezi methylační hustotou DNA promotoru DQA1 a expresí alely. Mezialelické rozdíly v metylaci jednotlivých CpG pozic prokázány nebyly, ale domníváme se, že genetický polymorfismus v oblasti (zejména oblast upstream od pozice -400, která je téměř kompletně metylovaná ve všech alelách) může vést k různým interpretacím 5meCpG na stejné pozici v různých alelických kontextech. V...
|
|
|
Assessment of expression markers of HLA class II genes.
Zajacová, Marta ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
ÚVOD: Molekuly HLA hrajú centrálnu úlohu v imunitnej odpovedi. HLA II. triedy sa zúčastňujú selekcie T bunkového repertoáru v týmuse a prezentácie antigénnych peptidov CD4-pozitívnym T lymfocytom. HLA II. triedy fungujú ako reštrikčné prvky v prezentácii antigénov T lymfocytom a ich expresia na povrchu buniek je nutná pre spustenie imunitných odpovedí. Regulácia transkripcie génov HLA II. triedy predstavuje komplexný systém zahŕňajúci "cis-acting" DNA sekvenciu a "trans-acting" proteínové faktory. Bol publikovaný alelový polymorfizmus regulačných oblastí génov HLA II. triedy, DQA1, DQB1 a DRB1. Väčšina polymorfizmov je uchovávaná súhlasne s haplotypom. Hierarchia sekvenčnej homológie, ktorá existuje medzi štrukturálnymi génmi, však nemá obdobu medzi ich promótorovými sekvenciami. Zaujalo nás, že najviac prekvapujúci rozpor bol nájdený pre alely viazané k DR4, DQB1*0301 a DQB1*0302, ktoré boli popísané ako časté rizikové faktory pre niektoré autoimunitné choroby. Štrukturálne gény týchto dvoch aliel sú najviac príbuzné, ale ich regulačné sekvencie sú najviac odlišné v porovnaní s ostatnými DQB1 alelami. Tieto sekvenčné rozdiely zodpovedajú funkčnej variabilite: promótorová sila DQB1*0301 alely je trikrát až štyrikrát väčšia než promótorová sila DQB1*0302 alely. Funkčná rozdielnosť medzi alelami HLA...
|
|
| |
host ::
RSS.