|
|
Modelování proudění krve v geometrii aneuryzma
Zábojníková, Tereza ; Hron, Jaroslav (vedoucí práce) ; Feistauer, Miloslav (oponent)
Cílem této práce bylo nalézt stabilní schéma, které by řešilo Stokesův problém tekutiny, ve které je ponořená elastická pevná látka. Narozdíl od většiny schémat řešících interakci pevné látky s tekutinou, naše schéma nevyžaduje, aby na sebe sítě pevné látky a tekutiny navazovaly. Omezili jsme se na dvoudimenzionální oblast pro tekutinu, ve které je ponořena jednodimenzionální elastická pevná látka. Pro popis interakce jsme použili metodu vnořené hranice (Immersed boundary method). Na začátku jsme považovali pevnou látku za nehmotnou. Upravili jsme již existující schéma řešící takovýto problém tak, aby bylo nepodmíněně stabilní, což jsme matematicky dokázali a numericky otestovali. Poté jsme navrhli modifikaci schématu tak, aby pevná látka již měla nejakou hmotnost, a též dokázali jeho nepodmíněnou stabilitu. Navržená schémata jsme implementovali v programu Freefem++ a otestovali jejich chování na geometrii podobné aneurysma. Vyzkoušeli jsme také chování navržených schémat v případě, kdy se rostoucí aneurysma dotkne překážky, například kosti (s no-slip podmínkou na okraji). Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Kombinovaný QM/MM popis interakcí organokovových léčiv na bázi 'piano-stool' Ru(II) komplexů s oligomerními modely DNK
Zábojníková, Tereza ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sychrovský, Vladimír (oponent)
Tato práce se zabývá hydratací čtyř organokovvých léčiv na bázi 'piano-stool' Ru(II) struktury. Jedná se o nalidixovou kyselinu, thio-nalidixovou kyselinu, ofloxacin a cinoxacin. U všech čtyř komplexů byly spočteny termodynamické parametry 3 možných reakcí s vodou. Jelikož se jedná o kyseliny, byly reakce zkoumány pro protonované i deprotonované struktry, aby byla získána představa o chování v kyselém i neutrálním prostředí. Optimalizace byla provedena metodou hustotního funkcionálu B3PW91 v bázi 6-31+G*. Následně byla spočtena energie zoptimalizovaných struktur v bázi 6-311++G(2df,2pd)metodou B3LYP a byla provedena NPA analýza za účelem zjištění parciálních nábojů.
|
|
|
Modelování proudění krve v geometrii aneuryzma
Zábojníková, Tereza ; Hron, Jaroslav (vedoucí práce) ; Feistauer, Miloslav (oponent)
Cílem této práce bylo nalézt stabilní schéma, které by řešilo Stokesův problém tekutiny, ve které je ponořená elastická pevná látka. Narozdíl od většiny schémat řešících interakci pevné látky s tekutinou, naše schéma nevyžaduje, aby na sebe sítě pevné látky a tekutiny navazovaly. Omezili jsme se na dvoudimenzionální oblast pro tekutinu, ve které je ponořena jednodimenzionální elastická pevná látka. Pro popis interakce jsme použili metodu vnořené hranice (Immersed boundary method). Na začátku jsme považovali pevnou látku za nehmotnou. Upravili jsme již existující schéma řešící takovýto problém tak, aby bylo nepodmíněně stabilní, což jsme matematicky dokázali a numericky otestovali. Poté jsme navrhli modifikaci schématu tak, aby pevná látka již měla nejakou hmotnost, a též dokázali jeho nepodmíněnou stabilitu. Navržená schémata jsme implementovali v programu Freefem++ a otestovali jejich chování na geometrii podobné aneurysma. Vyzkoušeli jsme také chování navržených schémat v případě, kdy se rostoucí aneurysma dotkne překážky, například kosti (s no-slip podmínkou na okraji). Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Kombinovaný QM/MM popis interakcí organokovových léčiv na bázi 'piano-stool' Ru(II) komplexů s oligomerními modely DNK
Zábojníková, Tereza ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sychrovský, Vladimír (oponent)
Tato práce se zabývá hydratací čtyř organokovvých léčiv na bázi 'piano-stool' Ru(II) struktury. Jedná se o nalidixovou kyselinu, thio-nalidixovou kyselinu, ofloxacin a cinoxacin. U všech čtyř komplexů byly spočteny termodynamické parametry 3 možných reakcí s vodou. Jelikož se jedná o kyseliny, byly reakce zkoumány pro protonované i deprotonované struktry, aby byla získána představa o chování v kyselém i neutrálním prostředí. Optimalizace byla provedena metodou hustotního funkcionálu B3PW91 v bázi 6-31+G*. Následně byla spočtena energie zoptimalizovaných struktur v bázi 6-311++G(2df,2pd)metodou B3LYP a byla provedena NPA analýza za účelem zjištění parciálních nábojů.
|
host ::
RSS.