|
|
Rekombinace mezi genem a pseudogenem pro glukocerebrosidasu jako mechanismus vzniku mutací u Gaucherovy choroby
Peková, Barbora ; Hřebíček, Martin (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Gaucherova choroba je autosomálně recesivní dědičné onemocněním způsobené deficitem lysosomálního enzymu β-glukocerebrosidasy. U pacientů s Gaucherovou chorobou byly nalezeny v genu pro β-glukocerebrosidasu komplexní mutace, které vznikly rekombinací s nefunkčním pseudogenem. Rekombinace mezi geny a jejich odpovídajícími pseudogeny hraje roli i při vzniku dalších lidských dědičných onemocnění. Mutantní alely vznikající při ženské i mužské meióze vedou k trvalému výskytu takovýchto patogenních alel v genofondu. Studium frekvence a rozsahu rekombinací v gametách, v genech asociovaných s lidskými onemocněními, má proto význam pro studium zátěže těmito nemocemi v populaci. Vyšetření rozsahu jednotlivých rekombinací v genu pro β-glukocerebrosidasu v lidských gametách je technicky obtížné. Využití nových technik jako sekvenování nové generace, sekvenování pomocí nanopórů nebo digitální PCR může poskytovat výhodu oproti dříve používaným technikám. Klíčová slova: rekombinace, genová konverze, pseudogen, β-glukocerebrosidasa, komplexní alely, Gaucherova choroba
|
|
| |
|
|
Vyšetření rekombinací mezi genem a pseudogenem pro β-glukocerebrosidasu vedoucích ke vzniku patogenních alel
Peková, Barbora ; Hřebíček, Martin (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Cílem této diplomové práce bylo vypracovat přehled o genové konverzi, její roli v patogenezi lidských onemocnění a zhodnotit využití metod založených na sekvenování nové generace (NGS) pro detekci vzácných změn sekvence DNA. Jedná se o pilotní studii využití NGS pro detekci bodových mutací vznikajících de novo v genu pro β-glukocerebrosidasu genovou konverzí mezi ním a jeho pseudogenem v meiotických a mitotických buňkách kontrolních osob. Primery specifické pro aktivní gen byly použity pro selektivní amplifikaci úseku devátého a desátého exonu genu, kde se "rekombinantní" změny vyskytují nejčastěji. Byla využita metoda značení cílových molekul DNA pomocí náhodných sekvencí v primeru. Bioinformatickým zpracováním byly detekovány bodové mutace v sekvencích získaných z 20 vzorků genomové DNA na platformě Illumina MiSeq. Sekvence byly filtrovány, tříděny podle unikátního značení jednotlivých molekul DNA a byly vytvořeny alignmenty těchto sekvencí. Softwarovou detekcí se záměrně nestriktními kritérii bylo v jednotlivých vzorcích nalezeno 12-48 potenciálních bodových mutací, které byly následně ověřovány přehodnocením alignmentů sekvencí nesoucích shodnou značící sekvenci. Počet alignmentů s unikátním značením byl v rozmezí 7-15 tisíc na vzorek. Ve třech vzorcích byly nalezeny v genu pro...
|
|
|
Rekombinace mezi genem a pseudogenem pro glukocerebrosidasu jako mechanismus vzniku mutací u Gaucherovy choroby
Peková, Barbora ; Hřebíček, Martin (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Gaucherova choroba je autosomálně recesivní dědičné onemocněním způsobené deficitem lysosomálního enzymu β-glukocerebrosidasy. U pacientů s Gaucherovou chorobou byly nalezeny v genu pro β-glukocerebrosidasu komplexní mutace, které vznikly rekombinací s nefunkčním pseudogenem. Rekombinace mezi geny a jejich odpovídajícími pseudogeny hraje roli i při vzniku dalších lidských dědičných onemocnění. Mutantní alely vznikající při ženské i mužské meióze vedou k trvalému výskytu takovýchto patogenních alel v genofondu. Studium frekvence a rozsahu rekombinací v gametách, v genech asociovaných s lidskými onemocněními, má proto význam pro studium zátěže těmito nemocemi v populaci. Vyšetření rozsahu jednotlivých rekombinací v genu pro β-glukocerebrosidasu v lidských gametách je technicky obtížné. Využití nových technik jako sekvenování nové generace, sekvenování pomocí nanopórů nebo digitální PCR může poskytovat výhodu oproti dříve používaným technikám. Klíčová slova: rekombinace, genová konverze, pseudogen, β-glukocerebrosidasa, komplexní alely, Gaucherova choroba
|
host ::
RSS.