|
|
Predikce replikačního počátku v prokaryotních genomech
Lebó, Marko ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Táto bakalárska práca sa zaoberá problematikou detekcie replikačných počiatkov (oriC) v genómoch prokaryotických organizmov. Popisuje rozdiely v procesoch iniciácie replikácie u organizmov dvoch domén prokaryotických organizmov – Bacteria a Archea, zaoberá sa možnostami prevodu znakových sekvencií DNA do numerických reprezentácií DNA a zároveň vyhodnocuje ich použiteľnosť pre detekciu oriC. Ďalej objasňuje spôsoby detekcie oriC a popisuje funkciu už existujúcich programov na detekciu oriC. Na záver predkladá návrh nového nástroja na detekciu oriC v genómoch baktérií – FindOri a diskutuje výsledky dosiahnuté pri testovaní tohoto nástroja.
|
|
|
Direct Binning of Metagenomic Signals from Nanopore Sequencing
Lebó, Marko ; Jugas, Robin (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
This diploma thesis deals with taxonomy independent methods for classification of metagenomic signals, aquired by a MinION sequencer. It describes the formation and character of metagenomic data and already existing methods of metagenomic data classification and their development. This thesis also evaluates an impact of the third generation sequencing techniques in the world of metagenomics and further specialises on the function of the Oxford Nanopore MinION sequencing device. Lastly, a custom method for metagenomic data classification, based on data obtained from a MinION sequencer, is proposed and compared with an already existing method of classification.
|
|
|
Direct Binning of Metagenomic Signals from Nanopore Sequencing
Lebó, Marko ; Jugas, Robin (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
This diploma thesis deals with taxonomy independent methods for classification of metagenomic signals, aquired by a MinION sequencer. It describes the formation and character of metagenomic data and already existing methods of metagenomic data classification and their development. This thesis also evaluates an impact of the third generation sequencing techniques in the world of metagenomics and further specialises on the function of the Oxford Nanopore MinION sequencing device. Lastly, a custom method for metagenomic data classification, based on data obtained from a MinION sequencer, is proposed and compared with an already existing method of classification.
|
|
|
Predikce replikačního počátku v prokaryotních genomech
Lebó, Marko ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Táto bakalárska práca sa zaoberá problematikou detekcie replikačných počiatkov (oriC) v genómoch prokaryotických organizmov. Popisuje rozdiely v procesoch iniciácie replikácie u organizmov dvoch domén prokaryotických organizmov – Bacteria a Archea, zaoberá sa možnostami prevodu znakových sekvencií DNA do numerických reprezentácií DNA a zároveň vyhodnocuje ich použiteľnosť pre detekciu oriC. Ďalej objasňuje spôsoby detekcie oriC a popisuje funkciu už existujúcich programov na detekciu oriC. Na záver predkladá návrh nového nástroja na detekciu oriC v genómoch baktérií – FindOri a diskutuje výsledky dosiahnuté pri testovaní tohoto nástroja.
|
host ::
RSS.