|
|
Nástroj pro správu databáze sekvenčních typů patogenních bakterií
Františová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Předmětem této bakalářské práce je návrh a vytvoření nástroje pro správu databáze dosud známých sekvenčních typů patogenních bakterií. Základem práce je návrh převodního klíče nové techniky pro typizaci patogenních bakterií vytvořené ve spolupráci s Centrem molekulární biologie a genové terapie Interní hematologické a onkologické kliniky Fakultní nemocnice Brno. Metoda je založena na překladu sekvenčních typů na příslušející melt typ. V prvních dvou kapitolách jsou diskutovány výhody a nevýhody nejpoužívanějších molekulárně-biologických metod a z nich vycházejících metod pro bakteriální typizaci. Další tři kapitoly pak představují návrh převodního klíče pro novou metodu, jeho implementaci do prostředí MATLAB a výsledný nástroj složený ze dvou programů. Výpočet převodního klíče je součástí prvního z programů, druhý program umožňuje zpětně vyhledat konkrétní melt a příslušný sekvenční typ, a tak snadno srovnat sekvenační a PCR data.
|
|
|
Online Database of Bacterial Sequence and Melt Types
Františová, Zuzana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The subject of this Master’s Thesis is the creation of a database of known sequence and melt types of pathogenic bacteria and a tool for database management. The method described in this work is a relatively new technique for typing pathogenic bacteria based on the translation of sequence types to the appropriate melt type and uses a translation key, which was created in collaboration with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy of the Department of Internal Hematology and Oncology. The content of this Thesis is the creation of space on the database server, retrieval of the necessary data, application of the translation key, creation of GUI, creation of other suitable treatments and extensions, testing, and subsequent analysis of results. The first chapter discusses the most well-known bacterial typing methods, the next chapter is devoted to server-client applications and database tools. The third chapter describes the implementation of the database on the server and the fourth chapter briefly summarizes all the functions of the program. The last chapter then describes the analysis of a new translation key enhancement, which obtained has the working name the halved allele.
|
|
|
Online Database Of Bacterial Sequence And Melt Types
Františová, Zuzana
This paper presents an online database, which was created in cooperation with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy, University Hospital Brno. This database contains a unique conversion key allowing comparison of sequencing and PCR (polymerase chain reaction data, which brings quick and reliable pathogenic bacteria typing at a fraction of the cost of sequencing techniques. The database is managed by a program that enables updates, editing, backups, data export and many other functions that can significantly speed up further data processing.
|
|
|
Nástroj pro správu databáze sekvenčních typů patogenních bakterií
Františová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Předmětem této bakalářské práce je návrh a vytvoření nástroje pro správu databáze dosud známých sekvenčních typů patogenních bakterií. Základem práce je návrh převodního klíče nové techniky pro typizaci patogenních bakterií vytvořené ve spolupráci s Centrem molekulární biologie a genové terapie Interní hematologické a onkologické kliniky Fakultní nemocnice Brno. Metoda je založena na překladu sekvenčních typů na příslušející melt typ. V prvních dvou kapitolách jsou diskutovány výhody a nevýhody nejpoužívanějších molekulárně-biologických metod a z nich vycházejících metod pro bakteriální typizaci. Další tři kapitoly pak představují návrh převodního klíče pro novou metodu, jeho implementaci do prostředí MATLAB a výsledný nástroj složený ze dvou programů. Výpočet převodního klíče je součástí prvního z programů, druhý program umožňuje zpětně vyhledat konkrétní melt a příslušný sekvenční typ, a tak snadno srovnat sekvenační a PCR data.
|
|
|
Online Database of Bacterial Sequence and Melt Types
Františová, Zuzana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The subject of this Master’s Thesis is the creation of a database of known sequence and melt types of pathogenic bacteria and a tool for database management. The method described in this work is a relatively new technique for typing pathogenic bacteria based on the translation of sequence types to the appropriate melt type and uses a translation key, which was created in collaboration with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy of the Department of Internal Hematology and Oncology. The content of this Thesis is the creation of space on the database server, retrieval of the necessary data, application of the translation key, creation of GUI, creation of other suitable treatments and extensions, testing, and subsequent analysis of results. The first chapter discusses the most well-known bacterial typing methods, the next chapter is devoted to server-client applications and database tools. The third chapter describes the implementation of the database on the server and the fourth chapter briefly summarizes all the functions of the program. The last chapter then describes the analysis of a new translation key enhancement, which obtained has the working name the halved allele.
|
host ::
RSS.