|
|
Kinetická analýza enzymové aktivity modelových hemových senzorových proteinů
Prošková, Veronika ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Macek, Tomáš (oponent) ; Vítek, Libor (oponent)
CZ Předkládaná disertační práce se zabývá studiem hemových senzorových proteinů, které detekují plynné molekuly. Tyto proteiny se nachází především v bakteriálních systémech, kde se podílí na regulaci procesů, jako např. sporulace, rezistence k antibiotikům a další. Hemové senzorové proteiny jsou tvořeny dvěma doménami - senzorovou, která obsahuje molekulu hemu, jenž interakcí s plynnými molekulami ovlivňuje aktivitu druhé, funkční domény. Součástí této práce je rešerše, která shrnuje poznatky ohledně problematiky hemových senzorů. V další části jsme se zaměřili na studium tří senzorových hemoproteinů, a to histidinkinasy AfGcHK, diguanylátcyklasy YddV a fosfodiesterasy EcDOS. Hlavním cílem předkládané práce bylo objasnit mechanismus intraproteinového/interdoménového přenosu signálu u hemových senzorových proteinů s globinovým uspořádáním senzorové domény (AfGcHK a YddV) s použitím kinetické analýzy enzymové aktivity a metod strukturní biologie. Dalším cílem bylo prozkoumat interproteinový přenos signálu mezi proteinem AfGcHK a jeho interakčním partnerem RR proteinem. V neposlední řadě byl zkoumán vlivu sulfidu sodného na katalytické vlastnosti proteinů EcDOS, AfGcHK. Výsledky kinetické analýzy odhalily, že redukce hemového železa a absence hemu v senzorové doméně výrazně snižuje enzymovou aktivitu...
|
|
| |
|
|
Příklady dobré praxe výuky anglické gramatiky induktivní metodou
MARTÍNKOVÁ, Markéta
Diplomová práce ve svém úvodu charakterizuje deduktivní a induktivní přístup k výuce anglické gramatiky, porovnává je a také uvádí jejich klady a zápory. Hlavní náplň teoretické části však představují principy a klíčové pojmy induktivní výuky anglické gramatiky. Praktická část převádí teoretické poznatky do reálné výuky. V rámci čtyř hodin vedených induktivním způsobem se žáci naučili vyjadřovat děje v minulosti. Tyto ukázkové hodiny slouží jako příklady dobré praxe výuky anglické gramatiky induktivní metodou. V závěru této části jsou odučené hodiny reflektovány.
|
|
| |
|
| |
|
|
Preparation of a plasmid, its expression and preliminary isolation of MafK protein - the interacting partner of heme sensor Bach1
Mihalčin, Peter ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Stráňava, Martin (oponent)
Bakalárska práca Abstrakt Senzorové proteíny detekujúce hem sú skupina hemoproteínov, ktorým slúži hem ako signálna molekula. Asociácia alebo disociácia hemu a hem-detekujúceho senzorového proteínu má vplyv na reguláciu mnohých fyziologických procesov riadených týmito proteínmi. Príkladom je regulácia enzýmovej aktivity alebo génovej expresie. Predkladaná bakalárska práca sa zaoberá hemovým senzorovým proteínom Bach1 a jeho interakčným partnerom, transkripčným faktorom MafK. Bach1 patrí do skupiny transkripčných faktorov s represívnymi účinkami. Cieľovými génmi, ktoré Bach1 reguluje, sú gény enzýmu hemoxygenáza, ktorá riadi degradáciu voľného hemu v bunkách. Bach1 interaguje s nadbytkom voľného hemu v bunke. Táto interakcia inaktivuje represívny účinok Bach1 a v konečnom dôsledku je v prípade nadbytku voľného hemu hemoxygenáza exprimovaná. V medziach fyziologickej koncentrácie hemu v bunkách proteín Bach1 s hemom neinteraguje a väzbou na regulačné oblasti cieľových génov inhibuje ich expresiu. Bach1 sa dokáže viazať na DNA iba v kooperácii so svojim interakčným partnerom, transkripčným faktorom MafK. Teoretickú časť tejto bakalárskej práce tvorí zhrnutie doterajších poznatkov o transkripčných faktoroch Bach1, MafK, ich vzájomnej interakcii a väzbe na DNA ako aj neodmysliteľný vplyv hemu na ich spoločnú...
|
|
|
Působení inhibitorů V-ATPasy na chemorezistentní linie neuroblastomu in vitro
Honzejková, Karolína ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Nádorová onemocnění se řadí mezi nejčastější příčiny úmrtí na celém světě a přes velký pokrok v léčebných postupech v posledních padesáti letech se stále jedná o závažný zdravotní problém. Proto je stále soustředěno velké úsilí na vývoj nových protinádorových léků a terapeutických přístupů. Neuroblastom (NBL) je nejčastější nádorové onemocnění u kojenců a čtvrté nejčastější u dětí. Úspěšnou léčbu značně komplikuje jeho heterogenita. Při chemoterapii je nežádoucím jevem léková rezistence. Jedním z mechanismů chemorezistence je akumulace slabě bazických protinádorových léčiv v lysosomech. Tato práce se zabývá měřením lysosomálního "uptaku" těchto látek v neuroblastomových buněčných liniích UKF-NB-4 a této linii rezistentní vůči ellipticinu (UKF-NB-4ELLI ) za různých podmínek. Byla zavedena metoda stanovení kapacity (objemu) buněčných lysosomů pomocí měření intenzity fluorescence barviva specifického pro lysosomy, LysoTracker Red (LTR), a dále byla zkoumána schopnost bafilomycinu A, inhibitoru vakuolární ATPasy (V-ATPasy), potencovat účinky ellipticinu inhibicí jeho lysosomální akumulace. Klíčová slova: neuroblastom, lysosom, vakuolární ATPasa, víceléková rezistence
|
|
|
Mechanismus přenosu signálu hemovými senzorovými proteiny detekujícími kyslík
Stráňava, Martin ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Macek, Tomáš (oponent)
CZ Hemové senzorové proteiny, které detekují plynné molekuly, hrají v bakteriální fyziologii důležitou roli v regulaci mnoha procesů jako je např. buněčná diferenciace, virulence, tvorba biofilmu nebo mezibuněčná komunikace. Jejich struktura se vyznačuje typickou modulární architekturou, kde různé senzorové domény (nejčastěji na N-konci) regulují aktivitu katalytických neboli funkčních domén (nejčastěji na C-konci). V této disertační práci jsme se zaměřili na studium tří zástupců ze skupiny senzorových proteinů detekujících kyslík a to histidinkinasy AfGcHK, diguanylátcyklasy YddV, fosfodiesterasy EcDOS a dále na studium proteinu RR, který je interakčním partnerem AfGcHK. Hlavním cílem disertační práce bylo prostudovat intraproteinový/interdoménový přenos signálu u dvou zástupců hemových senzorových proteinů s globinovým uspořádáním senzorové domény (AfGcHK, YddV) a u jednoho zástupce s PAS uspořádáním senzorové domény (EcDOS). Dalším cílem bylo popsat interproteinový přenos signálu u dvousložkového systému AfGcHK-RR a strukturně charakterizovat tyto dva interakční partnery. Důraz byl kladen také na studium interakce modelových senzorových domén s různými signálními molekulami a popis funkce jednotlivých aminokyselin účastnících se vazby těchto signálních molekul. Studiem...
|
|
|
Studium interakcí DNA-vazebné domény proteinu FOXO3 s nízkomolekulárními látkami
Dolejš, Vojtěch ; Obšilová, Veronika (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Tato diplomová práce je součástí projektu, jehož cílem je vývoj nízkomolekulárních látek schopných inhibovat interakci lidského transkripčního faktoru FOXO3 s DNA. Hlavním cílem této diplomové práce je charakterizace interakcí DNA-vazebné domény proteinu FOXO3 (FOXO3-DBD) s nízkomolekulární látkou S9, která inhibuje vazbu FOXO3-DBD na DNA pomocí různých biofyzikálních technik, jako je NMR, mikrotermoforéza a nativní elektroforéza. Transkripční faktory FOXO jsou důležité a evolučně konzervované regulační proteiny, které se účastní mnoha důležitých buněčných dějů. Aktivita FOXO proteinů je regulována posttranslačními úpravami, z nichž nejdůležitější jsou fosforylace, acetylace a ubikvitinace. Forkhead transkripční faktory zastávají značný počet různých buněčných funkcí a účastní se mnoha buněčných signálních drah. Jejich exprese může probíhat tkáňově specificky. Obsahují asi 100 aminokyselin dlouhou DNA-vazebnou doménu složenou z několika částí. Mezi jejich funkce patří regulace buněčného cyklu a apoptózy, proliferace a diferenciace buněk, kontrola metabolismu a regulace protistresové odpovědi. U nádorových buněk lymfoblastomu je resistence vůči chemoterapii zprostředkována právě vysokou aktivitou transkripčního faktoru FOXO3. Z tohoto důvodu je nutné hledat způsoby, jak cíleně potlačit funkci tohoto...
|
|
|
Studium vlastností protinádorových léčiv ellipticinu, etoposidu a doxorubicinu ve formě nanočástic
Lengálová, Alžběta ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Možnosti protinádorové léčby, které jsou v současné době dostupné, jsou nedostačující a vyžadují zdokonalení. Jednou ze strategií pro zlepšení protinádorové terapie je použití nanočástic. Enkapsulací léčiv do nanotransportérů dojde ke zvýšení efektivity působení léčiva na nemocnou tkáň a snížení nežádoucích vedlejších účinků. Pro posouzení možného uplatnění této technologie byly v této práci studovány dvě formy nanočástic: uhlíkové nanotrubice (multi-walled carbon nanotubes, MWCNT) a apoferritin. Zjišťováno bylo, zda jsou daná cytostatika (ellipticin, etoposid a doxorubicin) na tyto nanotransportéry vázána a jak jsou z nich uvolňována, a to zejména v závislosti na pH. Vzhledem k tomu, že pH nádorových buněk je nižší než je pH buněk zdravých, bylo by výhodné, aby byla léčiva z nanočástic uvolňována při tomto nižším pH, zatímco při pH fyziologickém by k uvolnění léčiva nedocházelo. Ze získaných výsledků vyplývá, že v případě ellipticinu skutečně při pH 5.0 dochází k jeho postupnému uvolňování z nanotrubic MWCNT i apoferritinu, zatímco při pH 7.4 je jeho interakce s nanočásticemi stabilní. Ellipticin uvolněný z nanotrubic MWCNT je aktivován mikrosomálními enzymy na reaktivní metabolity (13- hydroxyellipticin a 12-hydroxyellipticin), které tvoří adukty s DNA. Získané výsledky naznačují, že obě...
|
host ::
RSS.