|
|
PFM and Raman spectroscopy of selected dielectric materials
Borodavka, Fedir ; Gregora, Ivan (vedoucí práce) ; Baumruk, Vladimír (oponent) ; Hehlen, Bernard (oponent)
Název práce: Mikroskopie piezoelektrické odezvy (PFM) a Ramanova spektroskopie vybraných dielektrických materiálů Autor: Fedir Borodavka Ústav: Oddělení dielektrik, Fyzikální ústav AV ČR v.v.i., Na Slovance 2, 182 21, Praha 8, Česká Republika Školitel: Ing. Ivan Gregora, CSc. Školící pracoviště: Oddělení dielektrik, Fyzikální ústav AV ČR v.v.i., Na Slovance 2, 182 21, Praha 8, Česká Republika Konzultanti: RNDr. Stanislav Kamba, CSc. a RNDr. Vladimír Vorlíček, CSc. Abstrakt: Disertační práce je věnována detailnímu studiu dielektrických materiálů po- mocí Ramanovy spektroskopie a mikroskopie piezoelektrické odezvy. Vlastnosti fononů nově syntetizovaných monokrystalů hydrogenfosforitanu guany- lurey(1+) (GUHP) byly studovány pomocí Ramanovy spektroskopie. Na základě Ra- manovy spektroskopie byla navržena klasifikace vibračních módů A′ MIX, A′ TO a A′′ TO a byly také stanoveny jejich frekvence. Na základě Ramanových spekter bylo také charakterizováno chování fononů v kera- mice BiMnO3. Porovnání výsledků grupové analýzy struktury s naměřenými spektry prokázalo, že krystality v keramice mají centrosymetrickou strukturu C2/c, a nejsou tedy feroelektrické. Byly vyšetřovány mřížkové vibrační módy monokrystalu...
|
|
|
The Study of the Molecular Structure of Various Forms of Conducting Polymers using FTIR and Raman Spectroscopies
Morávková, Zuzana ; Trchová, Miroslava (vedoucí práce) ; Baumruk, Vladimír (oponent) ; Matějka, Pavel (oponent)
Tato práce se zabývá studiem tenkých vrstev vodivého polymeru polyanilinu především metodami infračervené a Ramanovy spektroskopie, které vyústí ve studium oligomerů anilinu. Ty mají zásadní vliv na vznik jak vrstev polyanilinu, tak jeho nanostruktur. Dále se zabývá karbonizací polyanilinu v jeho různých formách (granulární báze polyanilinu, tenké vrstvy polyanilinové soli, mnohostěnné uhlíkové nanotrubky pokryté tenkou vrstvou polyanilinové soli i báze, polyanilinové nanotrubky/nanotyčinky připravené v přítomnosti ethanolu ve formě soli i báze). Tato dvě témata, oligomery anilinu a karbonizace produktů oxidace anilinu, jsou propojena prací týkající se karbonizace mikrokuliček připravených oxidací anilinu v alkalickém prostředí. Dalšími použitými metodami jsou optická mikroskopie, transmisní a skenovací elektronová mikroskopie, UV-Vis spektroskopie, spektroskopická elipsometrie, širokoúhlý rentgenový rozptyl a termogravimetrická analýza.
|
|
|
Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku
Hudecová, Jana ; Baumruk, Vladimír (vedoucí práce)
Název práce: Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku Autor: Jana Hrudíková Katedra (ústav) : Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc. E-mail vedoucího: baumruk@karlov.mff.cuni.cz Abstrakt: Molekulární flexibilita výrazně ovlivňuje intenzitu a polohu pásů v Ramanových spektrech a v případě ROA spekter i znaménka pásů. Proto je nezbytné ve výpočtech spekter zohlednit dynamické aspekty chování studovaných molekul v roztoku prostřednictvím konformačního středování. První ze studovaných systémů, histidin, hraje díky svému imidazolovému kruhu důležitou roli v metaloenzymech a při sbalování proteinů. Na ROA aparatuře vybudované na Fyzikálním ústavu UK v Praze byla změřena ROA spektra histidinu při několika hodnotách pH, komplexu histidinu s mědí a dipeptidů His-Gly a Gly-His jako předstupeň k dalšímu studiu. Druhý systém, cyklický hexapeptid c-(Phe-D-Pro-Gly-Arg-Gly-Asp), představuje model pro studium β- otoček a antiparalelního skládaného β-listu a byl již studován pomocí VCD a IČ spektroskopie. Z molekulárně dynamických simulací bylo vybráno 10 konformací, pro které byla ab initio spočítána Ramanova a ROA spektra. Pro modelový fragment Phe-D- Pro, jehož příspěvek je v Ramanově spektru dominantní, bylo provedeno Boltzmannovo...
|
|
| |
|
|
Modern computational techniques for simulations of molecular spectra
Ivani, Ivan ; Baumruk, Vladimír (vedoucí práce) ; Kapitán, Josef (oponent)
Přesné výpočty vibračních energií a vibračních spekter molekul vyžadují započítání anharmonických sil. Ve standardním výpočetním protokolu, jsou velké vibrační matice Hamiltoniánu diagonalizovány a spektrální intenzity počítány pro jednotlivé přechody odděleně. V této práci navrhujeme alternativní přímé generování spektrálních křivek na základě časové propagace náhodné vibrační vlnové funkce následované Fourierovou transformací. Nedostatek zdlouhavé a výpočetně náročné diagonalizace činí metodu vhodnou pro větší molekuly. Je zvláště vhodná pro velké Hamiltoniány, které jsou běžně získány v rámci báze harmonických oscilátorů, a algoritmus umožňuje paralelizaci. Na modelu dimeru vody jsou diskutovány základní vlastnosti konvergence. Metoda je pak použita na vibrační Ramanovy intenzity fenchonu, kde byly získány spektrální profily srovnatelné s výsledky získanými klasickými přístupy.
|
|
| |
|
|
Využití Ramanovy optické aktivity při studiu konformace strukturně významných skupin v peptidech a proteinech
Kubáňová, Markéta ; Baumruk, Vladimír (vedoucí práce) ; Kapitán, Josef (oponent)
Ramanova optická aktivita (ROA) je moderní spektroskopická metoda, kterou lze s úspěchem aplikovat na celou řadu chirálních vzorků, od malých organických molekul až po komplexní biomolekulární systémy. K důležitým aplikacím ROA patří studium struktury peptidů a proteinů v roztoku. Cílem diplomové práce bylo nalézt a ověřit vztah mezi trojrozměrnou strukturou a Ramanovou optickou aktivitou disulfidové a amidové skupiny v peptidech. V ROA spektrech poly(Pro-Gly-Pro), oxytocinu a hinge peptidu s navázanou antigenní sekvencí byly nalezeny charakteristické znaky konformace polyprolin II (levotočivého 31-helixu). U modelových cyklodextrinových struktur přemostěných disulfidovými můstky byl v ROA spektrech pozorován signál v oblasti S-S a C-S valenčních vibrací. V ROA spektru oxytocinu (peptid s jedním S-S můstkem) byl nalezen pozitivní ROA signál v oblasti S-S valenčních vibrací, který je podle teoretických výpočtů na modelových disulfidech indikátorem kladného dihedrálního úhelu C-S-S-C. Tento výsledek je ve shodě s krystalovou strukturou. Zabývali jsme se také rozšířením měření ROA spekter do oblasti valenčních vodíkových vibrací (2500-3200 cm-1).
|
|
|
Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku
Hrudíková, Jana ; Baumruk, Vladimír (vedoucí práce) ; Kapitán, Josef (oponent)
Název práce: Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku Autor: Jana Hrudíková Katedra (ústav) : Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc. E-mail vedoucího: baumruk@karlov.mff.cuni.cz Abstrakt: Molekulární flexibilita výrazně ovlivňuje intenzitu a polohu pásů v Ramanových spektrech a v případě ROA spekter i znaménka pásů. Proto je nezbytné ve výpočtech spekter zohlednit dynamické aspekty chování studovaných molekul v roztoku prostřednictvím konformačního středování. První ze studovaných systémů, histidin, hraje díky svému imidazolovému kruhu důležitou roli v metaloenzymech a při sbalování proteinů. Na ROA aparatuře vybudované na Fyzikálním ústavu UK v Praze byla změřena ROA spektra histidinu při několika hodnotách pH, komplexu histidinu s mědí a dipeptidů His-Gly a Gly-His jako předstupeň k dalšímu studiu. Druhý systém, cyklický hexapeptid c-(Phe-D-Pro-Gly-Arg-Gly-Asp), představuje model pro studium β- otoček a antiparalelního skládaného β-listu a byl již studován pomocí VCD a IČ spektroskopie. Z molekulárně dynamických simulací bylo vybráno 10 konformací, pro které byla ab initio spočítána Ramanova a ROA spektra. Pro modelový fragment Phe-D- Pro, jehož příspěvek je v Ramanově spektru dominantní, bylo provedeno Boltzmannovo...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.