|
|
Role sekvenčního kontextu v metylaci DNA
Polák, Jan ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Širl, Marek (oponent)
Metylace DNA v cytosinu je důležitá epigenetická značka, která se podílí na regulaci genové exprese, umlčování transponovatelných elementůch a spoluurčuje celkový stavu chromatinu. Cytosin se v DNA může vyskytovat ve třech kontextech: CG, CHG a CHH (kde H zastupuje C, A, nebo T). Arabidopsis thaliana (a rostliny obecně) disponuje molekulárním aparátem, kterým je schopna metylovat DNA v cytosinu ve všech kontextech. Tento aparát má dva úkoly: udržovat již zavedené metylační značky a v případě potřeby vytvářet nové. Udržování metylace se pro jednotlivé kontexty liší svými mechanismy. K metylaci symetrických kontextů CG a CHG se využívá informace z již metylovaného vlákna. Asymetrické kontexty CHH a i CHG k metylaci využívají informaci z další epigenetické značky: modifikace histonů, konkrétně dimetylace histonu H3 na lysinu 9. Takto vzniká zpětnovazebná smyčka mezi metylací histonů a DNA. Metylace CHH pak také může být naváděna pomocí malých RNA komplementárních k danému místu. Mechanismus navádění metylačního enzymu pomocí malých RNA je také využíván při zavádění nových mDNA značek, a to v případě všech kontextů. Nejvíce je metylován kontext CG, který kromě velkého zastoupení v heterochromatinu je přítomný i v konstitutivně přepisovaných oblastech dlouhých středně intezivně přepisovaných genů....
|
|
|
Characterization of N-demethyllincomycin-methyltransferase.
Poľan, Marek ; Najmanová, Lucie (vedoucí práce) ; Petříčková, Kateřina (oponent)
Linkomycín je prírodne antibiotikum zaradené do skupiny linkozamidových antibiotík, ktorého zhluk biosyntetických génov je známy a funkcia mnohých génov z tohto zhluku už bola popísaná. Táto práca je zameraná na štúdium záverečného kroku bisyntetickej dráhy linkomycínu, metyláciu na dusíku pyrolového reťazca propylprolínovej podjednotky N-demetyllinkomycínu (NDL). Cieľom práce bolo charakterizovať enzým LmbJ, katalyzujúci tento biosyntetický krok. Všetky stanovenia boli uskutočnené pre enzým LmbJ s histidínovou kotvou, ktorý bol pripravený heterológnou expresiou v bunkách Escherichia coli. Bolo stanovené teplotné a pH optimum metylačnej reakcie, rovnako ako Michelisove konštanty pre oba substráty reakcie: N-demetyllinkomycín a S-adenozylmetionín (SAM - donor metylovej skupiny). S výnimkou pH optima se všetky stanovené parametre výrazne odlišovali od publikovaných údajov pre enzým izolovaný z prirodzeného zdroja. Na základe porovnania výsledkov elektrónovej mikroskopie, natívnej elektroforézy a gélovej filtrácie bol vytvorený predpokladaný model kvartérnej štruktúry enzýmu. Na rozdiel od väčšiny doteraz popísaných metyltransferáz, ktoré sa vyskytujú v monomérnej, dimérnej alebo tetramérnej forme, sa v našom prípade jedná s najväčšou pravdepodobnosťou o hexamér.
|
host ::
RSS.